「pdbAtomSection」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の4版が非表示)
行20: 行20:
 
<td>-if</td>  
 
<td>-if</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル: FlagsFile</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]](FlagsFile)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行119: 行119:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行132: 行132:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
===-fm の詳細===
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>display nothing</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>one char amino acid name</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>three char amino acid name</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>4</td>
 +
<td>chain identifier</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>8</td>
 +
<td>sequence number</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>16</td>
 +
<td>display any atom</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===-if のフォーマット===
 +
<pre>
 +
chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize
 +
</pre>
  
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ(ページ左下部)</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-AS===
 +
====AS=5で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-AS-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はAS=5で実行</div>
 +
 +
===オプション　-shiftx===
 +
====shiftx=10で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-shiftx-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はshiftx=10で実行</div>
 +
 +
===オプション　-shifty===
 +
====shifty=10で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-shifty-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-shiftz===
 +
====shiftz=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-shiftz-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-dist===
 +
====dist=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-dist-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>5/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-zmin===
 +
====zmin=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-zmin-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>5/89ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-zmax===
 +
====zmax=15で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-zmax-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/15ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-r===
 +
====r=0.5で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-r-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-plw===
 +
====plw=0.3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-plw-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-fontsize===
 +
====fontsize=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fontsize-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-fm===
 +
====fm=0で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm0-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm1-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=2で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm2-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm4-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=8で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm8-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=16で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm16-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-if===
 +
<div>-if のデータ</div>
 +
<pre>
 +
A28 0 2.0 0.3 2
 +
A147 1 0.5 0.3 4
 +
A114 2 1.0 0.3 1
 +
A128 4 1.0 0.3 4
 +
A8 8 1.0 0.3 4
 +
A56 16 0.5 0.3 4
 +
A39 31 0.7 0.3 3
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>実行結果</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-if-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年8月7日 (木) 06:35時点における最新版

pdbAtomSectionとは原子モデルのセクション（断面）をとりだしてpsファイルで出力するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-if 選択 入力ファイル: ASCII(FlagsFile) NULL
-o 必須 出力ファイル: psファイル NULL
-dist 選択 Distance of Sections 2.5
-zmin 選択 zの最小値 0.0
-zmax 選択 zの最大値 90.0
-fm 選択 flag mode 13
-r 選択 半径 1.0
-clw 選択 円周の幅 0.1
-plw 選択 ペプチド結合の幅 0.1
-fontsize 選択 font size 2.0
-AS 選択 absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A) 1.0
-shiftx 選択 pdb Shift x [A] 0.0
-shifty 選択 pdb Shift y [A] 0.0
-shiftz 選択 pdb Shift z [A] 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

-fm の詳細

モード 説明
0 display nothing
1 one char amino acid name
2 three char amino acid name
4 chain identifier
8 sequence number
16 display any atom

-if のフォーマット

chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

Outdata-pdbAtomSection.png
6/90ページ(ページ左下部)


オプション　-AS

AS=5で実行

Outdata-AS-pdbAtomSection.png
6/90ページ


以降はAS=5で実行

オプション　-shiftx

shiftx=10で実行

Outdata-shiftx-pdbAtomSection.png
6/90ページ


以降はshiftx=10で実行

オプション　-shifty

shifty=10で実行

Outdata-shifty-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション　-shiftz

shiftz=1で実行

Outdata-shiftz-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション　-dist

dist=3で実行

Outdata-dist-pdbAtomSection.png
5/90ページ


オプション　-zmin

zmin=1で実行

Outdata-zmin-pdbAtomSection.png
5/89ページ


オプション　-zmax

zmax=15で実行

Outdata-zmax-pdbAtomSection.png
6/15ページ


オプション　-r

r=0.5で実行

Outdata-r-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション　-plw

plw=0.3で実行

Outdata-plw-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション　-fontsize

fontsize=1で実行

Outdata-fontsize-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション　-fm

fm=0で実行

Outdata-fm0-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=1で実行

Outdata-fm1-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=2で実行

Outdata-fm2-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=4で実行

Outdata-fm4-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=8で実行

Outdata-fm8-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=16で実行

Outdata-fm16-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション　-if

-if のデータ
A28 0 2.0 0.3 2
A147 1 0.5 0.3 4
A114 2 1.0 0.3 1
A128 4 1.0 0.3 4
A8 8 1.0 0.3 4
A56 16 0.5 0.3 4
A39 31 0.7 0.3 3


実行結果
Outdata-if-pdbAtomSection.png
6/90ページ



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