「mrcImageModelCreate」の版間の差分

2014年9月10日 (水) 00:33時点における版

mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-o	必須	出力ファイル設定: mrcImage	NULL
-i	選択	入力ファイル設定: mrcImage	NULL
-nx	選択	Real length = nx * lx	70
-ny	選択	Real length = ny * ly	70
-nz	選択	Real length = nz * lz	100
-r	選択	半径[pixel]	1
-lx	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-ly	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-lz	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-radius	選択	filament radius [A]	150
-n	選択	n-helix	3
-dz	選択	pitch [A]	143
-dphi	選択	rotation angle [degree]	40
-phi	選択	rotation angle in the same level [degree]	120
-sz	選択	start z [A]	0
-ez	選択	end z [A]	500
-sphi	選択	start angle [degree]	0
-sphi2	選択	start angle 2 [degree]	40
-inMode	選択	inMode	0
-units	選択	units number	9
-fm	選択	formation	0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D) Optional argument : -nx -ny -nz -r
1	Thick Filaments Example Optional argument -nx -ny -nz Image Size -lx -ly -lz Pixel Size -radius filament radius 150[A] -n three helix -dz pitch 143[A] -dphi rotation angle 40[degree] -phi rotation angle in the same level 120[degree] -sz start z 0[A] -ez end z 800[A] -sphi start phi 0[degree] ----------------------- -inMode Centre = 0 -inMode Origin = 1 ----------------------- -units 9 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3) 0: normal 1: 3 sphere on the same z Phi 0 , 30 , 60 degree 2: 3 sphere on the differnt z and on the differnt radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 30 , 60 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times 3: 3 sphere on the same z and on the different radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 0 , 0 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times ----------------------- -units 3 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3) 0: abnormal
2	Dot(2D)
3	Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
4	Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
5	Another Projection of 2 Sphere for 2D Optional argument : -nx -ny
6	SheppLogan 2D Optional argument : -nx -ny
7	SheppLogan 3D Optional argument : -nx -ny -nz

実行例

オプション必須項目のみの場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (34, 35, 50)
0.492871
0.499957

0.000714225

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (25, 50, 74)
0.745009
0.435877

0.000503308

N            : (        50,        100,        150)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.745)

オプション　-r

r=100で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1 (0, 0, 0)

2 (0, 1, 0)
1.49286
0.499949

0.000714213

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         1,          2,       1.49)

オプション　-lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (34, 35, 50)
0.492871
0.499957

0.000714225

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      7.500,     10.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)

オプション　-m

m=1, nx=69, ny=69で実行

他のオプション設定なし

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (19, 8, 0)
2.52048e-05
0.00502037

7.2759e-06

-i を使用して実行

ファイル:Input-GaussSphere.mrcの画像

xy平面

yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

7.97113e-11 (0, 0, 0)

8.32888 (3, 15, 8)
0.223545
0.859713

0.0130319

出力ファイル

xy平面

yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

8.32888 (64, 34, 0)
0.0220142
0.264693

0.000383612

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (4, 17, 0)
2.52048e-05
0.00502037

7.2759e-06

radius=100で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (24, 17, 0)
2.52048e-05
0.00502037

7.2759e-06

n=5で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (43, 5, 0)
4.2008e-05
0.00648122

9.39307e-06

dz=71で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (19, 8, 0)
5.04096e-05
0.00709979

1.02896e-05

n=20, dz=7で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (34, 4, 0)
0.00302457
0.0549129

7.95839e-05

dphi=20, n=20, dz=7で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1.13578 (58, 16, 99)
0.00302647
0.0549494

7.96368e-05

phi=5, n=20, dz=7で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1.39997 (64, 34, 99)
0.00303112
0.0550482

7.978e-05

sz=100, ez=300, n=20, dz=7で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (34, 4, 20)
0.00121823
0.0348819

5.05535e-05

m=2で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (17, 17, 0)
6.12245e-06
0.00247435

3.53479e-06

m=3で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

40 (42, 40, 0)
0.0537245
1.09497

0.00156424

m=4で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

24 (33, 29, 0)
0.0311673
0.613804

0.000876863

m=5で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

13 (34, 34, 0)
0.00767959
0.269966

0.000385666

m=6で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (33, 3, 0)
0.00551465
0.0803476

0.000114782

m=7で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

@@ 行387: / 行387: @@
 		</tr>
 	</table>
+=====-i を使用して実行=====
+[[ファイル:Input-GaussSphere.mrc|-iの入力ファイル]]の画像
+	<table>
+		<tr>
+			<td><p align="Center">[[画像:Input-GaussSphere.png]]<br>
+				xy平面<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="Center">[[画像:Input1-GaussSphere.png]]<br>
+				yz平面<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">7.97113e-11 (0, 0, 0)<br>
+.32888 (3, 15, 8)<br>
+.223545<br>
+.859713<br>
+.0130319<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+<br>
+出力ファイル<br>
+	<table>
+		<tr>
+			<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1i-mrcImageModelCreate.png]]<br>
+				xy平面<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1i-mrcImageModelCreate.png]]<br>
+				yz平面<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+.32888 (64, 34, 0)<br>
+.0220142<br>
+.264693<br>
+.000383612<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+<br>
 =====lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行=====

「mrcImageModelCreate」の版間の差分

2014年9月10日 (水) 00:33時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

実行例

オプション必須項目のみの場合

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

オプション　-r

r=100で実行

オプション　-lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

オプション　-m

m=1, nx=69, ny=69で実行

他のオプション設定なし

-i を使用して実行

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

radius=100で実行

n=5で実行

dz=71で実行

n=20, dz=7で実行

dphi=20, n=20, dz=7で実行

phi=5, n=20, dz=7で実行

sz=100, ez=300, n=20, dz=7で実行

m=2で実行

m=3で実行

m=4で実行

m=5で実行

m=6で実行

m=7で実行

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「mrcImageModelCreate」の版間の差分

2014年9月10日 (水) 00:33時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

実行例

オプション必須項目のみの場合

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

オプション -r

r=100で実行

オプション -lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

オプション -m

m=1, nx=69, ny=69で実行

他のオプション設定なし

-i を使用して実行

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

radius=100で実行

n=5で実行

dz=71で実行

n=20, dz=7で実行

dphi=20, n=20, dz=7で実行

phi=5, n=20, dz=7で実行

sz=100, ez=300, n=20, dz=7で実行

m=2で実行

m=3で実行

m=4で実行

m=5で実行

m=6で実行

m=7で実行

案内メニュー

検索

オプション　-nx, -ny, -nz

オプション　-r

オプション　-lx, -ly, -lz

オプション　-m