「pdb2mrc」の版間の差分
提供: Eospedia
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2014年8月29日 (金) 02:53時点における最新版
pdb2mrcとはPDBファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -nx | 選択 | 出力画像ｘ軸の幅を設定 | 1 |
| -ny | 選択 | 出力画像ｙ軸の幅を設定 | 1 |
| -nz | 選択 | 出力画像ｚ軸の幅を設定 | 1 |
| -Sx | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｘ軸） | 0.0 |
| -Sy | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｙ軸） | 0.0 |
| -Sz | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｚ軸） | 0.0 |
| -dx | 選択 | １ピクセルのｘ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dy | 選択 | １ピクセルのｙ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dz | 選択 | １ピクセルのｚ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -w | 選択 | 重量を設定 | 1.0 |
| -sig | 選択 | 原子の半径 | 0.0 |
| -m | 選択 | モード設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
※ 出力するmrcImageのサイズが大きすぎるとエラーとなる場合がある。そのときはPDBファイル自体のサイズを小さくするか、-dxなどのパラメータを再設定してサイズを調整する。
モード説明
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Gaussian |
| 1 | WentzelAtomModel |
実行例
入力ファイルの画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
入力データ
オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
| -nx | 100 |
| -ny | 100 |
| -nz | 1 |
| -Sx | -18 |
| -Sy | -1 |
| -Sz | 0.5 |
| -dx | 0.5 |
| -dy | 0.5 |
| -dz | 60 |
オプション -m
m=0で実行
 |
最小 最大 |
0 4 |
m=1で実行
 |
最小 最大 |
0 9516.95 |
オプション -w
w=10で実行
オプション指定前の画像データ
オプション指定後の画像データ
オプション -sig
sig=1で実行
 |
最小 最大 |
0 0.251258 |
