「mrcImageAutoRotationCorrelation3D」の版間の差分
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== アルゴリズム == | == アルゴリズム == | ||
+ | リファレンスの3次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。 | ||
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===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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==== 回転のモード: -MR ==== | ==== 回転のモード: -MR ==== |
2013年6月26日 (水) 20:40時点における版
mrcImageAutoRotationCorrelation3DとはmrcImageファイルの3次元データ間の相関値を計算するためのEosのコマンドである。参照画像に対してもっとも合う3次元画像の向きを決定していく。そのもっともよく合った画像を出力することもできる。
目次
アルゴリズム
リファレンスの3次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト | 備考(推奨など) |
---|---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力テストファイル:mrcImage(INPUT) | NULL | |
-r | 必須 | 参照テストファイル:mrcImage(INPUT) | NULL | |
-o | 選択 | 出力ファイル:パラメータ | stdout(設定しなければ標準出力) | |
-cor | 選択 | 出力ファイル:相関マップ:mrcImage(OUTPUT) | NULL | |
-fit | 選択 | 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像:mrcImage(OUTPUT) | NULL | |
-EA | 選択 | オイラー角の選択:4文字(INPUT) | YOYS | <|
-Rot1 | 選択 | オイラー角の第1角の範囲:min max delta(INPUT) | 0.0 360.0 5.0 | <|
-Rot2 | 選択 | オイラー角の第2角の範囲:min max delta(INPUT) | 0.0 180.0 5.0 | <|
-Rot3 | 選択 | オイラー角の第3角の範囲:min max delta(INPUT) | 0.0 360.0 5.0 | <|
-Xrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、X方向の全範囲 | 0 0 | <|
-Yrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、Y方向の全範囲 | 0 0 | <|
-Zrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、Z方向の全範囲 | 0 0 | <|
-M | 選択 | 相関関数の選択:(INPUT) | 0 | <|
-MR | 選択 | 画像回転の取り扱い:(INPUT) 1: 平均値で周辺を埋める 0: 楕円体としての回転 +16: 直方体としての回転 | 0 | 単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、0が推奨、そうではなく、周辺まで像があるときには、16が推奨 | <
-m | 選択 | 画像の補間モード:(INPUT); 0: 最近傍、1:1次補間、2:3次補間 | 0 | <
モードの詳細
回転のモード: -MR
0: padding 0 1: padding average +0: within ellipsoidal area. +16: within square area.
相関関数のモード: -M
0: Normal Correlation FxG* 1: Phase Correlation FxG*/ |FxG*| 2: Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) 3: Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) 16: (0,0) = 0
補間のモード: -m
0: Nearest 1: Bilinear 2: CubicConvolution