「pdbHelix」の版間の差分

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'''pdbHelix'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdbHelix'''とは[[PDB]]ファイルをもとにらせん対称の[[PDB]], [[mrcImage]]のファイルを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行175: 行176:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
<div>[[PDB]]データ(一部)</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06          N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27          C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41          C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12          O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94          C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57          O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00 41.71          O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44          O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11          O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00          O 
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
====p=165, z=5, n=10で実行====  
 
====p=165, z=5, n=10で実行====  
−
=====pdbの画像=====
+
<div>[[PDB]]の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行204: 行226:
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-3.341094e-02  -3.689271e-02   1.709746e+01<br>  
+
<td><p align="left">-3.945663e-01    2.493555e+00   3.439075e+01<br>  
−
4.873676e+01 <br>  
+
5.952335e+01<br>  
−
37.32     37.25     43.34<br></p>
+
49.44     48.84     50.54<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
=====[[mrcImage]](3D)の画像=====
+
<div>[[PDB]]データ(一部)</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94  0      C 
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00 41.71  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00  0      O 
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
ATOM      1  N  MET B  1      -1.514 -33.375  -1.655  1.00 14.06  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET B  1      -2.552 -32.370  -1.676  1.00 17.27  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET B  1      -2.285 -31.336  -0.600  1.00 16.41  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET B  1      -1.518 -31.564  0.346  1.00 16.12  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET B  1      -3.956 -32.969  -1.415  1.00 17.94  0      C 
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
HETATM 1547  O  HOH B 359      -5.895 -38.663  -1.155  1.00 34.57  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH B 360      -7.013  -9.843  22.624  1.00 41.71  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH B 361    -28.602 -20.425  15.735  1.00 24.44  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH B 362    -16.516  -6.559  22.524  1.00 40.11  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH B 363    -30.356 -10.740  32.104  1.00 35.00  0      O 
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
HETATM 1547  O  HOH J 359    -30.535  24.437  38.845  1.00 34.57  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH J 360      -5.018  10.995  62.624  1.00 41.71  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH J 361      -3.388  34.983  55.735  1.00 24.44  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH J 362      2.578  17.583  62.524  1.00 40.11  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH J 363      5.877  31.659  72.104  1.00 35.00  0      O 
 +
 
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行235: 行303:
 
</table>
 
</table>
  
−
=====[[mrcImage]](2D y-z投影)の画像=====
+
<div>[[mrcImage]](2D y-z投影)の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行253: 行321:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はp=165, z=5, n=10で実行</div>
 +
===オプション　-w===
 +
====w=100で実行====
 +
<div>[[PDB]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-w-pdbHelix.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.945663e-01    2.493555e+00    3.439075e+01<br>
 +
5.952335e+01<br>
 +
49.44      48.84      50.54<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-w-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-w-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
700 (26, 47, 0)<br>
 +
14.4624<br>
 +
57.2148<br>
 +
0.195444<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション　-dp===
 
===オプション　-dp===
−
====dp=30, p=165, z=5, n=10で実行====
+
====dp=30で実行====
−
=====pdbの画像=====
+
<div>[[PDB]]の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行271: 行383:
 
</table>  
 
</table>  
  
−
=====[[mrcImage]](3D)の画像=====
+
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行294: 行406:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション　-nx, -ny, -nz===
 
===オプション　-nx, -ny, -nz===
−
====nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行====
+
====nx=100, ny=100, nz=100で実行====
−
=====pdbの画像=====
+
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>[[PDB]]の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行312: 行426:
 
</table>  
 
</table>  
  
−
=====[[mrcImage]](3D)の画像=====
+
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>
 
<tr>
行328: 行442:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
7 (44, 45, 4)<br>  
+
63 (35, 6, 0)<br>  
−
0.108688<br>  
+
1.4243<br>  
−
0.495737<br>  
+
6.15131<br>  
−
0.00140216<br></p>  
+
0.0615131<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====Sx=-50, Sy=-50, Sz=-10で実行=====
 +
<div>[[PDB]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-SxSySz-pdbHelix.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.945663e-01    2.493555e+00    3.439075e+01<br>
 +
5.952335e+01<br>
 +
49.44      48.84      50.54<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-SxSySz-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-SxSySz-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
7 (30, 31, 12)<br>
 +
0.015491<br>
 +
0.189655<br>
 +
0.000189655<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====dx=1, dy=1, dz=1, Sx=-50, Sy=-50, Sz=-10で実行=====
 +
<div>[[PDB]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-dxdydz-pdbHelix.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.945663e-01    2.493555e+00    3.439075e+01<br>
 +
5.952335e+01<br>
 +
49.44      48.84      50.54<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-dxdydz-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-dxdydz-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3 (70, 49, 38)<br>
 +
0.015491<br>
 +
0.125423<br>
 +
0.000125423<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション　-startn===
 
===オプション　-startn===
−
====startn=5, p=165, z=5, n=10で実行====
+
====startn=5で実行====
−
=====pdbの画像=====
+
<div>[[PDB]]の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行353: 行550:
 
</table>  
 
</table>  
  
−
=====[[mrcImage]](3D)の画像=====
+
<div>[[mrcImage]](3D)の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行376: 行573:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-deltaSeq===
 +
====deltaSeq=1で実行====
 +
<div>[[PDB]]データ(一部)</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94  0      C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00 41.71  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00  0      O 
 +
 +
 +
-中略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET B  2      -1.514 -33.375  -1.655  1.00 14.06  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET B  2      -2.552 -32.370  -1.676  1.00 17.27  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET B  2      -2.285 -31.336  -0.600  1.00 16.41  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET B  2      -1.518 -31.564  0.346  1.00 16.12  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET B  2      -3.956 -32.969  -1.415  1.00 17.94  0      C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH B 360      -5.895 -38.663  -1.155  1.00 34.57  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH B 361      -7.013  -9.843  22.624  1.00 41.71  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH B 362    -28.602 -20.425  15.735  1.00 24.44  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH B 363    -16.516  -6.559  22.524  1.00 40.11  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH B 364    -30.356 -10.740  32.104  1.00 35.00  0      O 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH J 368    -30.535  24.437  38.845  1.00 34.57  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH J 369      -5.018  10.995  62.624  1.00 41.71  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH J 370      -3.388  34.983  55.735  1.00 24.44  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH J 371      2.578  17.583  62.524  1.00 40.11  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH J 372      5.877  31.659  72.104  1.00 35.00  0      O 
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月17日 (月) 01:58時点における最新版

pdbHelixとはPDBファイルをもとにらせん対称のPDB, mrcImageのファイルを作成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: PDB NULL
-3 選択 出力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-2 選択 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) NULL
-d 選択 delta[A] 5
-p 必須 deltaPhi 165
-dp 選択 deltaDeltaPhi 5
-z 必須 deltaz 5
-n 必須 分子数 1
-nx 選択 Pixel x 1
-ny 選択 Pixel y 1
-nz 選択 Pixel z 1
-Sx 選択 Start x: [A] 0.0
-Sy 選択 Start y: [A] 0.0
-Sz 選択 Start z: [A] 0.0
-w 選択 重量 1.0
-dx 選択 dx 2.5
-dy 選択 dy 2.5
-dz 選択 dz 2.5
-startn 選択 start molecule's index 0
-startC 選択 Start chain ID A
-deltaSeq 選択 1000
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04
PDBデータ(一部)
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27           C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41           C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94           C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57           O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00 41.71           O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44           O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11           O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00           O  

-後略-


オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

PDBの画像
Outdata-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54
PDBデータ(一部)
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94   0       C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57   0       O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00 41.71   0       O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44   0       O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11   0       O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00   0       O  

-中略-

ATOM      1  N   MET B   1      -1.514 -33.375  -1.655  1.00 14.06   0       N  
ATOM      2  CA  MET B   1      -2.552 -32.370  -1.676  1.00 17.27   0       C  
ATOM      3  C   MET B   1      -2.285 -31.336  -0.600  1.00 16.41   0       C  
ATOM      4  O   MET B   1      -1.518 -31.564   0.346  1.00 16.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET B   1      -3.956 -32.969  -1.415  1.00 17.94   0       C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH B 359      -5.895 -38.663  -1.155  1.00 34.57   0       O  
HETATM 1548  O   HOH B 360      -7.013  -9.843  22.624  1.00 41.71   0       O  
HETATM 1549  O   HOH B 361     -28.602 -20.425  15.735  1.00 24.44   0       O  
HETATM 1550  O   HOH B 362     -16.516  -6.559  22.524  1.00 40.11   0       O  
HETATM 1551  O   HOH B 363     -30.356 -10.740  32.104  1.00 35.00   0       O  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH J 359     -30.535  24.437  38.845  1.00 34.57   0       O  
HETATM 1548  O   HOH J 360      -5.018  10.995  62.624  1.00 41.71   0       O  
HETATM 1549  O   HOH J 361      -3.388  34.983  55.735  1.00 24.44   0       O  
HETATM 1550  O   HOH J 362       2.578  17.583  62.524  1.00 40.11   0       O  
HETATM 1551  O   HOH J 363       5.877  31.659  72.104  1.00 35.00   0       O  

-後略-


mrcImage(3D)の画像

Outdata3-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (26, 47, 0)
0.144624
0.572148

0.00195444
mrcImage(2D y-z投影)の画像
Outdata2-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

63 (35, 6, 0)
9.93639
14.2042

0.403048


以降はp=165, z=5, n=10で実行

オプション　-w

w=100で実行

PDBの画像
Outdata-w-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54
mrcImage(3D)の画像

Outdata3-w-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-w-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

700 (26, 47, 0)
14.4624
57.2148

0.195444


オプション　-dp

dp=30で実行

PDBの画像
Outdata-dp-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01

6.023098e+01

50.70 51.34 50.54
mrcImage(3D)の画像

Outdata3-dp-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-dp-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

8 (31, 25, 4)
0.144624
0.584935

0.00199812


オプション　-nx, -ny, -nz

nx=100, ny=100, nz=100で実行

その他のオプション設定なし
PDBの画像
Outdata-nxnynz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54
mrcImage(3D)の画像

Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-nxnynz-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

63 (35, 6, 0)
1.4243
6.15131

0.0615131


Sx=-50, Sy=-50, Sz=-10で実行
PDBの画像
Outdata-SxSySz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54
mrcImage(3D)の画像

Outdata3-SxSySz-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-SxSySz-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (30, 31, 12)
0.015491
0.189655

0.000189655


dx=1, dy=1, dz=1, Sx=-50, Sy=-50, Sz=-10で実行
PDBの画像
Outdata-dxdydz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54
mrcImage(3D)の画像

Outdata3-dxdydz-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-dxdydz-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3 (70, 49, 38)
0.015491
0.125423

0.000125423


オプション　-startn

startn=5で実行

PDBの画像
Outdata-startn-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01

5.952301e+01

51.35 49.89 50.54
mrcImage(3D)の画像

Outdata3-startn-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-startn-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (25, 24, 0)
0.140522
0.565188

0.00190309


オプション　-deltaSeq

deltaSeq=1で実行

PDBデータ(一部)
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94   0       C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57   0       O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00 41.71   0       O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44   0       O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11   0       O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00   0       O  


-中略-

ATOM      1  N   MET B   2      -1.514 -33.375  -1.655  1.00 14.06   0       N  
ATOM      2  CA  MET B   2      -2.552 -32.370  -1.676  1.00 17.27   0       C  
ATOM      3  C   MET B   2      -2.285 -31.336  -0.600  1.00 16.41   0       C  
ATOM      4  O   MET B   2      -1.518 -31.564   0.346  1.00 16.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET B   2      -3.956 -32.969  -1.415  1.00 17.94   0       C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH B 360      -5.895 -38.663  -1.155  1.00 34.57   0       O  
HETATM 1548  O   HOH B 361      -7.013  -9.843  22.624  1.00 41.71   0       O  
HETATM 1549  O   HOH B 362     -28.602 -20.425  15.735  1.00 24.44   0       O  
HETATM 1550  O   HOH B 363     -16.516  -6.559  22.524  1.00 40.11   0       O  
HETATM 1551  O   HOH B 364     -30.356 -10.740  32.104  1.00 35.00   0       O  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH J 368     -30.535  24.437  38.845  1.00 34.57   0       O  
HETATM 1548  O   HOH J 369      -5.018  10.995  62.624  1.00 41.71   0       O  
HETATM 1549  O   HOH J 370      -3.388  34.983  55.735  1.00 24.44   0       O  
HETATM 1550  O   HOH J 371       2.578  17.583  62.524  1.00 40.11   0       O  
HETATM 1551  O   HOH J 372       5.877  31.659  72.104  1.00 35.00   0       O  

-後略-



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