「mrcImageFeatureCalc」の版間の差分
(→オプション指定なし) |
(→オプション指定なし) |
||
| 行111: | 行111: | ||
球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3 | 球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3 | ||
| − | + | complexity: 複雑度 | |
| + | 複雑度(2D) ＝ (周辺長)^2/(面積) | ||
| + | 複雑度(3D) ＝ (表面積)^3/(体積)^2 | ||
出力ファイル：２次元画像 | 出力ファイル：２次元画像 | ||
<code> | <code> | ||
| − | + | id gcx gcy gcz area startx starty startz perimeter circularity complexity diameter | |
| − | + | 000000 33.9348 34.7792 0.0000 4338.0000 0 0 0 -1.0000 10000.0000 10000.0000 10000.0000 | |
| − | + | 000001 48.8459 20.7803 0.0000 305.0000 46 13 0 75.0000 0.6814 18.4426 9.8531 | |
| − | + | 000002 28.5500 24.7000 0.0000 20.0000 27 21 0 23.0000 0.4751 26.4500 2.5231 | |
| − | + | 000003 23.8947 25.0526 0.0000 19.0000 22 22 0 21.0000 0.5414 23.2105 2.4592 | |
| − | + | 000004 41.5000 38.1250 0.0000 8.0000 41 37 0 11.0000 0.8308 15.1250 1.5958 | |
| − | + | 000005 26.6000 50.3095 0.0000 210.0000 20 43 0 65.0000 0.6246 20.1190 8.1759 | |
</code> | </code> | ||
出力ファイル：３次元画像 | 出力ファイル：３次元画像 | ||
<code> | <code> | ||
| − | + | id gcx gcy gcz area startx starty startz surfArea circularity complexity diameter | |
| − | + | 000000 34.4354 34.4132 47.8910 428697.0000 0 0 0 0.0000 10000.0000 10000.0000 10000.0000 | |
| − | + | 000001 46.7244 21.8306 52.1859 21705.0000 40 9 0 9337.0000 0.0655 1727.8359 17.3044 | |
| − | + | 000002 20.2446 18.4345 5.6273 695.0000 20 18 0 475.0000 0.5097 221.8765 5.4950 | |
| − | + | 000003 46.9393 34.3125 6.8051 544.0000 45 33 0 428.0000 0.4269 264.9314 5.0641 | |
| − | + | 000004 24.3666 48.6168 48.2675 23005.0000 21 48 0 9544.0000 0.0689 1642.6568 17.6432 | |
| − | + | 000005 23.0000 37.0000 1.0000 3.0000 22 37 1 3.0000 37.6991 3.0000 0.8947 | |
| − | + | 000006 59.5970 43.9552 8.7761 67.0000 59 44 6 66.0000 1.7659 64.0446 2.5196 | |
| − | + | 000007 12.2787 19.6557 22.3607 61.0000 13 20 19 59.0000 2.0491 55.1946 2.4420 | |
| − | + | 000008 48.0000 46.0000 41.5000 2.0000 48 46 41 2.0000 56.5487 2.0000 0.7816 | |
| − | + | 000009 44.0000 45.0000 42.0000 1.0000 44 45 42 1.0000 113.0973 1.0000 0.6204 | |
| − | + | 000010 26.2264 32.6415 47.6226 53.0000 27 32 43 53.0000 2.1339 53.0000 2.3302 | |
| − | + | 000011 12.3577 37.9024 54.4797 123.0000 12 37 52 114.0000 1.1549 97.9274 3.0851 | |
| − | + | 000012 26.4244 24.7267 60.0756 172.0000 29 24 55 172.0000 0.6575 172.0000 3.4500 | |
| − | + | 000013 38.0000 39.5000 55.0000 2.0000 38 39 55 2.0000 56.5487 2.0000 0.7816 | |
| − | + | 000014 41.9074 38.1667 60.8704 54.0000 41 38 57 54.0000 2.0944 54.0000 2.3448 | |
| − | + | 000015 56.9273 35.9182 68.0545 110.0000 57 33 66 100.0000 1.3685 82.6446 2.9724 | |
| − | + | 000016 30.0000 25.0000 67.5000 2.0000 30 25 67 2.0000 56.5487 2.0000 0.7816 | |
| − | + | 000017 31.6667 29.0000 68.6667 3.0000 32 29 68 3.0000 37.6991 3.0000 0.8947 | |
| − | + | 000018 34.0000 28.0000 95.0000 1.0000 34 28 95 1.0000 113.0973 1.0000 0.6204 | |
| + | |||
</code> | </code> | ||
2015年11月14日 (土) 02:00時点における版
mrcImageFeatureCalcとは、２値化画像で求められるラベル化された粒子毎にその情報を実施するEosのコマンドである。
ラベル化された粒子毎の面積、表面積（周辺長）、円形度などを表示します。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: ASCIIファイル | stdout |
| -oL | 選択 | 出力ファイル：ラベル画像 | NULL |
| -oGC | 選択 | 出力ファイル：重心画像 | NULL |
| -oP | 選択 | 出力ファイル：周辺長画像（２Ｄ）の計算 | NULL |
| -oL | 選択 | 出力ファイル：表面画像（３Ｄ）の計算 | NULL |
| -n | 選択 | 近傍を設定[2D: 4|8 or 3D: 6|18|26 ] | 0 |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
オプション指定なし
id: ラベル ラベル０は背景
gc: 重心
area: 面積（体積）
start: 始点（周辺、表面積）
perimeter: 周辺長
surfArea: 表面積
circularity: 円形度（球形度）
円形度=4*PI*面積/(周辺長)^2 球形度=36*PI*(体積)^2/(表面積)^3
complexity: 複雑度
複雑度(2D) ＝ (周辺長)^2/(面積) 複雑度(3D) ＝ (表面積)^3/(体積)^2
出力ファイル：２次元画像
id gcx gcy gcz area startx starty startz perimeter circularity complexity diameter
000000 33.9348 34.7792 0.0000 4338.0000 0 0 0 -1.0000 10000.0000 10000.0000 10000.0000 000001 48.8459 20.7803 0.0000 305.0000 46 13 0 75.0000 0.6814 18.4426 9.8531 000002 28.5500 24.7000 0.0000 20.0000 27 21 0 23.0000 0.4751 26.4500 2.5231 000003 23.8947 25.0526 0.0000 19.0000 22 22 0 21.0000 0.5414 23.2105 2.4592 000004 41.5000 38.1250 0.0000 8.0000 41 37 0 11.0000 0.8308 15.1250 1.5958 000005 26.6000 50.3095 0.0000 210.0000 20 43 0 65.0000 0.6246 20.1190 8.1759
出力ファイル：３次元画像
id gcx gcy gcz area startx starty startz surfArea circularity complexity diameter
000000 34.4354 34.4132 47.8910 428697.0000 0 0 0 0.0000 10000.0000 10000.0000 10000.0000 000001 46.7244 21.8306 52.1859 21705.0000 40 9 0 9337.0000 0.0655 1727.8359 17.3044 000002 20.2446 18.4345 5.6273 695.0000 20 18 0 475.0000 0.5097 221.8765 5.4950 000003 46.9393 34.3125 6.8051 544.0000 45 33 0 428.0000 0.4269 264.9314 5.0641 000004 24.3666 48.6168 48.2675 23005.0000 21 48 0 9544.0000 0.0689 1642.6568 17.6432 000005 23.0000 37.0000 1.0000 3.0000 22 37 1 3.0000 37.6991 3.0000 0.8947 000006 59.5970 43.9552 8.7761 67.0000 59 44 6 66.0000 1.7659 64.0446 2.5196 000007 12.2787 19.6557 22.3607 61.0000 13 20 19 59.0000 2.0491 55.1946 2.4420 000008 48.0000 46.0000 41.5000 2.0000 48 46 41 2.0000 56.5487 2.0000 0.7816 000009 44.0000 45.0000 42.0000 1.0000 44 45 42 1.0000 113.0973 1.0000 0.6204 000010 26.2264 32.6415 47.6226 53.0000 27 32 43 53.0000 2.1339 53.0000 2.3302 000011 12.3577 37.9024 54.4797 123.0000 12 37 52 114.0000 1.1549 97.9274 3.0851 000012 26.4244 24.7267 60.0756 172.0000 29 24 55 172.0000 0.6575 172.0000 3.4500 000013 38.0000 39.5000 55.0000 2.0000 38 39 55 2.0000 56.5487 2.0000 0.7816 000014 41.9074 38.1667 60.8704 54.0000 41 38 57 54.0000 2.0944 54.0000 2.3448 000015 56.9273 35.9182 68.0545 110.0000 57 33 66 100.0000 1.3685 82.6446 2.9724 000016 30.0000 25.0000 67.5000 2.0000 30 25 67 2.0000 56.5487 2.0000 0.7816 000017 31.6667 29.0000 68.6667 3.0000 32 29 68 3.0000 37.6991 3.0000 0.8947 000018 34.0000 28.0000 95.0000 1.0000 34 28 95 1.0000 113.0973 1.0000 0.6204
