「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年1月23日 (木) 06:07時点における版

mrcImageMultiCTFCompensationとは複数枚の画像からCTF補正を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイルリスト: テキスト	stdin
-info2	選択	入力ファイルリスト: テキスト	stdin
-o	必須	出力ファイル(平均): mrcImage	stdout
-f	選択	出力ファイル(平均): mrcImage(FFT)	stdout
-W	選択	白色ノイズ比(Noise/Signal)	1.0
-WR	選択	WhiteNoiseRaising	1.0
-SinWin	選択	サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)	(0.1, 1.0)
-MaxIter	選択	Max Iteration	10
-ctfMode	選択	CTFMode	1
-solventMode	選択	溶媒の平滑化する場合に使用	0
-solventSTD	選択	solventMode=1の場合に使用	-1.0
-Log	選択	ログファイル名	stderr
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-ctfMode の詳細

モード	説明
0	位相のみ
1	位相+強度コントラスト
+32	照射半角を考慮する
+256	絶対値を割り当てる（位相を補正しない）

-m の詳細

モード	説明
0	CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1	溶媒の平滑化処理を加える
+16	逆位相を除く(位相のみの相関の場合)

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info2 のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .

実行例

-i のデータ

/Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1

Input0の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (30, 25, 0)
21.8076
47.9133

0.748645

Input1の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (30, 26, 0)
20.6895
47.2143

0.737723

Input2の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (27, 32, 0)
19.0078
47.768

0.746374

Input3の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (28, 33, 0)
18.3279
45.0774

0.704334

オプション必須項目のみの場合

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-950.729 (30, 33, 0)

91.5373 (61, 58, 0)
-199.582
202.06

3.15719

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969

オプション　-W

W=0.5で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-178.794 (29, 32, 0)

31.7025 (15, 31, 0)
-7.67623
35.9686

0.562009

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000786083 (61, 50, 0)

656.031 (1, 0, 0)
5.93815
40.2896

0.629525

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-153.883 (30, 32, 0)

23.7931 (15, 31, 0)
-7.67623
31.3292

0.489519

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

9.05608e-06 (60, 32, 0)

587.065 (1, 0, 0)
4.29171
35.7021

0.557845

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-939.931 (30, 33, 0)

82.2886 (61, 59, 0)
-199.582
201.211

3.14392

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (8, 0, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
28.1205
365.158

5.70559

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1243.15 (30, 31, 0)

534.543 (1, 0, 0)
-7.92556e-07
404.255

6.31648

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387

ctfMode=256で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-501.951 (1, 0, 0)

1288.01 (33, 32, 0)
-2.09152e-06
404.255

6.31648

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387

ctfMode=257で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969

オプション　-m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-175.249 (29, 32, 0)

49.852 (15, 31, 0)
-1.99391
37.3853

0.584145

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00642588 (59, 34, 0)

681.324 (34, 0, 0)
6.41058
40.1134

0.626771

-log のデータ

iter          0 : rms   -1.965984e+01 : min    1.000000e+06

solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-220.728 (30, 32, 0)

42.9295 (15, 31, 0)
-9.08899
47.6864

0.7451

-f の画像

Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00745064 (63, 30, 0)

916.491 (1, 0, 0)
7.81324
53.2299

0.831717

-log のデータ

iter          0 : rms   -3.997643e+00 : min    1.000000e+06

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

342.42 (29, 32, 0)

552.916 (15, 31, 0)
513.538
35.9686

0.562009

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000751982 (61, 50, 0)

32866.4 (0, 0, 0)
21.7463
726.986

11.3592

-log のデータ

iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

107.285 (29, 32, 0)

317.781 (15, 31, 0)
278.402
35.9686

0.562009

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000789315 (61, 50, 0)

17817.7 (0, 0, 0)
14.3983
395.41

6.17827

-log のデータ

iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01

m=16で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969

m=17で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

161250 (60, 60, 0)

1.85064e+06 (29, 32, 0)
432887
388639

6072.49

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00899138 (31, 33, 0)

2.77048e+07 (0, 0, 0)
51930
757226

11831.7

-log のデータ

iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01

@@ 行14: / 行14: @@
 				<td>-i</td>
 				<td>必須</td>
-				<td>入力ファイル設定: テキスト</td>
+				<td>入力ファイルリスト: テキスト</td>
 				<td>stdin</td>
 			</tr>
@@ 行20: / 行20: @@
 				<td>-info2</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>入力ファイルリスト設定: the same order as the input: ctfinfo from Display2/ctfDisplay</td>
+				<td>入力ファイルリスト: テキスト</td>
 				<td>stdin</td>
 			</tr>
@@ 行26: / 行26: @@
 				<td>-o</td>
 				<td>必須</td>
-				<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](average file)</td>
+				<td>出力ファイル(平均): [[mrcImage]]</td>
 				<td>stdout</td>
 			</tr>
@@ 行32: / 行32: @@
 				<td>-f</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](averaged fft file)</td>
+				<td>出力ファイル(平均): [[mrcImage]](FFT)</td>
 				<td>stdout</td>
 			</tr>
@@ 行50: / 行50: @@
 				<td>-SinWin</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A](SinWinRmin, SinWinRmax)</td>
+				<td>サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)</td>
 				<td>(0.1, 1.0)</td>
 			</tr>
@@ 行68: / 行68: @@
 				<td>-solventMode</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>If solvent flatterning is used, NEED</td>
+				<td>溶媒の平滑化する場合に使用</td>
 				<td>0</td>
 			</tr>
@@ 行74: / 行74: @@
 				<td>-solventSTD</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>If solvent flatterning is used as mode=1, NEED</td>
+				<td>solventMode=1の場合に使用</td>
 				<td>-1.0</td>
 			</tr>
@@ 行141: / 行141: @@
 			<tr>
 				<td>+1</td>
-				<td>Adding solvent-flattening process</td>
+				<td>溶媒の平滑化処理を加える</td>
 			</tr>
 			<tr>
 				<td>+16</td>
-				<td>Without phase flipping, in case of images after phase only correction.</td>
+				<td>逆位相を除く(位相のみの相関の場合)</td>
 			</tr>
 		</table>

「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年1月23日 (木) 06:07時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

-ctfMode の詳細

-m の詳細

-i のフォーマット

-Info2 のフォーマット

実行例

-i のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション　-W

W=0.5で実行

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

ctfMode=256で実行

ctfMode=257で実行

オプション　-m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし

solventMode=1で実行

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

m=16で実行

m=17で実行

案内メニュー

表示

個人用ツール

案内

検索

ツール

「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年1月23日 (木) 06:07時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

-ctfMode の詳細

-m の詳細

-i のフォーマット

-Info2 のフォーマット

実行例

-i のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション -W

W=0.5で実行

オプション -WR

WR=10.0, W=0.5で実行

オプション -SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

オプション -ctfMode

ctfMode=32で実行

ctfMode=256で実行

ctfMode=257で実行

オプション -m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし

solventMode=1で実行

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

m=16で実行

m=17で実行

案内メニュー

検索

オプション　-W

オプション　-WR

オプション　-SinWin

オプション　-ctfMode

オプション　-m