「pdb2mrc」の版間の差分
提供: Eospedia
(→出力ファイル) |
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| 行222: | 行222: | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | === オプション: -w === | |
<br> | <br> | ||
| 行234: | 行234: | ||
オプション指定後の画像データ<br> | オプション指定後の画像データ<br> | ||
<img src="121p.m5.info2.png" border="0" alt="121p.m5.info2.png(1546 byte)" width="208" height="81"></div> | <img src="121p.m5.info2.png" border="0" alt="121p.m5.info2.png(1546 byte)" width="208" height="81"></div> | ||
| − | + | ||
== オプション: -sig == | == オプション: -sig == | ||
2012年9月18日 (火) 22:34時点における版
pdb2mrcとはpdbファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。
オプション一覧
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -nx | 選択 | 出力画像ｘ軸の幅を設定 | 1 |
| -ny | 選択 | 出力画像ｙ軸の幅を設定 | 1 |
| -nz | 選択 | 出力画像ｚ軸の幅を設定 | 1 |
| -Sx | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｘ軸） | 0.0 |
| -Sy | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｙ軸） | 0.0 |
| -Sz | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｚ軸） | 0.0 |
| -dx | 選択 | １ピクセルのｘ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dy | 選択 | １ピクセルのｙ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dz | 選択 | １ピクセルのｚ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -w | 選択 | 重量を設定 | 1.0 |
| -sig | 選択 | 原子の半径 | 0.0 |
| -m | 選択 | モード設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
| モード | 説明 | |
|---|---|---|
| 0 | ガウス球 | |
| 1 | Wentzel原子模型 |
| -nx | 100 |
| -ny | 100 |
| -nz | 1 |
| -Sx | -18 |
| -Sy | -1 |
| -Sz | 0.5 |
| -dx | 0.5 |
| -dy | 0.5 |
| -dz | 60 |
モード：０
| <img src="121p.m3.png" border="0" alt="121p.m3.png(2191 byte)" width="100" height="100"> | 最小 最大 |
0 4 |
モード：１
------オプション -w------
------オプション -sig------
| <img src="121p.m2.png" border="0" alt="121p.m2.png(6425 byte)" width="100" height="100"> | 最小 最大 |
0 9516.95 |
オプション: -w
-wを１０に設定
オプション指定前の画像データ
<img src="121p.m5.info.png" border="0" alt="121p.m5.info.png(1531 byte)" width="209" height="81">
オプション指定後の画像データ
オプション: -sig
-sigを１に設定
| <img src="121p.m4.png" border="0" alt="121p.m4.png(7082 byte)" width="100" height="100"> | 最小 最大 |
0 0.251258 |
