「pdbSecondaryStructurePrint」の版間の差分
提供: Eospedia
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==実行例== | ==実行例== | ||
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[[画像:Inputdata-Info-pdbSecondaryStructurePrint.png]]</div> | [[画像:Inputdata-Info-pdbSecondaryStructurePrint.png]]</div> | ||
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| − | === | + | ===オプション必須項目のみの場合=== |
| − | + | <div>下記の内容が出力される</div> | |
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| − | + | HELIX 1 A1 LYS A 16 GLN A 25 1 10 | |
| + | HELIX 2 A2 SER A 65 THR A 74 1 10 | ||
| + | HELIX 3 A3 THR A 87 VAL A 103 1 17 | ||
| + | HELIX 4 A4 SER A 127 TYR A 137 1 11 | ||
| + | HELIX 5 A5 VAL A 152 ARG A 164 1 13 | ||
| + | SHEET 1 S 6 GLU A 37 ILE A 46 0 | ||
| + | SHEET 2 S 6 GLU A 49 THR A 58 -1 O LEU A 53 N LYS A 42 | ||
| + | SHEET 3 S 6 THR A 2 VAL A 9 1 N LEU A 6 O ASP A 54 | ||
| + | SHEET 4 S 6 GLY A 77 ALA A 83 1 N LEU A 79 O VAL A 7 | ||
| + | SHEET 5 S 6 MET A 111 ASN A 116 1 N VAL A 114 O CYS A 80 | ||
| + | SHEET 6 S 6 TYR A 141 GLU A 143 1 N ILE A 142 O LEU A 113 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
2014年1月28日 (火) 02:17時点における版
pdbSecondaryStructurePrintは二次構造を表示するEosのコマンド。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | stdin |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | stdout |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの詳細
オプション必須項目のみの場合
下記の内容が出力される
HELIX 1 A1 LYS A 16 GLN A 25 1 10 HELIX 2 A2 SER A 65 THR A 74 1 10 HELIX 3 A3 THR A 87 VAL A 103 1 17 HELIX 4 A4 SER A 127 TYR A 137 1 11 HELIX 5 A5 VAL A 152 ARG A 164 1 13 SHEET 1 S 6 GLU A 37 ILE A 46 0 SHEET 2 S 6 GLU A 49 THR A 58 -1 O LEU A 53 N LYS A 42 SHEET 3 S 6 THR A 2 VAL A 9 1 N LEU A 6 O ASP A 54 SHEET 4 S 6 GLY A 77 ALA A 83 1 N LEU A 79 O VAL A 7 SHEET 5 S 6 MET A 111 ASN A 116 1 N VAL A 114 O CYS A 80 SHEET 6 S 6 TYR A 141 GLU A 143 1 N ILE A 142 O LEU A 113
