「Gautomatch」の版間の差分

2019年6月15日 (土) 07:12時点における最新版

Gautomatch'

　テンプレート有もしくは無の条件で，クライオ電子顕微鏡の画像から，精確に，高速に，柔軟に，かつ，十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。

$ Gautomatch [options] <micrographs>

基本のオプション
option	default	説明
-apixM	1.34	ピクセルサイズ（A）
-diameter	400	粒子の直径（A）
-T	NONE	粒子のテンプレート（MRCのスタックファイル），提供されない場合は，自動生成する。
-apixT	1.34	粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ（A）

付加的なオプション
option	default	説明
--ang_step	5	角度ステップ（但，テンプレートが設定された場合），自動でテンプレートを生成する場合には無効
--speed	2	高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど，より高速化されるが，精度が下がる。
--boxsize	128	BOXの大きさ（pix）
--min_dist	300	粒子間の最小距離（A）

下記のHPを参照

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 　テンプレート有もしくは無の条件で，クライオ電子顕微鏡の画像から，精確に，高速に，柔軟に，かつ，十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。
+== 使い方 ==
+ $ Gautomatch [options] <micrographs>
+{| class="wikitable"
+|+ 基本のオプション
+|-
+! option
+! default
+! 説明
+|-
+| -apixM
+| 1.34
+| ピクセルサイズ（A）
+|-
+| -diameter
+| 400
+|　粒子の直径（A）
+|-
+| -T
+| NONE
+| 粒子のテンプレート（MRCのスタックファイル），提供されない場合は，自動生成する。
+|-
+| -apixT
+| 1.34
+| 粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ（A）
+|}
+{| class="wikitable"
+|+ 付加的なオプション
+|-
+! option
+! default
+! 説明
+|-
+| --ang_step
+| 5
+| 角度ステップ（但，テンプレートが設定された場合），自動でテンプレートを生成する場合には無効
+|-
+| --speed
+| 2
+| 高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど，より高速化されるが，精度が下がる。
+|-
+| --boxsize
+| 128
+| BOXの大きさ（pix）
+|-
+| --min_dist
+| 300
+| 粒子間の最小距離（A）
+|}
+== 参照 ==
+下記のHPを参照
 https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/