「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル名: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>入力ファイル名: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>stdion</td>  
 
<td>stdion</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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</pre>
 
</pre>
 
<div>llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。</div>
 
<div>llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。</div>
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===入力ファイルの画像===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
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<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.8388e-05 (34, 19, 25)<br>
 +
269.463 (0, 0, 0)<br>
 +
0.184947<br>
 +
0.853561<br>
 +
0.00121937<br></p>
 +
</td>
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</tr>
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</table>
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 +
===オプション必須項目のみの場合===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
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標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-6.10352e-07 (64, 12, 32)<br>
 +
2 (18, 16, 34)<br>
 +
0.384947<br>
 +
0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
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</table>
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===オプション　-m===
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====m=1====
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=====m=1のみで実行=====
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<table>
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<tr>
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<td> </td>
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<td><p align="left">最小<br>
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最大<br>
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平均値<br>
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標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
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</td>
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<td><p align="left">nan (0, 0, 0)<br>
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nan (0, 0, 0)<br>
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nan<br>
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nan<br>
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nan<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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=====info=CTF情報, m=1で実行=====
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<div>CTF情報のデータ</div>
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<pre>
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27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
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</pre>
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<div>出力画像</div>
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-m1info-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
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<td><p align="left">最小<br>
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最大<br>
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平均値<br>
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標準偏差<br>
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標準誤差<br></p>
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</td>
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<td><p align="left">-2.34783 (35, 41, 97)<br>
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1.79235 (55, 53, 49)<br>
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-0.384947<br>
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0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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=====kV=200, m=1で実行=====
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<table>
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<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.164 (33, 44, 0)<br>
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1.94 (15, 17, 49)<br>
 +
6.1438e-10<br>
 +
0.439006<br>
 +
0.000627152<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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=====Cs=2.1, kV=200, m=1で実行=====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-m1Cs-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
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<td><p align="left">-0.384948 (6, 45, 80)<br>
 +
1.61505 (18, 16, 34)<br>
 +
-2.46763e-09<br>
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0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
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=====df=27000, kV=200, m=1で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1df-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.97408 (35, 41, 97)<br>
 +
2.18517 (55, 17, 50)<br>
 +
3.93495e-09<br>
 +
0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
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</table>
 +
 +
=====A=0.1, kV=200, m=1で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1A-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.328 (33, 41, 4)<br>
 +
1.88 (15, 17, 49)<br>
 +
-0.384947<br>
 +
0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata--mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.94766 (33, 44, 99)<br>
 +
2.27385 (15, 53, 50)<br>
 +
3.69918e-09<br>
 +
0.605553<br>
 +
0.000865076<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2013年11月18日 (月) 01:39時点における版

mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage(FFT) stdion
-o 必須 出力ファイル名: mrcImage(CTF) stdout
-info 選択 CTF情報(Essential Parameter only) NULL
-info2 選択 CTF情報(Display2/ctfDisplay) NULL
-kV 選択 AccVol[kV] 200
-Cs 選択 Cs[mm] 2.1
-df 選択 Defocus[A]:under(+) 27000
-white 選択 WhiteNoise(N/S) 0.1
-SinWin 選択 Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.
(SinWinRmin, SinWinRmax)		 (0.1, 1.0)
-A 選択 The ratio of amplitude contrast to phase contrast 0.1
-Astig 選択 With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis)) (0, 0 , 0)
-NoAstig 選択 Without Astigmatism
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。

モードの詳細

モード 説明
0 No Correction
1 x ctf/|ctf|, phase flipping
2 x ctf, phase flipping and ctf-multiplying
3 x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided
4 x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5 x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted
6 x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided
7 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8 x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast
llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

5.8388e-05 (34, 19, 25)

269.463 (0, 0, 0)
0.184947
0.853561

0.00121937

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-6.10352e-07 (64, 12, 32)

2 (18, 16, 34)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション　-m

m=1

m=1のみで実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

nan (0, 0, 0)

nan (0, 0, 0)
nan
nan

nan
info=CTF情報, m=1で実行
CTF情報のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
出力画像
Outdata-m1info-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.34783 (35, 41, 97)

1.79235 (55, 53, 49)
-0.384947
0.605556

0.00086508
kV=200, m=1で実行
Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.164 (33, 44, 0)

1.94 (15, 17, 49)
6.1438e-10
0.439006

0.000627152
Cs=2.1, kV=200, m=1で実行
Outdata-m1Cs-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.384948 (6, 45, 80)

1.61505 (18, 16, 34)
-2.46763e-09
0.605556

0.00086508
df=27000, kV=200, m=1で実行
Outdata-m1df-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.97408 (35, 41, 97)

2.18517 (55, 17, 50)
3.93495e-09
0.605556

0.00086508
A=0.1, kV=200, m=1で実行
Outdata-m1A-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.328 (33, 41, 4)

1.88 (15, 17, 49)
-0.384947
0.605556

0.00086508
Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行
ファイル:Outdata--mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.94766 (33, 44, 99)

2.27385 (15, 53, 50)
3.69918e-09
0.605553

0.000865076

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