「mrcImageModelCreate」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行241: | 行241: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| − | [[画像:Outdata-mrcImageModelCreate.png]] | + | <table> |
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-mrcImageModelCreate.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2 (34, 35, 50)<br> | ||
| + | 0.492871<br> | ||
| + | 0.499957<br> | ||
| + | 0.000714225<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | N : ( 70, 70, 100) | ||
| + | Mode : 2 mrcFloatImage | ||
| + | StartN : ( 0, 0, 0) | ||
| + | M : ( 1, 1, 1) | ||
| + | Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) | ||
| + | A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) | ||
| + | C,R,S : ( 1, 2, 3) | ||
| + | Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.493) | ||
| + | ISPG : 0 | ||
| + | NSYMBT : 0 | ||
| + | EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 4.2e-45 4: 1.6e-29 5: 0 6: 1.1e+10 7: 4.6e-41 8: 1.1e+10 9: 4.6e-41 10: 1.1e+10 11: 4.6e-41 12: 1.6e-29 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 0) | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 192822851) | ||
| + | LABEL : 0 | ||
| + | Tailer Number: 0 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
===オプション -nx, -ny, -nz=== | ===オプション -nx, -ny, -nz=== | ||
====nx=50, ny=100, nz=150で実行==== | ====nx=50, ny=100, nz=150で実行==== | ||
| − | [[画像:Outdata-nx50ny100nz150-mrcImageModelCreate.png]] | + | <table> |
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-nx50ny100nz150-mrcImageModelCreate.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2 (25, 50, 74)<br> | ||
| + | 0.745009<br> | ||
| + | 0.435877<br> | ||
| + | 0.000503308<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | N : ( 50, 100, 150) | ||
| + | Mode : 2 mrcFloatImage | ||
| + | StartN : ( 0, 0, 0) | ||
| + | M : ( 1, 1, 1) | ||
| + | Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) | ||
| + | A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) | ||
| + | C,R,S : ( 1, 2, 3) | ||
| + | Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.745) | ||
| + | ISPG : 0 | ||
| + | NSYMBT : 0 | ||
| + | EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 1.3e-44 4: 1.1e-35 5: 0 6: 1.4e+16 7: 4.6e-41 8: 1.4e+16 9: 4.6e-41 10: 1.4e+16 11: 4.6e-41 12: 1.1e-35 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 0) | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 1212389780) | ||
| + | LABEL : 0 | ||
| + | Tailer Number: 0 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
===オプション -r=== | ===オプション -r=== | ||
====r=100で実行==== | ====r=100で実行==== | ||
| − | [[画像:Outdata-r100-mrcImageModelCreate.png]] | + | <table> |
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-r100-mrcImageModelCreate.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2 (0, 1, 0)<br> | ||
| + | 1.49286<br> | ||
| + | 0.499949<br> | ||
| + | 0.000714213<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | N : ( 70, 70, 100) | ||
| + | Mode : 2 mrcFloatImage | ||
| + | StartN : ( 0, 0, 0) | ||
| + | M : ( 1, 1, 1) | ||
| + | Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) | ||
| + | A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) | ||
| + | C,R,S : ( 1, 2, 3) | ||
| + | Min,Max,Mean : ( 1, 2, 1.49) | ||
| + | ISPG : 0 | ||
| + | NSYMBT : 0 | ||
| + | EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 7e-45 4: 5.3e-40 5: 0 6: 2.7e+19 7: 4.6e-41 8: 2.7e+19 9: 4.6e-41 10: 2.7e+19 11: 4.6e-41 12: 5.3e-40 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 0) | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 741242838) | ||
| + | LABEL : 0 | ||
| + | Tailer Number: 0 | ||
| + | </pre> | ||
===オプション -lx, -ly, -lz=== | ===オプション -lx, -ly, -lz=== | ||
====lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行==== | ====lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行==== | ||
| − | [[画像:Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png]] | + | <table> |
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2 (34, 35, 50)<br> | ||
| + | 0.492871<br> | ||
| + | 0.499957<br> | ||
| + | 0.000714225<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | N : ( 70, 70, 100) | ||
| + | Mode : 2 mrcFloatImage | ||
| + | StartN : ( 0, 0, 0) | ||
| + | M : ( 1, 1, 1) | ||
| + | Length : ( 2.500, 7.500, 10.000) | ||
| + | A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) | ||
| + | C,R,S : ( 1, 2, 3) | ||
| + | Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.493) | ||
| + | ISPG : 0 | ||
| + | NSYMBT : 0 | ||
| + | EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 1.3e-44 4: 1.6e-37 5: 0 6: 1e+18 7: 4.6e-41 8: 1e+18 9: 4.6e-41 10: 1e+18 11: 4.6e-41 12: 1.6e-37 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 0) | ||
| + | XORIGIN : ( 0, 1135086917) | ||
| + | LABEL : 0 | ||
| + | Tailer Number: 0 | ||
| + | </pre> | ||
2013年11月28日 (木) 06:22時点における版
mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -nx | 選択 | Real length = nx * lx | 70 |
| -ny | 選択 | Real length = ny * ly | 70 |
| -nz | 選択 | Real length = nz * lz | 100 |
| -r | 選択 | 半径[pixel] | 1 |
| -lx | 選択 | ピクセルサイズ[Angstrom] | 5.0 |
| -ly | 選択 | ピクセルサイズ[Angstrom] | 5.0 |
| -lz | 選択 | ピクセルサイズ[Angstrom] | 5.0 |
| -radius | 選択 | filament radius [A] | 150 |
| -n | 選択 | n-helix | 3 |
| -dz | 選択 | pitch [A] | 143 |
| -dphi | 選択 | rotation angle [degree] | 40 |
| -phi | 選択 | rotation angle in the same level [degree] | 120 |
| -sz | 選択 | start z [A] | 0 |
| -ez | 選択 | end z [A] | 500 |
| -sphi | 選択 | start angle [degree] | 0 |
| -sphi2 | 選択 | start angle 2 [degree] | 40 |
| -inMode | 選択 | inMode | 0 |
| -units | 選択 | units number | 9 |
| -fm | 選択 | formation | 0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D) Optional argument : -nx -ny -nz -r |
| 1 | Thick Filaments
Example
Optional argument
-nx -ny -nz Image Size
-lx -ly -lz Pixel Size
-radius filament radius 150[A]
-n three helix
-dz pitch 143[A]
-dphi rotation angle 40[degree]
-phi rotation angle in the same level 120[degree]
-sz start z 0[A]
-ez end z 800[A]
-sphi start phi 0[degree]
-----------------------
-inMode Centre = 0
-inMode Origin = 1
-----------------------
-units 9
-fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3)
0: normal
1: 3 sphere on the same z
Phi 0 , 30 , 60 degree
2: 3 sphere on the differnt z and on the differnt radius
Phi 0 , 30 , 60 degree
Z 0 , 30 , 60 A
Radius 0 ,1.2 ,1.4 times
3: 3 sphere on the same z and on the different radius
Phi 0 , 30 , 60 degree
Z 0 , 0 , 0 A
Radius 0 ,1.2 ,1.4 times
-----------------------
-units 3
-fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3)
0: abnormal
|
| 2 | Dot(2D) |
| 3 | Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny |
| 4 | Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny |
| 5 | Another Projection of 2 Sphere for 2D Optional argument : -nx -ny |
| 6 | SheppLogan 2D Optional argument : -nx -ny |
| 7 | SheppLogan 3D Optional argument : -nx -ny -nz |
実行例
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (34, 35, 50) |
N : ( 70, 70, 100) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.493) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 4.2e-45 4: 1.6e-29 5: 0 6: 1.1e+10 7: 4.6e-41 8: 1.1e+10 9: 4.6e-41 10: 1.1e+10 11: 4.6e-41 12: 1.6e-29 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 192822851) LABEL : 0 Tailer Number: 0
オプション -nx, -ny, -nz
nx=50, ny=100, nz=150で実行
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (25, 50, 74) |
N : ( 50, 100, 150) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.745) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 1.3e-44 4: 1.1e-35 5: 0 6: 1.4e+16 7: 4.6e-41 8: 1.4e+16 9: 4.6e-41 10: 1.4e+16 11: 4.6e-41 12: 1.1e-35 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 1212389780) LABEL : 0 Tailer Number: 0
オプション -r
r=100で実行
 |
最小 最大 |
1 (0, 0, 0) 2 (0, 1, 0) |
N : ( 70, 70, 100) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 1, 2, 1.49) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 7e-45 4: 5.3e-40 5: 0 6: 2.7e+19 7: 4.6e-41 8: 2.7e+19 9: 4.6e-41 10: 2.7e+19 11: 4.6e-41 12: 5.3e-40 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 741242838) LABEL : 0 Tailer Number: 0
オプション -lx, -ly, -lz
lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (34, 35, 50) |
N : ( 70, 70, 100) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 7.500, 10.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.493) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 1.3e-44 4: 1.6e-37 5: 0 6: 1e+18 7: 4.6e-41 8: 1e+18 9: 4.6e-41 10: 1e+18 11: 4.6e-41 12: 1.6e-37 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 1135086917) LABEL : 0 Tailer Number: 0
