「pdbShapeFit」の版間の差分

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<td>-ipdb</td>  
 
<td>-ipdb</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [pdb] (原子モデル)</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]] (原子モデル)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-otxt</td>  
 
<td>-otxt</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: [テキスト]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-opdb</td>  
 
<td>-opdb</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>   
 
</tr>   
行317: 行317:
 
118.123<br>  
 
118.123<br>  
 
0.118123<br></p>  
 
0.118123<br></p>  
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====C=1000で実行====
 +
<div>-omrc の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-pdbShapeFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (26, 0, 0)<br>
 +
63487.6 (0, 1, 0)<br>
 +
1405.62<br>
 +
2975.04<br>
 +
32.9869<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-otxt のデータ</div>
 +
<pre>
 +
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
 +
REMARK Create Surface of pdbFile
 +
START      0.00    0
 +
  MAX      0.00      0.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      1.00    1
 +
  MAX      0.00      1.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      2.00    2
 +
START      3.00    3
 +
START      4.00    4
 +
START      5.00    5
 +
START      6.00    6
 +
 +
-中略-
 +
 +
START      78.00    78
 +
START      79.00    79
 +
START      80.00    80
 +
START      81.00    81
 +
START      82.00    82
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-opdb の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-pdbShapeFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.289075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-===
 +
====で実行====
 +
<div>-omrc の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata--pdbShapeFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-otxt のデータ</div>
 +
<pre>
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-opdb の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1--pdbShapeFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
<br>
 +
<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 
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2014年3月7日 (金) 06:12時点における版

pdbShapeFitとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: PDB (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-C 必須 Contour 0.0
-CM 選択 ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate 0
-omrc 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-opdb 選択 出力ファイル: PDB NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角の回転モード ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-PSM 選択 PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface 0
-order 選択 order: refer to pdbSurface 1.7
-refine 選択 refine: refer to pdbSurface 2
-size 選択 size: refer to pdbSurface 3
-weight 選択 weight: refer to pdbSurface 100
-mergin 選択 mergin: refer to pdbSurface 3.0
-thres 選択 threshold: refer to pdbSurface 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 


    -ipdb   : Filename : An atomic model to be fitted (PDB) 
    -imrc   : Filename : 3-D density map (mrc-formated) 
    -omrc   : Filename : fitting score map (MRC) 
                         z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
                         z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
                         z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
    -otxt   : Filename : fitting results (Text)
    -opdb   : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting 
    -x|y|zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -x|y|zmax   : Final   value of z
    -x|y|zd     : Delta z for fitting (should !=0)
    -phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phi|psi|thetamax : Final value of phi  (should !=0)
    -phi|psi|thetad   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level of map file
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
    -EA     : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x


モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


Input-mrcImageTrans.png
xy平面

Input1-mrcImageTrans.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (49, 53, 30)
11.0585
118.123

0.118123


オプション必須項目のみの場合

C=1000で実行

-omrc の画像
Outdata-pdbShapeFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (26, 0, 0)

63487.6 (0, 1, 0)
1405.62
2975.04

32.9869


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START       0.00     0
   MAX       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       1.00     1
   MAX       0.00       1.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       2.00     2
 START       3.00     3
 START       4.00     4
 START       5.00     5
 START       6.00     6

-中略-

 START      78.00    78
 START      79.00    79
 START      80.00    80
 START      81.00    81
 START      82.00    82


-opdb の画像
Outdata1-pdbShapeFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.289075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション　-

で実行

-omrc の画像
ファイル:Outdata--pdbShapeFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







-otxt のデータ


-opdb の画像
ファイル:Outdata1--pdbShapeFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)






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