「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年9月22日 (月) 06:39時点における版

mrcImageMultiCTFCompensationとは同一視野でCTFの異なる複数枚の画像からCTF補正を行うEosのコマンドである。各画像のCTF補正後を平均した画像を出力する。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイルリスト: ASCII	stdin
-info2	選択	入力ファイルリスト: ASCII	stdin
-o	必須	出力ファイル(平均): mrcImage	stdout
-f	選択	出力ファイル(平均): mrcImage(FFT)	stdout
-W	選択	白色ノイズ比(Noise/Signal)	1.0
-WR	選択	WhiteNoiseRaising	1.0
-SinWin	選択	サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)	(0.1, 1.0)
-MaxIter	選択	Max Iteration	10
-ctfMode	選択	CTFMode	1
-solventMode	選択	溶媒の平滑化する場合に使用	0
-solventSTD	選択	solventMode=1の場合に使用	-1.0
-Log	選択	ログファイル名	stderr
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-ctfMode の詳細

モード	説明
0	位相のみ
1	位相+強度コントラスト
+32	照射角を考慮する
+256	絶対値を割り当てる（位相を補正しない）

-m の詳細

モード	説明
0	CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1	溶媒の平滑化処理を加える
+16	逆位相を除く(位相のみの相関の場合)

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info2 のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .

実行例

-i のデータ

元データの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886

上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。

/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3

Input-B120-CTF2.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0)

48.4524 (50, 51, 0)
-5.60279e-08
13.2796

0.165995

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.3218 (28, 26, 0)

133.566 (37, 38, 0)
8.98254e-07
26.7724

0.334655

Input-B120-CTF3.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-57.5666 (25, 38, 0)

53.971 (44, 29, 0)
-5.02996e-08
9.30611

0.116326

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.4192 (47, 51, 0)

137.108 (49, 32, 0)
5.49823e-07
19.7161

0.246452

Input-B120-CTF4.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-68.355 (24, 39, 0)

42.4746 (44, 26, 0)
-3.45941e-08
10.9018

0.136272

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-43.0975 (26, 31, 0)

117.683 (49, 32, 0)
4.44953e-07
22.9822

0.287278

Input-B120-CTF5.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-44.9091 (37, 36, 0)

26.5736 (28, 28, 0)
-2.71914e-08
8.97143

0.112143

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-33.0969 (49, 51, 0)

73.3827 (35, 37, 0)
-1.68364e-08
15.1195

0.188993

オプション必須項目のみの場合

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-40.2801 (48, 52, 0)

104.151 (36, 38, 0)
1.24049e-07
18.8015

0.235019

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

7.30857e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.45621
19.8824

0.24853

オプション　-W

W=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-17.0714 (27, 31, 0)

23.2441 (40, 52, 0)
5.81327e-09
4.65713

0.0582141

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

3.22907e-07 (0, 0, 0)

62.9461 (46, 78, 0)
1.28884
4.68843

0.0586053

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11.5567 (27, 31, 0)

15.7516 (24, 39, 0)
1.23206e-08
3.24282

0.0405352

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

2.72506e-08 (75, 37, 0)

45.7637 (46, 78, 0)
0.700623
3.33709

0.0417136

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-39.9332 (48, 52, 0)

102.315 (36, 38, 0)
1.52273e-07
18.7407

0.234259

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (40, 1, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.1815
19.8843

0.248553

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1243.15 (30, 31, 0)

534.543 (1, 0, 0)
-7.92556e-07
404.255

6.31648

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387

ctfMode=256で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-501.951 (1, 0, 0)

1288.01 (33, 32, 0)
-2.09152e-06
404.255

6.31648

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387

ctfMode=257で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969

オプション　-m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-175.249 (29, 32, 0)

49.852 (15, 31, 0)
-1.99391
37.3853

0.584145

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00642588 (59, 34, 0)

681.324 (34, 0, 0)
6.41058
40.1134

0.626771

-log のデータ

iter          0 : rms   -1.965984e+01 : min    1.000000e+06

solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-220.728 (30, 32, 0)

42.9295 (15, 31, 0)
-9.08899
47.6864

0.7451

-f の画像

Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00745064 (63, 30, 0)

916.491 (1, 0, 0)
7.81324
53.2299

0.831717

-log のデータ

iter          0 : rms   -3.997643e+00 : min    1.000000e+06

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

342.42 (29, 32, 0)

552.916 (15, 31, 0)
513.538
35.9686

0.562009

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000751982 (61, 50, 0)

32866.4 (0, 0, 0)
21.7463
726.986

11.3592

-log のデータ

iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

107.285 (29, 32, 0)

317.781 (15, 31, 0)
278.402
35.9686

0.562009

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000789315 (61, 50, 0)

17817.7 (0, 0, 0)
14.3983
395.41

6.17827

-log のデータ

iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01

m=16で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969

m=17で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

161250 (60, 60, 0)

1.85064e+06 (29, 32, 0)
432887
388639

6072.49

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00899138 (31, 33, 0)

2.77048e+07 (0, 0, 0)
51930
757226

11831.7

-log のデータ

iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01

@@ 行465: / 行465: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">-939.931 (30, 33, 0)<br>
+			<td><p align="left">-39.9332 (48, 52, 0)<br>
-.2886 (61, 59, 0)<br>
+.315 (36, 38, 0)<br>
-				-199.582<br>
+.52273e-07<br>
-.211<br>
+.7407<br>
-.14392<br></p>
+.234259<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行484: / 行484: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">0 (8, 0, 0)<br>
+			<td><p align="left">0 (40, 1, 0)<br>
-.2 (0, 0, 0)<br>
+.143 (42, 0, 0)<br>
-.1205<br>
+.1815<br>
-.158<br>
+.8843<br>
-.70559<br></p>
+.248553<br></p>
 			</td>
 		</tr>
 	</table>
 ===オプション　-ctfMode===

「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年9月22日 (月) 06:39時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

-ctfMode の詳細

-m の詳細

-i のフォーマット

-Info2 のフォーマット

実行例

-i のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション　-W

W=1で実行

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

ctfMode=256で実行

ctfMode=257で実行

オプション　-m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし

solventMode=1で実行

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

m=16で実行

m=17で実行

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ツール

「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年9月22日 (月) 06:39時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

-ctfMode の詳細

-m の詳細

-i のフォーマット

-Info2 のフォーマット

実行例

-i のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション -W

W=1で実行

オプション -WR

WR=10.0, W=0.5で実行

オプション -SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

オプション -ctfMode

ctfMode=32で実行

ctfMode=256で実行

ctfMode=257で実行

オプション -m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし

solventMode=1で実行

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

m=16で実行

m=17で実行

案内メニュー

検索

オプション　-W

オプション　-WR

オプション　-SinWin

オプション　-ctfMode

オプション　-m