「pdbRhoFitTm」の版間の差分
| 行457: | 行457: | ||
1103.92<br> | 1103.92<br> | ||
7.06681<br></p> | 7.06681<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -xmin, -xmax, xd=== | ||
| + | ====xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
| + | =====pdbの画像===== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata(pdb)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">-3.366163e+01 1.936936e+02 -1.402542e+00<br> | ||
| + | 3.823834e+01<br> | ||
| + | 21.46 37.49 20.84<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata(mrc)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br> | ||
| + | 16153 (30, 4, 0)<br> | ||
| + | 133.759<br> | ||
| + | 1154.61<br> | ||
| + | 7.3913<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
2013年11月13日 (水) 01:38時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -ipdb | 必須 | 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) | NULL |
| -imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -Sx | 必須 | xの回転軸 | 55 |
| -Sy | 必須 | yの回転軸 | 110 |
| -Sz | 必須 | zの回転軸 | 110 |
| -omrc | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -otxt | 選択 | 出力ファイル: [テキスト] | NULL |
| -opdb | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
| -xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
| -xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
| -xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
| -ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
| -ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
| -yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
| -zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
| -zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
| -zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
| -EA | 選択 | オイラー角 | ZOYS |
| -phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
| -phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
| -phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
| -psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
| -psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
| -psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
| -thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
| -thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
| -thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
| -nw | 選択 | weight for normalize | 100000000.0 |
| -nC | 選択 | Contour Level for Normalize | 0.0 |
| -I | 選択 | 黒を高密度とする | |
| -Zminus | 選択 | Shift to -z | |
| -Tfactor | 選択 | Consider T factor | |
| -Tlim | 選択 | The atom will be neglected | 60 |
| -Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
| -C | Variable | コンターレベル | 0.0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename of pdb file of atomic model
-imrc : Filename of mrc file of contour map
-omrc : Filename of mrc file of fitting results
-otxt : Filename of text file of fitting results
-opdb : Filename of pdb file with a max score after fitting results
-zmin : Initial value of z (should <= zmax)
-zmax : Final value of z
-zd : Delta z for fitting (should >0)
-phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
-phimax : Final value of phi (should >0)
-phid : Delta phi for fitting (should >0)
-C : Contour level (variable and MUST be last option)
-Inverse: Protein has high density on the image
-Sx : x of rotation axis
-Sy : y of rotation axis
-Sz : z of rotation axis
-Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
-Tfactor: Consider temperature factor
-Tlim : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
-Centre : Filament-axis is x=0, y=0
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 輪郭内の原子数をカウントする |
| 1 | 原子の密度を加える |
実行例
入力ファイルの画像
pdbの画像
-pdbRhoFitTm.png) |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
mrcImageの画像
-pdbRhoFitTm.png) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 5 (34, 41, 36) |
オプション -C
C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行
pdbの画像
-C-pdbRhoFitTm.png) |
重心 最大半径 |
-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 |
mrcImageの画像
-C-pdbRhoFitTm.png) |
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) |
オプション -Sx
Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
-Sx-pdbRhoFitTm.png) |
重心 最大半径 |
-4.086051e+01 2.123659e+02 2.597458e+00 3.823867e+01 |
mrcImageの画像
-Sx-pdbRhoFitTm.png) |
最小 最大 |
0 (15, 0, 0) 12888 (4, 8, 0) |
オプション -Sy
Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
-Sy-pdbRhoFitTm.png) |
重心 最大半径 |
2.957797e+00 -1.917446e+01 2.597458e+00 3.823857e+01 |
mrcImageの画像
-Sy-pdbRhoFitTm.png) |
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 14125 (93, 8, 0) |
オプション -Sz
Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行
pdbの画像
-Sz-pdbRhoFitTm.png) |
重心 最大半径 |
-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 |
mrcImageの画像
-Sz-pdbRhoFitTm.png) |
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) |
オプション -xmin, -xmax, xd
xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png) |
重心 最大半径 |
-3.366163e+01 1.936936e+02 -1.402542e+00 3.823834e+01 |
mrcImageの画像
-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png) |
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 16153 (30, 4, 0) |
