「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分
| 行454: | 行454: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====m=7, info=CTF情報で実行==== | ====m=7, info=CTF情報で実行==== | ||
| 行474: | 行475: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
=====white=0.5===== | =====white=0.5===== | ||
2013年12月26日 (木) 01:50時点における版
mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル名: mrcImage(FFT) | stdion |
| -o | 必須 | 出力ファイル名: mrcImage(CTF) | stdout |
| -info | 選択 | CTF情報(Essential Parameter only) | NULL |
| -info2 | 選択 | CTF情報(Display2/ctfDisplay) | NULL |
| -kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | 球面収差[mm] | 2.1 |
| -df | 選択 | デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] | 27000 |
| -white | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 0.1 |
| -SinWin | 選択 | Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window. (SinWinRmin, SinWinRmax) |
(0.1, 1.0) |
| -A | 選択 | 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) | 0.1 |
| -Astig | 選択 | With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis)) | (0, 0 , 0) |
| -NoAstig | 選択 | Without Astigmatism | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | No Correction |
| 1 | x ctf/|ctf|, phase flipping |
| 2 | x ctf, phase flipping and ctf-multiplying |
| 3 | x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided |
| 4 | x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering |
| 5 | x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted |
| 6 | x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided |
| 7 | x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering |
| 8 | x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising |
| 9 | x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising |
-info のファイルのフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0.000514398 (78, 51, 0) 1684.3 (0, 0, 0) |
-info のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
-298.592 (37, 36, 0) 46.4642 (56, 19, 0) |
オプション -m
m=1, kV=200で実行
その他のオプションなし
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 0 (0, 0, 0) |
info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-38.9125 (41, 61, 0) 268.151 (39, 35, 0) |
Cs=2.1で実行
 |
最小 最大 |
-277.543 (37, 36, 0) 67.5181 (56, 19, 0) |
df=27000で実行
 |
最小 最大 |
-59.6211 (51, 54, 0) 244.573 (39, 35, 0) |
A=0.1で実行
 |
最小 最大 |
-46.4642 (56, 19, 0) 298.592 (37, 36, 0) |
Astig=(2000, 3000, 30)で実行
 |
最小 最大 |
-63.7102 (56, 19, 0) 278.233 (37, 35, 0) |
m=2, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-62.4959 (28, 30, 0) 115.688 (39, 34, 0) |
m=3, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-49.5112 (2, 15, 0) 1120.94 (39, 39, 0) |
m=4, info=CTF情報で実行
その他のオプションなし
 |
最小 最大 |
-76.6069 (1, 16, 0) 835.557 (40, 39, 0) |
white=0.5で実行
 |
最小 最大 |
-59.6252 (50, 54, 0) 195.105 (39, 35, 0) |
m=5, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-63.7521 (29, 30, 0) 81.6286 (39, 34, 0) |
m=6, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-1338.09 (37, 36, 0) 212.611 (2, 70, 0) |
m=7, info=CTF情報で実行
その他のオプションなし
 |
最小 最大 |
-885.311 (37, 36, 0) 43.1237 (2, 0, 0) |
white=0.5
 |
最小 最大 |
-221.279 (37, 36, 0) 60.2085 (29, 27, 0) |
