「mrcImageAutoRotationCorrelation」の版間の差分

2014年1月30日 (木) 07:24時点における版

mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage(2D)	NULL
-r	必須	参照ファイル: mrcImage(2D または 2Dセット)	NULL
-o	選択	出力: パラメータ: mrcImage	NULL
-O	選択	出力: パラメータ: ASCII	stdout
-cor	選択	出力: 最大値の相関マップ (Linear): mrcImage	NULL
-cor2	選択	出力: 最大値の相関マップ (Set Mode Correlation): mrcImage	NULL
-corAll	選択	出力: 全ての角度での相関マップ: mrcImage	NULL
-fit	選択	出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Linear): mrcImage	NULL
-fit2	選択	出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Set Mode Correlation): mrcImage	NULL
-nRot1	選択	Rotation number of Ref for Rot1	1
-nRot2	選択	Rotation number of Ref for Rot2	1
-nRot3	選択	Rotation number of Ref for Rot3	1
-dRot1	選択	Delta Angle [Degree] of Ref for Rot1; Def.: 360/nRot1	1.0
-dRot2	選択	Delta Angle [Degree] of Ref for Rot2; Def.: 360/nRot2	1.0
-dRot3	選択	Delta Angle [Degree] of Ref for Rot3; Def.: 360/nRot3	1.0
-startRot1	選択	Start Angle [Degree] of Ref for Rot1	0.0
-startRot2	選択	Start Angle [Degree] of Ref for Rot2	0.0
-startRot3	選択	Start Angle [Degree] of Ref for Rot3	0.0
-n	選択	入力: Rotation around the vertical axis against image plane: dRot = 360/n [degree]	36
-range	選択	入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle)	(-5.0, 5.0)
-refStep1	選択	SearchStep for Ref: Each Image along Rot1	1
-refStep2	選択	SearchStep for Ref: Each Image along Rot2	1
-refStep3	選択	SearchStep for Ref: Each Image along Rot3	1
-nRot1Area	選択	number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep)	(-360, 360, 25)
-nRot2Area	選択	number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep)	(-360, 360, 25)
-nRot3Area	選択	number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep)	(-360, 360, 25)
-Iter	選択	Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane	1
-s	選択	SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation	(0, 0, 0, 0)
-Shift	選択	Image Shift, when in > ref
-RepeatX	選択	RepeatX[A]	27.3
-RepeatXDelta	選択	RepeatXDelta[A]	5
-RepeatY	選択	RepeatY[A]	27.3
-RepeatYDelta	選択	RepeatYDelta[A]	5
-Xshift	選択	X-Shift Only
-NoShift	選択	No-Shift
-Log	選択	出力: ログファイル	stdout
-pvm	選択	Task Number	1
-pvmList	選択	pvmList (コンフィグファイル)	NULL
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-Method	選択	0: Correlation, 1: SSDA	0
-StackOrder	選択	Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention	0
-RefineMode	選択	RefinementStep	0
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-n または -range を設定しなければならない。（参照ファイルの回転で使用する）
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。

例）mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合
           -nRot1 3   -dRot1 1 -startRot1 89 
           -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2  0 
           -nRot3 4   -dRot1 3 -startRot1  3

モードの詳細

Method=0のとき

モード	説明
0	Normal Correlation FxG*
1	Phase Correlation FxG/ \|FxG\|
2	Phase Correlation FxG/sqrt(\|FxG\|)
3	Normalized Normal Correlation FxG*/\|F\|\|G\|)
16	(0,0) = 0

Refinement Correlation Map

モード	説明
0	sqrt(Sum \|Fi-Gi\|^2 / Sum \|Gi\|^2)
1	Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\| / Sum \|Gi\|
2	sqrt(Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\|^2 / Sum \|Gi\| )

You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.

Method=1のとき

SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm

Method=2のとき

Rotational Cross-Correlation Function
-m NotSupported

-StackOrder の詳細

モード	説明
0	2D画像(for pdb2mrc2d) : default
1	2D画像セット(for mrc3Dto2D)

-RefineMode の詳細

モード	説明
0	for LinearCorrelation; default
1	for SetModeCorrelation

-dRot と-nRotArea の関係

-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。

Search Area

-refStep[1|2|3]
Skip image number: Just skip ref-images
or
-nRot[1|2|3]Area
     Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode.

実行例

入力ファイルの画像

StackOrder=0(デフォルト)で使用する入力ファイル

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (29, 12, 0)

47629.2 (45, 47, 0)
6507.05
8180.03

102.25

StackOrder=1で使用する入力ファイル

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (39, 22, 0)

47629.2 (55, 57, 0)
4567.29
7036.58

70.3658

参照ファイルの画像

StackOrder=0(デフォルト)で使用する参照ファイル

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 600, 600, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
7 (264, 44, 0)
0.129167
0.477347

0.000795579

StackOrder=1で使用する参照ファイル

z=0

z=72

z=341

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 100, 100, 343)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
544.812 (37, 59, 341)
46.1383
74.5494

0.0402529

@@ 行350: / 行350: @@
 			<tr>
 				<td>0</td>
-				<td>for pdb2mrc2d : default</td>
+				<td>2D画像(for pdb2mrc2d) : default</td>
 			</tr>
 			<tr>
 				<td>1</td>
-				<td>for mrc3Dto2D </td>
+				<td>2D画像セット(for mrc3Dto2D)</td>
 			</tr>
 		</table>
@@ 行387: / 行387: @@
 == 実行例 ==
-===[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D-P.mrc | 入力ファイル]]の画像===
+===入力ファイルの画像===
+<div>StackOrder=0(デフォルト)で使用する[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc|入力ファイル]]</div>
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-10181.1 (29, 12, 0)<br>
+.2 (45, 47, 0)<br>
+.05<br>
+.03<br>
+.25<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+<br>
+<div>StackOrder=1で使用する[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D-P.mrc|入力ファイル]]</div>
 	<table>
 		<tr>
@@ 行407: / 行428: @@
 <br>
-===[[:Media:Input-1VOM-2DSet.mrc | 参照ファイル]]の画像===
+===参照ファイルの画像===
+<div>StackOrder=0(デフォルト)で使用する[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|参照ファイル]]</div>
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Input-1VOM-2D.png]]</td>
+			<td><p align="left">サイズ<br>
+				モード<br>
+				最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">(       600,        600,          1)<br>
+				mrcFloatImage   <br>
+(0, 0, 0)<br>
+(264, 44, 0)<br>
+.129167<br>
+.477347<br>
+.000795579<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+<br>
+<div>StackOrder=1で使用する[[:Media:Input-1VOM-2DSet.mrc|参照ファイル]]</div>
 	<table>
 		<tr>

モード	説明
0	sqrt(Sum \|Fi-Gi\|^2 / Sum \|Gi\|^2)
1	Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\| / Sum \|Gi\|
2	sqrt(Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\|^2 / Sum \|Gi\| )

「mrcImageAutoRotationCorrelation」の版間の差分

2014年1月30日 (木) 07:24時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

Method=0のとき

Method=1のとき

Method=2のとき

-StackOrder の詳細

-RefineMode の詳細

-dRot と-nRotArea の関係

Search Area

実行例

入力ファイルの画像

参照ファイルの画像

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