「pdbPCA」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>出力ファイル：計算結果を出力 (ASCII) </td> |
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | <td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-oU</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>出力ファイル：Unit Vector (Array)</td> | ||
| + | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-oM</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>出力ファイル：Unit Vector (Marix3D)</td> | ||
| + | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-oPDB</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td> | ||
| + | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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2013年3月24日 (日) 01:17時点における版
pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosのコマンドである。主成分分析法（PCA）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル：ＰＤＢ | stdion（設定しなければ標準入力） |
| -o | 選択 | 出力ファイル：計算結果を出力 (ASCII) | stdout(設定しなければ標準出力） |
| -oU | 選択 | 出力ファイル：Unit Vector (Array) | NULL(設定しなければ出力しない） |
| -oM | 選択 | 出力ファイル：Unit Vector (Marix3D) | NULL(設定しなければ出力しない） |
| -oPDB | 選択 | 出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、第１，２，３主成分軸がx, y, z軸 | NULL(設定しなければ出力しない） |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|
実行例
$ pdbPCA -i 1VOM.pdb
Program Start
(0,0):=1149624.289131
(0,1):=-118627.789270
(0,2):=315483.835955
(1,0):=-118627.789270
(1,1):=2010078.268384
(1,2):=-1021173.592972
(2,0):=315483.835955
(2,1):=-1021173.592972
(2,2):=2127164.855685
nrot for PCA: 11
Result
C: covariance matrix
2 3 3
1149624.250000 -118627.789062 315483.843750
-118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500
315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000
u: unit vector
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871 # 第一主成分の固有ベクトル
0.767707 0.543582 0.339330 # 第二主成分の固有ベクトル
-0.621801 0.503931 0.599514 # 第三主成分の固有ベクトル
lambda^2: lambda^2
1 3
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
#第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分
