「mrcImage3DPad」の版間の差分

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行125: 行125:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像===
+
===[[Media:Input-ThickFilaments0-N.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-ThickFilaments0-N.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-ThickFilaments0-N.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br>
 +
1.52145 (47, 41, 47)<br>
 +
0.00295664<br>
 +
0.0916201<br>
 +
0.000132783<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
<div>M=1で使用する[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行155: 行180:
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 99 99 99
+
N: 69 69 100
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
−
r: 49
+
r: 34
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>出力画像</div>
 
<div>出力画像</div>
行174: 行199:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br>  
+
<td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br>  
−
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
+
1.52145 (47, 41, 47)<br>  
−
12.0338<br>  
+
0.00295664<br>  
−
475.034<br>  
+
0.0916201<br>  
−
0.48225<br></p>  
+
0.000132783<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行187: 行212:
  
 
===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
 
===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
−
====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行====  
+
====Nx=50, Ny=50, Nz=75で実行====  
 
<div>出力結果</div>
 
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 70 70 75
+
N: 50 50 75
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
−
r: 49
+
r: 34
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>出力画像</div>
 
<div>出力画像</div>
行211: 行236:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2134.45 (57, 16, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-0.295151 (23, 12, 71)<br>  
−
4032.8 (35, 39, 30)<br>  
+
1.52145 (38, 32, 47)<br>  
−
30.8159<br>  
+
0.00688378<br>  
−
497.908<br>  
+
0.1116<br>  
−
0.821336<br></p>  
+
0.000257729<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行222: 行247:
  
 
===オプション　-r===
 
===オプション　-r===
−
====r=30で実行====  
+
====r=20で実行====  
 
<div>出力結果</div>
 
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 99 99 99
+
N: 69 69 100
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
−
r: 30
+
r: 20
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>出力画像</div>
 
<div>出力画像</div>
行246: 行271:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br>  
−
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
+
1.52145 (47, 41, 47)<br>  
−
11.873<br>  
+
0.00236564<br>  
−
274.099<br>  
+
0.0675752<br>  
−
0.278263<br></p>  
+
9.79351e-05<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行256: 行281:
  
  
−
<div>以降、r=30で実行</div>
+
<div>以降、r=20で実行</div>
  
  
 
===オプション　-v===
 
===オプション　-v===
−
====v=200で実行====  
+
====v=0.1で実行====  
 
<div>出力結果</div>
 
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 99 99 99
+
N: 69 69 100
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
 
</pre>
 
</pre>
行283: 行308:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br>  
−
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
+
1.52145 (47, 41, 47)<br>  
−
154.14<br>  
+
0.0766349<br>  
−
282.841<br>  
+
0.0778349<br>  
−
0.287138<br></p>  
+
0.000112804<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行298: 行323:
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 99 99 99
+
N: 69 69 100
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
−
r: 30
+
r: 20
−
Floating avg:0.235592
+
Floating avg:-0.000912
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>出力画像</div>
 
<div>出力画像</div>
行318: 行343:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2134.69 (71, 30, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-0.294238 (32, 21, 71)<br>  
−
4032.57 (49, 53, 30)<br>  
+
1.52236 (47, 41, 47)<br>  
−
11.6374<br>  
+
0.00327779<br>  
−
274.099<br>  
+
0.0675752<br>  
−
0.278263<br></p>  
+
9.79351e-05<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行335: 行360:
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 99 99 99
+
N: 69 69 100
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
−
r: -0.0370336
+
r: -0.000245498
−
av: -0.0370336
+
av: -0.000245498
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>出力画像</div>
 
<div>出力画像</div>
行355: 行380:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2128.21 (71, 30, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br>  
−
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
+
1.52145 (47, 41, 47)<br>  
−
11.6583<br>  
+
0.00286168<br>  
−
272.581<br>  
+
0.0672918<br>  
−
0.276722<br></p>  
+
9.75243e-05<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行370: 行395:
 
Tailer: 0
 
Tailer: 0
 
Program Start
 
Program Start
−
N: 99 99 99
+
N: 69 69 100
 
TailerNum 0
 
TailerNum 0
−
r: -2.21641
+
r: -0.000162708
−
av: -2.21641
+
av: -0.000162708
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>出力画像</div>
 
<div>出力画像</div>
行390: 行415:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2022.81 (70, 38, 17)<br>  
+
<td><p align="left">-0.255166 (37, 36, 69)<br>  
−
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
+
1.06472 (47, 41, 47)<br>  
−
10.1084<br>  
+
0.00197785<br>  
−
270.833<br>  
+
0.0497011<br>  
−
0.274947<br></p>  
+
7.20306e-05<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行401: 行426:
  
 
===オプション　-M===
 
===オプション　-M===
−
====M=1で実行====  
+
====M=1, r=30で実行====  
 
<div>出力結果</div>
 
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>

2014年1月14日 (火) 01:31時点における版

mrcImage3DPadとはパディング（3D）を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 xy平面における境界の半径 Nx
-w 選択 スロープの幅(m=1で使用) 1
-v 選択 パディング値 0
-Nx 選択 出力ファイルのNx 入力ファイルのNx
-Ny 選択 出力ファイルのNy 入力ファイルのNy
-Nz 選択 出力ファイルのNz 入力ファイルのNz
-Floating 選択 フローティング
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-m の詳細

モード 説明
0 境界外は平均値で埋める
1 余弦関数を掛ける

-M の詳細

モード 説明
0 フィラメント用(半径を軸から算出する)
1 粒子用(半径を中心から算出する)


実行例

入力ファイルの画像

Input-ThickFilaments0-N.png
xy平面

Input1-ThickFilaments0-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00295664
0.0916201

0.000132783


M=1で使用する 入力ファイルの画像

Input-121P-O-N.png
xy平面

Input1-121P-O-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


オプション必須項目のみの場合

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: 34
出力画像

Outdata-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00295664
0.0916201

0.000132783
デフォルト設定の場合、画像に変化はない


オプション　-Nx, -Ny, -Nz

Nx=50, Ny=50, Nz=75で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 50 50 75
TailerNum 0
r: 34
出力画像

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (23, 12, 71)

1.52145 (38, 32, 47)
0.00688378
0.1116

0.000257729


オプション　-r

r=20で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: 20
出力画像

Outdata-r-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (32, 21, 71)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00236564
0.0675752

9.79351e-05


以降、r=20で実行


オプション　-v

v=0.1で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
出力画像

Outdata-v-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (32, 21, 71)

1.52145 (47, 41, 47)
0.0766349
0.0778349

0.000112804


オプション　-Floating

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: 20 
Floating avg:-0.000912
出力画像

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-Floating-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.294238 (32, 21, 71)

1.52236 (47, 41, 47)
0.00327779
0.0675752

9.79351e-05


オプション　-m

m=1で実行

その他のオプションなし
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: -0.000245498 
av: -0.000245498
出力画像

Outdata-m1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (32, 21, 71)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00286168
0.0672918

9.75243e-05


w=2で実行
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: -0.000162708 
av: -0.000162708
出力画像

Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1w-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.255166 (37, 36, 69)

1.06472 (47, 41, 47)
0.00197785
0.0497011

7.20306e-05


オプション　-M

M=1, r=30で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
99 99 99
出力画像

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-M1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1991.84 (41, 38, 29)

4032.8 (49, 53, 30)
13.2658
197.192

0.200188

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