「mrcImageModelCreate」の版間の差分

2013年11月28日 (木) 06:45時点における版

mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-o	必須	出力ファイル設定	NULL
-i	選択	入力ファイル設定	NULL
-nx	選択	Real length = nx * lx	70
-ny	選択	Real length = ny * ly	70
-nz	選択	Real length = nz * lz	100
-r	選択	半径[pixel]	1
-lx	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-ly	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-lz	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-radius	選択	filament radius [A]	150
-n	選択	n-helix	3
-dz	選択	pitch [A]	143
-dphi	選択	rotation angle [degree]	40
-phi	選択	rotation angle in the same level [degree]	120
-sz	選択	start z [A]	0
-ez	選択	end z [A]	500
-sphi	選択	start angle [degree]	0
-sphi2	選択	start angle 2 [degree]	40
-inMode	選択	inMode	0
-units	選択	units number	9
-fm	選択	formation	0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D) Optional argument : -nx -ny -nz -r
1	Thick Filaments Example Optional argument -nx -ny -nz Image Size -lx -ly -lz Pixel Size -radius filament radius 150[A] -n three helix -dz pitch 143[A] -dphi rotation angle 40[degree] -phi rotation angle in the same level 120[degree] -sz start z 0[A] -ez end z 800[A] -sphi start phi 0[degree] ----------------------- -inMode Centre = 0 -inMode Origin = 1 ----------------------- -units 9 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3) 0: normal 1: 3 sphere on the same z Phi 0 , 30 , 60 degree 2: 3 sphere on the differnt z and on the differnt radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 30 , 60 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times 3: 3 sphere on the same z and on the different radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 0 , 0 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times ----------------------- -units 3 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3) 0: abnormal
2	Dot(2D)
3	Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
4	Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
5	Another Projection of 2 Sphere for 2D Optional argument : -nx -ny
6	SheppLogan 2D Optional argument : -nx -ny
7	SheppLogan 3D Optional argument : -nx -ny -nz

実行例

オプション必須項目のみの場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (34, 35, 50)
0.492871
0.499957

0.000714225

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (25, 50, 74)
0.745009
0.435877

0.000503308

N            : (        50,        100,        150)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.745)

オプション　-r

r=100で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1 (0, 0, 0)

2 (0, 1, 0)
1.49286
0.499949

0.000714213

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         1,          2,       1.49)

オプション　-lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (34, 35, 50)
0.492871
0.499957

0.000714225

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      7.500,     10.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)

オプション　-m

m=1, nx=69, ny=69で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (19, 8, 0)
2.52048e-05
0.00502037

7.2759e-06

m=2で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (17, 17, 0)
6.12245e-06
0.00247435

3.53479e-06

m=3で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

40 (42, 40, 0)
0.0537245
1.09497

0.00156424

m=4で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

24 (33, 29, 0)
0.0311673
0.613804

0.000876863

m=5で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

13 (34, 34, 0)
0.00767959
0.269966

0.000385666

m=6で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (33, 3, 0)
0.00551465
0.0803476

0.000114782

m=7で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

@@ 行268: / 行268: @@
 C,R,S        : (         1,          2,          3)
 Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)
-ISPG         :           0
-NSYMBT       :           0
-EXTRA        :   0: 0         	 1: 0         	 2: 0         	 3: 4.2e-45   	 4: 1.6e-29   	 5: 0         	 6: 1.1e+10   	 7: 4.6e-41   	 8: 1.1e+10   	 9: 4.6e-41   	10: 1.1e+10   	11: 4.6e-41   	12: 1.6e-29   	13: 1.4e-45   	14: 0         	15: 2.2e-44   	16: 0         	17: 0         	18: 0         	19: 0         	20: 0         	21: 0         	22: 0         	23: 0         	24: 0         	25: 0         	26: 0         	27: 0         	28: 0
-XORIGIN      : (         0,          0)
-XORIGIN      : (         0,  192822851)
-LABEL        :           0
-Tailer Number: 0
 </pre>
@@ 行307: / 行300: @@
 C,R,S        : (         1,          2,          3)
 Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.745)
-ISPG         :           0
-NSYMBT       :           0
-EXTRA        :   0: 0         	 1: 0         	 2: 0         	 3: 1.3e-44   	 4: 1.1e-35   	 5: 0         	 6: 1.4e+16   	 7: 4.6e-41   	 8: 1.4e+16   	 9: 4.6e-41   	10: 1.4e+16   	11: 4.6e-41   	12: 1.1e-35   	13: 1.4e-45   	14: 0         	15: 2.2e-44   	16: 0         	17: 0         	18: 0         	19: 0         	20: 0         	21: 0         	22: 0         	23: 0         	24: 0         	25: 0         	26: 0         	27: 0         	28: 0
-XORIGIN      : (         0,          0)
-XORIGIN      : (         0, 1212389780)
-LABEL        :           0
-Tailer Number: 0
 </pre>
@@ 行346: / 行332: @@
 C,R,S        : (         1,          2,          3)
 Min,Max,Mean : (         1,          2,       1.49)
-ISPG         :           0
-NSYMBT       :           0
-EXTRA        :   0: 0         	 1: 0         	 2: 0         	 3: 7e-45     	 4: 5.3e-40   	 5: 0         	 6: 2.7e+19   	 7: 4.6e-41   	 8: 2.7e+19   	 9: 4.6e-41   	10: 2.7e+19   	11: 4.6e-41   	12: 5.3e-40   	13: 1.4e-45   	14: 0         	15: 2.2e-44   	16: 0         	17: 0         	18: 0         	19: 0         	20: 0         	21: 0         	22: 0         	23: 0         	24: 0         	25: 0         	26: 0         	27: 0         	28: 0
-XORIGIN      : (         0,          0)
-XORIGIN      : (         0,  741242838)
-LABEL        :           0
-Tailer Number: 0
 </pre>
@@ 行384: / 行363: @@
 C,R,S        : (         1,          2,          3)
 Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)
-ISPG         :           0
-NSYMBT       :           0
-EXTRA        :   0: 0         	 1: 0         	 2: 0         	 3: 1.3e-44   	 4: 1.6e-37   	 5: 0         	 6: 1e+18     	 7: 4.6e-41   	 8: 1e+18     	 9: 4.6e-41   	10: 1e+18     	11: 4.6e-41   	12: 1.6e-37   	13: 1.4e-45   	14: 0         	15: 2.2e-44   	16: 0         	17: 0         	18: 0         	19: 0         	20: 0         	21: 0         	22: 0         	23: 0         	24: 0         	25: 0         	26: 0         	27: 0         	28: 0
-XORIGIN      : (         0,          0)
-XORIGIN      : (         0, 1135086917)
-LABEL        :           0
-Tailer Number: 0
 </pre>
+===オプション　-m===
+====m=1, nx=69, ny=69で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(19, 8, 0)<br>
+.52048e-05<br>
+.00502037<br>
+.2759e-06<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=2で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m2-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(17, 17, 0)<br>
+.12245e-06<br>
+.00247435<br>
+.53479e-06<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=3で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m3-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(42, 40, 0)<br>
+.0537245<br>
+.09497<br>
+.00156424<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=4で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m4-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(33, 29, 0)<br>
+.0311673<br>
+.613804<br>
+.000876863<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=5で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m5-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(34, 34, 0)<br>
+.00767959<br>
+.269966<br>
+.000385666<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=6で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m6-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(33, 3, 0)<br>
+.00551465<br>
+.0803476<br>
+.000114782<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=7で実行====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m7-mrcImageModelCreate.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+(35, 35, 5)<br>
+.384947<br>
+.605556<br>
+.00086508<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>

「mrcImageModelCreate」の版間の差分

2013年11月28日 (木) 06:45時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

実行例

オプション必須項目のみの場合

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

オプション　-r

r=100で実行

オプション　-lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

オプション　-m

m=1, nx=69, ny=69で実行

m=2で実行

m=3で実行

m=4で実行

m=5で実行

m=6で実行

m=7で実行

案内メニュー

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個人用ツール

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ツール

「mrcImageModelCreate」の版間の差分

2013年11月28日 (木) 06:45時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

実行例

オプション必須項目のみの場合

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

オプション -r

r=100で実行

オプション -lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

オプション -m

m=1, nx=69, ny=69で実行

m=2で実行

m=3で実行

m=4で実行

m=5で実行

m=6で実行

m=7で実行

案内メニュー

検索

オプション　-nx, -ny, -nz

オプション　-r

オプション　-lx, -ly, -lz

オプション　-m