「mrcImageClusterAnalysis」の版間の差分

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'''mrcImageClusterAnalysis'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageClusterAnalysis'''とは各[[mrcImage]]に対し[[クラスター解析]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-Log</td>  
 
<td>-Log</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: ログ:[[ASCII]]</td>  
+
<td>出力: ログ(全体):[[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行132: 行132:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-AR: 設定すると回転有りで計算する([[mrcImageAutoRotationCorrelation]]を使用する)</div>
 +
<br>
 +
 +
===-ARMethod, -M の詳細===
 +
<div>[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]参照<br>
 +
-ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。</div>
 
<br>
 
<br>
  
行150: 行156:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>By Ward Method: 回転無し: ユークリッド距離, 回転有り: ユークリッド距離の2乗</td>  
+
<td>By Ward Method: -AR無し: ユークリッド距離, -AR有り: ユークリッド距離の2乗</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行169: 行175:
 
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc
 
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc
 
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
 
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
 +
Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc
 +
Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc
  
 
</pre>
 
</pre>
行227: 行235:
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc|Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot2-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.31309e-06 (29, 7, 0)<br>
 +
49749.2 (52, 51, 0)<br>
 +
6572.32<br>
 +
8769.91<br>
 +
109.624<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc|Input-N-1VOM-Rot3-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.70846e-06 (56, 57, 0)<br>
 +
40287.6 (43, 43, 0)<br>
 +
6509.38<br>
 +
8494.21<br>
 +
106.178<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-Log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
        1          0          5          5    4.24643e+11
 +
        2          0          5          5    4.71782e+11
 +
        2          1          5          5    2.57991e+11
 +
        3          0          5          5    6.14144e+11
 +
        3          1          5          5    4.54881e+11
 +
        3          2          5          5      4.2017e+11
 +
        4          0          5          5    6.53985e+11
 +
        4          1          5          5    5.09646e+11
 +
        4          2          5          5    4.66033e+11
 +
        4          3          5          5    3.09305e+11
 +
        1          0          2          1    3.83715e+11
 +
        2          0          2          1    6.14144e+11
 +
        2          1          2          1    3.73028e+11
 +
        3          0          2          1    6.53985e+11
 +
        3          1          2          1    4.23342e+11
 +
        3          2          2          1    3.09305e+11
 +
        1          0          3          2    3.83715e+11
 +
        2          0          3          2    5.56738e+11
 +
        2          1          3          2    3.20859e+11
 +
        1          0          2          1    3.90012e+11
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-Log2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
CLUST  MIN                2    1    2.57991e+11              0
 +
CLUST  MIN                4    3    3.09305e+11              0
 +
CLUST  MIN                3    1    3.20859e+11              0
 +
CLUST  MIN                1    0    3.90012e+11              0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-O のデータ</div>
 +
<div>Input-1VOM-N-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata5-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-5026.5 (68, 63, 0)<br>
 +
28784 (40, 46, 0)<br>
 +
6685.03<br>
 +
7223.34<br>
 +
90.2917<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata6-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-5026.5 (68, 63, 0)<br>
 +
28784 (40, 46, 0)<br>
 +
6685.03<br>
 +
7223.34<br>
 +
90.2917<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata7-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-8305.58 (63, 47, 0)<br>
 +
44934.5 (29, 26, 0)<br>
 +
6580.07<br>
 +
8566.67<br>
 +
107.083<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata8-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-4662.21 (68, 63, 0)<br>
 +
32714.4 (21, 49, 0)<br>
 +
6552.58<br>
 +
7209.85<br>
 +
90.1231<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata9-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-8070.97 (31, 10, 0)<br>
 +
39082.1 (53, 39, 0)<br>
 +
6525.08<br>
 +
7459.33<br>
 +
93.2416<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-AR===
 +
====AR=72で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0
 +
/Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-Log のデータ</div>
 +
<pre>
 +
        1          0          5          5    1.04435e+11
 +
        2          0          5          5    1.90062e+11
 +
        2          1          5          5    1.27924e+11
 +
        3          0          5          5    2.70151e+11
 +
        3          1          5          5    2.24399e+11
 +
        3          2          5          5    2.00805e+11
 +
        4          0          5          5    2.70277e+11
 +
        4          1          5          5    2.23333e+11
 +
        4          2          5          5    2.13958e+11
 +
        4          3          5          5    1.54653e+11
 +
        1          0          1          0    1.77375e+11
 +
        2          0          1          0    2.92444e+11
 +
        2          1          1          0    2.00805e+11
 +
        3          0          1          0    2.95344e+11
 +
        3          1          1          0    2.13958e+11
 +
        3          2          1          0    1.54653e+11
 +
        1          0          3          2    1.77375e+11
 +
        2          0          3          2    3.71482e+11
 +
        2          1          3          2    2.33577e+11
 +
        1          0          1          0    3.72121e+11
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-Log2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
CLUST  MIN                1    0    1.04435e+11        0.83054
 +
CLUST  MIN                4    3    1.54653e+11        0.643245
 +
CLUST  MIN                2    0    1.77375e+11        0.751614
 +
CLUST  MIN                3    0    3.72121e+11        0.635649
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-O のデータ</div>
 +
<div>Input-1VOM-N-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-5248.9 (41, 3, 0)<br>
 +
37074.9 (26, 29, 0)<br>
 +
6687.62<br>
 +
7446.87<br>
 +
93.0859<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-11857.7 (56, 22, 0)<br>
 +
46633.1 (27, 28, 0)<br>
 +
6897.66<br>
 +
9242.12<br>
 +
115.527<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-9406.5 (41, 3, 0)<br>
 +
50054.7 (27, 28, 0)<br>
 +
6792.38<br>
 +
8652.36<br>
 +
108.155<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-5248.9 (41, 3, 0)<br>
 +
37074.9 (26, 29, 0)<br>
 +
6687.62<br>
 +
7446.87<br>
 +
93.0859<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata4-mrcImageClusterAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-8070.97 (31, 10, 0)<br>
 +
39082.1 (53, 39, 0)<br>
 +
6525.08<br>
 +
7459.33<br>
 +
93.2416<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 
</table>
 
</table>
 
<br>
 
<br>

2014年5月12日 (月) 00:41時点における最新版

mrcImageClusterAnalysisとは各mrcImageに対しクラスター解析を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイル: ASCII NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-O 選択 平均画像ファイルの出力: ファイル名: (入力ファイル名).avg
-N 選択 クラスターの数 1
-Min 選択 Minimum: Correlation: Conditions for ending 0.0
-Iter 選択 繰り返しを有効にする
-AR 選択 回転の刻み数 72
-ARange 選択 回転の範囲: (最小値, 最大値) (0, 360)
-ARiter 選択 AutoRotationの繰り返し回数 2
-ARMethod 選択 AutoRotationCorrelationの計算方法 0
-M 選択 相関のモード 19
-pvm 選択 PVMでパラレル解析する
-pvmList 選択 入力: pvmリスト: ASCII NULL
-Log 選択 出力: ログ(全体):ASCII stdout
-Log2 選択 出力: ログ(クラスターノードのみ): ASCII NULL
-LogIn 選択 入力: 前回のログ: ASCII NULL
-prevF 選択 入力: 前回のログファイル数 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 クラスター間の距離の設定 2
-h 選択 ヘルプを表示 　
-AR: 設定すると回転有りで計算する(mrcImageAutoRotationCorrelationを使用する)


-ARMethod, -M の詳細

mrcImageAutoRotationCorrelation参照
-ARMethod: -Method, -M: -m に対応している。


-m の詳細

モード 説明
0 相関値から算出
1 ユークリッド距離から算出
2 By Ward Method: -AR無し: ユークリッド距離, -AR有り: ユークリッド距離の2乗
3 By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation)
4 By Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation)


実行例

-I のデータ

Input-1VOM-N-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc
Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845
Input-1VOM-N-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11367.8 (51, 62, 0)

51939.8 (29, 26, 0)
6580.18
9247.8

115.597
Input-1VOM-N-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-14918 (53, 17, 0)

58621.8 (30, 26, 0)
6579.96
9022.72

112.784
Input-1VOM-N-Rot2-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.31309e-06 (29, 7, 0)

49749.2 (52, 51, 0)
6572.32
8769.91

109.624
Input-1VOM-N-Rot3-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.70846e-06 (56, 57, 0)

40287.6 (43, 43, 0)
6509.38
8494.21

106.178


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ
/Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0


-Log のデータ
         1          0          5          5     4.24643e+11
         2          0          5          5     4.71782e+11
         2          1          5          5     2.57991e+11
         3          0          5          5     6.14144e+11
         3          1          5          5     4.54881e+11
         3          2          5          5      4.2017e+11
         4          0          5          5     6.53985e+11
         4          1          5          5     5.09646e+11
         4          2          5          5     4.66033e+11
         4          3          5          5     3.09305e+11
         1          0          2          1     3.83715e+11
         2          0          2          1     6.14144e+11
         2          1          2          1     3.73028e+11
         3          0          2          1     6.53985e+11
         3          1          2          1     4.23342e+11
         3          2          2          1     3.09305e+11
         1          0          3          2     3.83715e+11
         2          0          3          2     5.56738e+11
         2          1          3          2     3.20859e+11
         1          0          2          1     3.90012e+11


-Log2 のデータ
CLUST  MIN                 2     1     2.57991e+11               0
CLUST  MIN                 4     3     3.09305e+11               0
CLUST  MIN                 3     1     3.20859e+11               0
CLUST  MIN                 1     0     3.90012e+11               0


-O のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc.avg
Outdata5-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5026.5 (68, 63, 0)

28784 (40, 46, 0)
6685.03
7223.34

90.2917
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg
Outdata6-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5026.5 (68, 63, 0)

28784 (40, 46, 0)
6685.03
7223.34

90.2917
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg
Outdata7-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8305.58 (63, 47, 0)

44934.5 (29, 26, 0)
6580.07
8566.67

107.083
Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg
Outdata8-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-4662.21 (68, 63, 0)

32714.4 (21, 49, 0)
6552.58
7209.85

90.1231
Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg
Outdata9-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8070.97 (31, 10, 0)

39082.1 (53, 39, 0)
6525.08
7459.33

93.2416


オプション　-AR

AR=72で実行

-o のデータ
/Eos/Input-1VOM-N-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 0
/Eos/Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 0


-Log のデータ
         1          0          5          5     1.04435e+11
         2          0          5          5     1.90062e+11
         2          1          5          5     1.27924e+11
         3          0          5          5     2.70151e+11
         3          1          5          5     2.24399e+11
         3          2          5          5     2.00805e+11
         4          0          5          5     2.70277e+11
         4          1          5          5     2.23333e+11
         4          2          5          5     2.13958e+11
         4          3          5          5     1.54653e+11
         1          0          1          0     1.77375e+11
         2          0          1          0     2.92444e+11
         2          1          1          0     2.00805e+11
         3          0          1          0     2.95344e+11
         3          1          1          0     2.13958e+11
         3          2          1          0     1.54653e+11
         1          0          3          2     1.77375e+11
         2          0          3          2     3.71482e+11
         2          1          3          2     2.33577e+11
         1          0          1          0     3.72121e+11


-Log2 のデータ
CLUST  MIN                 1     0     1.04435e+11         0.83054
CLUST  MIN                 4     3     1.54653e+11        0.643245
CLUST  MIN                 2     0     1.77375e+11        0.751614
CLUST  MIN                 3     0     3.72121e+11        0.635649


-O のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc.avg
Outdata-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5248.9 (41, 3, 0)

37074.9 (26, 29, 0)
6687.62
7446.87

93.0859
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg
Outdata1-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11857.7 (56, 22, 0)

46633.1 (27, 28, 0)
6897.66
9242.12

115.527
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg
Outdata2-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-9406.5 (41, 3, 0)

50054.7 (27, 28, 0)
6792.38
8652.36

108.155
Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg
Outdata3-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5248.9 (41, 3, 0)

37074.9 (26, 29, 0)
6687.62
7446.87

93.0859
Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg
Outdata4-mrcImageClusterAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8070.97 (31, 10, 0)

39082.1 (53, 39, 0)
6525.08
7459.33

93.2416



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