「mrcImage2pdb」の版間の差分
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(ページの作成:「'''mrcImage2pdb'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプ...」) |
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| 行113: | 行113: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===入力ファイルの画像=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-mrcImage2pdb.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2 (35, 35, 5)<br> | ||
| + | 0.384947<br> | ||
| + | 0.605556<br> | ||
| + | 0.00086508<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -hi=== | ||
| + | ====hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737775e+02 1.243445e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 1.815248e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.84 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -lo=== | ||
| + | ====lo=0.5, hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737775e+02 1.243445e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 1.815248e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.84 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -Skip=== | ||
| + | ====Skip=2, hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749981e+02 1.742436e+02 1.716905e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 2.047065e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 163.26 149.19 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -R=== | ||
| + | ====R=1, hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749804e+02 1.737764e+02 1.243504e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 1.823116e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 118.76 159.96 103.08 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -m=== | ||
| + | ====m=0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749908e+02 1.745666e+02 2.098081e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 1.852709e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 115.01 150.43 174.81 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ====m=1で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749392e+02 1.724724e+02 8.514080e+01 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 1.232507e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 86.31 118.78 51.39 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ====m=2, hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.750000e+02 1.750000e+02 2.500000e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 2.275000e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 162.50 227.50 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ====m=3, hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749981e+02 1.742436e+02 1.717032e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 2.046984e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 163.26 149.20 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | ====m=4, hi=1.0で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737776e+02 1.243959e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA) : 1.815000e+02 | ||
| + | Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.90 | ||
| + | </pre> | ||
2013年11月5日 (火) 05:08時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: pdb | NULL |
| -hi | 選択 | Value of high threshold. Default is the MAX. | 0 |
| -lo | 選択 | Value of low threshold. Default is the MIN. | 0 |
| -L | 選択 | Atoms are on lattice points | |
| -Skip | 選択 | Skip atoms. | 1 |
| -R | 選択 | Random | 0 |
| -d | 選択 | Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用) | 0.1 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 5 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | One atom for one boxel. |
| 1 | Eight atoms for one boxel. |
| 2 | On the surface of high threshold. Atoms few. |
| 3 | On the surface of high threshold. Atoms medium. |
| 4 | On the surface of high threshold. Atoms many |
| 5 | (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode. |
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション -hi
hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737775e+02 1.243445e+02 Atom far from Centre(CA) : 1.815248e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.84
オプション -lo
lo=0.5, hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737775e+02 1.243445e+02 Atom far from Centre(CA) : 1.815248e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.84
オプション -Skip
Skip=2, hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749981e+02 1.742436e+02 1.716905e+02 Atom far from Centre(CA) : 2.047065e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 163.26 149.19
オプション -R
R=1, hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749804e+02 1.737764e+02 1.243504e+02 Atom far from Centre(CA) : 1.823116e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 118.76 159.96 103.08
オプション -m
m=0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749908e+02 1.745666e+02 2.098081e+02 Atom far from Centre(CA) : 1.852709e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 115.01 150.43 174.81
m=1で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749392e+02 1.724724e+02 8.514080e+01 Atom far from Centre(CA) : 1.232507e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 86.31 118.78 51.39
m=2, hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.750000e+02 1.750000e+02 2.500000e+02 Atom far from Centre(CA) : 2.275000e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 162.50 227.50
m=3, hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749981e+02 1.742436e+02 1.717032e+02 Atom far from Centre(CA) : 2.046984e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 163.26 149.20
m=4, hi=1.0で実行
Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737776e+02 1.243959e+02 Atom far from Centre(CA) : 1.815000e+02 Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.90
