「mrcImagePeakSearch」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''mrcImagePeakSearch'''とは画像の中のピークを探索するEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== ...」)
 
行26: 行26:
 
<td>-oB</td>  
 
<td>-oB</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: バイナリ</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](バイナリ)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-oL</td>  
 
<td>-oL</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: ラベル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](ラベル)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-oA</td>  
 
<td>-oA</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: Aarea</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](Aarea)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行105: 行105:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (41, 10, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
111.211<br>
 +
32.7239<br>
 +
0.409049<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====-o で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (50, 28, 0)<br>
 +
0.00546875<br>
 +
0.0737485<br>
 +
0.000921856<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-oB で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-oB-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (50, 28, 0)<br>
 +
0.00546875<br>
 +
0.0737485<br>
 +
0.000921856<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-oL で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-oL-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
25 (55, 34, 0)<br>
 +
0.0679687<br>
 +
1.06444<br>
 +
0.0133055<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-oA で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-oA-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
4 (43, 34, 0)<br>
 +
0.0101563<br>
 +
0.155292<br>
 +
0.00194115<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-t===
 +
====t=2で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-t-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (53, 22, 0)<br>
 +
0.0376563<br>
 +
0.190363<br>
 +
0.00237954<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-T===
 +
====T=128で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-T-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (10, 0, 0)<br>
 +
0.272969<br>
 +
0.445485<br>
 +
0.00556856<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-a===
 +
====a=20で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-a-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (43, 34, 0)<br>
 +
0.000625<br>
 +
0.0249922<br>
 +
0.000312402<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-A===
 +
====A=3で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-A-mrcImagePeakSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (43, 34, 0)<br>
 +
0.00109375<br>
 +
0.0330538<br>
 +
0.000413173<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2013年11月20日 (水) 07:41時点における版

mrcImagePeakSearchとは画像の中のピークを探索するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-oB 選択 出力ファイル: mrcImage(バイナリ) NULL
-oL 選択 出力ファイル: mrcImage(ラベル) NULL
-oA 選択 出力ファイル: mrcImage(Aarea) NULL
-O 選択 出力ファイル: ASCII: Peak statics NULL
-t 選択 入力: 閾値t: ピーク値が t*sigma 以上 3.0
-T 選択 入力: 閾値T: ピーク値が T 以上 0.0
-a 選択 入力: [A^2]: Peak's area are more than a 6.0
-A 選択 入力: [Pixel^2]: Peak's area are more than A 9
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (41, 10, 0)

255 (42, 36, 0)
111.211
32.7239

0.409049

オプション必須項目のみの場合

-o で実行

Outdata-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (50, 28, 0)
0.00546875
0.0737485

0.000921856

-oB で実行

Outdata-oB-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (50, 28, 0)
0.00546875
0.0737485

0.000921856

-oL で実行

Outdata-oL-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

25 (55, 34, 0)
0.0679687
1.06444

0.0133055

-oA で実行

Outdata-oA-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4 (43, 34, 0)
0.0101563
0.155292

0.00194115

オプション　-t

t=2で実行

-o の画像
Outdata-t-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (53, 22, 0)
0.0376563
0.190363

0.00237954

オプション　-T

T=128で実行

-o の画像
Outdata-T-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (10, 0, 0)
0.272969
0.445485

0.00556856

オプション　-a

a=20で実行

-o の画像
Outdata-a-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (43, 34, 0)
0.000625
0.0249922

0.000312402


オプション　-A

A=3で実行

-o の画像
Outdata-A-mrcImagePeakSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (43, 34, 0)
0.00109375
0.0330538

0.000413173

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImagePeakSearch&oldid=2941」から取得