「pdbAtomSection」の版間の差分

2014年1月28日 (火) 23:59時点における版

pdbAtomSectionとは原子モデルのセクション（断面）をとりだしてpsファイルで出力するEosのコマンドである。

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-if	選択	入力ファイル: FlagsFile	NULL
-o	必須	出力ファイル: psファイル	NULL
-dist	選択	Distance of Sections	2.5
-zmin	選択	zの最小値	0.0
-zmax	選択	zの最大値	90.0
-fm	選択	flag mode	13
-r	選択	半径	1.0
-clw	選択	円周の幅	0.1
-plw	選択	ペプチド結合の幅	0.1
-fontsize	選択	font size	2.0
-AS	選択	absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A)	1.0
-shiftx	選択	pdb Shift x [A]	0.0
-shifty	選択	pdb Shift y [A]	0.0
-shiftz	選択	pdb Shift z [A]	0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モード	説明
0

chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


6/90ページ(ページ左下)

@@ 行132: / 行132: @@
 			</tr>
 		</table>
+===-fm の詳細===
+		<table border="1">
+			<tr>
+				<th>モード</th>
+				<th>説明</th>
+			</tr>
+			<tr>
+				<td>0</td>
+				<td>display nothing</td>
+			</tr>
+			<tr>
+				<td>1</td>
+				<td>one char amino acid name</td>
+			</tr>
+			<tr>
+				<td>2</td>
+				<td>three char amino acid name</td>
+			</tr>
+			<tr>
+				<td>4</td>
+				<td>chain identifier</td>
+			</tr>
+			<tr>
+				<td>8</td>
+				<td>sequence number</td>
+			</tr>
+			<tr>
+				<td>16</td>
+				<td>display any atom</td>
+			</tr>
+		</table>
+===-if のフォーマット===
+<pre>
+chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize
+</pre>