「pdbShapeFit」の版間の差分
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| 行110: | 行110: | ||
<td>-EA</td> | <td>-EA</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>オイラー角</td> | + | <td>[[オイラー角]]の回転モード</td> |
<td>ZOYS</td> | <td>ZOYS</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
2013年11月27日 (水) 06:57時点における版
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -ipdb | 必須 | 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) | NULL |
| -imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -C | 必須 | Contour | 0.0 |
| -CM | 選択 | ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate | 0 |
| -omrc | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -otxt | 選択 | 出力ファイル: [テキスト] | stdout |
| -opdb | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
| -xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
| -xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
| -xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
| -ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
| -ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
| -yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
| -zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
| -zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
| -zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
| -EA | 選択 | オイラー角の回転モード | ZOYS |
| -phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
| -phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
| -phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
| -psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
| -psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
| -psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
| -thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
| -thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
| -thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
| -PCM | 選択 | PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface | 0 |
| -order | 選択 | order: refer to pdbSurface | 1.7 |
| -refine | 選択 | refine: refer to pdbSurface | 2 |
| -size | 選択 | size: refer to pdbSurface | 3 |
| -weight | 選択 | weight: refer to pdbSurface | 100 |
| -mergin | 選択 | mergin: refer to pdbSurface | 3.0 |
| -thres | 選択 | threshold: refer to pdbSurface | 0.0 |
| -I | 選択 | 黒を高密度とする | |
| -Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename : An atomic model to be fitted (PDB)
-imrc : Filename : 3-D density map (mrc-formated)
-omrc : Filename : fitting score map (MRC)
z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
-otxt : Filename : fitting results (Text)
-opdb : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting
-x|y|zmin : Initial value of z (should <= zmax)
-x|y|zmax : Final value of z
-x|y|zd : Delta z for fitting (should !=0)
-phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
-phi|psi|thetamax : Final value of phi (should !=0)
-phi|psi|thetad : Delta phi for fitting (should >0)
-C : Contour level of map file
-Inverse: Protein has high density on the image
-Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
-EA : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 輪郭内の原子数をカウントする |
