「mrcImageAutoRotationCorrelation」の版間の差分

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<div>-n または -range を設定しなければならない。（参照ファイルの回転で使用する）<br>
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-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。</div>
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例）mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合
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          -nRot1 3  -dRot1 1 -startRot1 89
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          -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2  0
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          -nRot3 4  -dRot1 3 -startRot1  3
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===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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====Method=0のとき====
 
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<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td></td>  
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<td>Normal Correlation FxG*</td>
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<tr>
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<td>1</td>
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<td>Phase  Correlation FxG*/    |FxG*|</td>
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</tr>
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<tr>
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<td>2</td>
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<td>Phase  Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)</td>
 +
</tr>
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<tr>
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<td>3</td>
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<td>Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)</td>
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</tr>
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<tr>
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<td>16</td>
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<td>(0,0) = 0 </td>  
 
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<div>Refinement Correlation Map</div>
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<table border="1">
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<tr>
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<th>モード</th>
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<th>説明</th>
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</tr>
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<tr>
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<td>0</td>
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<td>sqrt(Sum |Fi-Gi|^2                / Sum |Gi|^2)</td>
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</tr> <tr>
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<td>1</td>
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<td>Sum |Gi||phaseFi - phaseGi|  / Sum |Gi|  </td>
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</tr> <tr>
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<td>2</td>
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<td>sqrt(Sum |Gi||phaseFi - phaseGi|^2 / Sum |Gi|  )</td>
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<div>You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.</div>
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====Method=1のとき====
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SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm
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====Method=2のとき====
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Rotational Cross-Correlation Function<br>
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-m NotSupported
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===-StackOrder の詳細===
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<table border="1">
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<tr>
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<th>モード</th>
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<th>説明</th>
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</tr>
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<tr>
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<td>0</td>
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<td>for pdb2mrc2d : default</td>
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</tr>
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<tr>
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<td>1</td>
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<td>for mrc3Dto2D </td>
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</table>
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===-RefineMode の詳細===
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<table border="1">
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<tr>
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<th>モード</th>
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<th>説明</th>
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</tr>
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<tr>
 +
<td>0</td>
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<td>for LinearCorrelation;  default</td>
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</tr>
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<tr>
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<td>1</td>
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<td>for SetModeCorrelation </td>
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</tr>
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 +
===-dRot と-nRotArea の関係===
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-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。
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===Search Area===
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<pre>
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-refStep[1|2|3]
 +
Skip image number: Just skip ref-images
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or
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-nRot[1|2|3]Area
 +
    Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode.
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</pre>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==

2013年10月31日 (木) 02:40時点における版

mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力: パラメータmrcImage NULL
-O 選択 出力: パラメータ[ASCII] stdout
-nRot1 選択 Rotation number of Ref for Rot1 1
-nRot2 選択 Rotation number of Ref for Rot2 1
-nRot3 選択 Rotation number of Ref for Rot3 1
-dRot1 選択 Delta Angle [Degree] of Ref for Rot1; Def.: 360/nRot1 1.0
-dRot2 選択 Delta Angle [Degree] of Ref for Rot2; Def.: 360/nRot2 1.0
-dRot3 選択 Delta Angle [Degree] of Ref for Rot3; Def.: 360/nRot3 1.0
-startRot1 選択 Start Angle [Degree] of Ref for Rot1 0.0
-startRot2 選択 Start Angle [Degree] of Ref for Rot2 0.0
-startRot3 選択 Start Angle [Degree] of Ref for Rot3 0.0
-StackOrder 選択 Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention 0
-cor 選択 Correation Map at Maximum (Linear) [mrcImage-format] NULL
-cor2 選択 Correation Map2 at Maximum (Set Mode Correlation)[mrcImage-format] NULL
-corAll 選択 Correation Map with All Rotation [mrcImage-format] NULL
-fit 選択 出力: rotatedImage at Maximum(Linear Correlation) [mrcImage] NULL
-fit2 選択 出力: rotatedImage at Maximum(Set Correlation mode) [mrcImage]rotatedImage at Maximum(Set Correlation mode) [mrcImage] NULL
-RefineMode 選択 RefinementStep: Linear:0 or SetMode:1 0
-range 選択 入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle) (-5.0, 5.0)
-refStep1 選択 SearchStep for Ref: Each Image along Rot1 1
-refStep2 選択 SearchStep for Ref: Each Image along Rot2 1
-refStep3 選択 SearchStep for Ref: Each Image along Rot3 1
-nRot1Area 選択 number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep) (-360, 360, 25)
-nRot2Area 選択 number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep) (-360, 360, 25)
-nRot3Area 選択 number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep) (-360, 360, 25)
-Iter 選択 Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane 1
-Method 選択 0: Correlation, 1: SSDA 0
-s 選択 SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation (0, 0, 0, 0)
-Shift 選択 Image Shift, when in > ref
-RepeatX 選択 RepeatX[A] 27.3
-RepeatXDelta 選択 RepeatXDelta[A] 5
-RepeatY 選択 RepeatY[A] 27.3
-RepeatYDelta 選択 RepeatYDelta[A] 5
-Xshift 選択 X-Shift Only
-NoShift 選択 No-Shift
-Log 選択 出力: ログファイル stdout
-pvm 選択 Task Number 1
-pvmList 選択 pvmList (コンフィグファイル) NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-n または -range を設定しなければならない。（参照ファイルの回転で使用する）
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。
例）mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合
           -nRot1 3   -dRot1 1 -startRot1 89 
           -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2  0 
           -nRot3 4   -dRot1 3 -startRot1  3

モードの詳細

Method=0のとき

モード 説明
0 Normal Correlation FxG*
1 Phase Correlation FxG*/ |FxG*|
2 Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16 (0,0) = 0


Refinement Correlation Map
モード 説明
0 sqrt(Sum |Fi-Gi|^2 / Sum |Gi|^2)
1 Sum |Gi||phaseFi - phaseGi| / Sum |Gi|
2 sqrt(Sum |Gi||phaseFi - phaseGi|^2 / Sum |Gi| )
You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.

Method=1のとき

SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm

Method=2のとき

Rotational Cross-Correlation Function
-m NotSupported

-StackOrder の詳細

モード 説明
0 for pdb2mrc2d : default
1 for mrc3Dto2D

-RefineMode の詳細

モード 説明
0 for LinearCorrelation; default
1 for SetModeCorrelation

-dRot と-nRotArea の関係

-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。

Search Area

-refStep[1|2|3]
Skip image number: Just skip ref-images
or
-nRot[1|2|3]Area
     Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode.

実行例


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