mrcImageModelCreate

mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-o	必須	出力ファイル設定: mrcImage	NULL
-i	選択	入力ファイル設定: mrcImage	NULL
-nx	選択	Real length = nx * lx	70
-ny	選択	Real length = ny * ly	70
-nz	選択	Real length = nz * lz	100
-r	選択	半径[pixel]	1
-lx	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-ly	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-lz	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-radius	選択	filament radius [A]	150
-n	選択	n-helix	3
-dz	選択	pitch [A]	143
-dphi	選択	rotation angle [degree]	40
-phi	選択	rotation angle in the same level [degree]	120
-sz	選択	start z [A]	0
-ez	選択	end z [A]	500
-sphi	選択	start angle [degree]	0
-sphi2	選択	start angle 2 [degree]	40
-inMode	選択	inMode	0
-units	選択	units number	9
-fm	選択	formation	0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D) Optional argument : -nx -ny -nz -r
1	Thick Filaments Example Optional argument -nx -ny -nz Image Size -lx -ly -lz Pixel Size -radius filament radius 150[A] -n three helix -dz pitch 143[A] -dphi rotation angle 40[degree] -phi rotation angle in the same level 120[degree] -sz start z 0[A] -ez end z 800[A] -sphi start phi 0[degree] ----------------------- -inMode Centre = 0 -inMode Origin = 1 ----------------------- -units 9 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3) 0: normal 1: 3 sphere on the same z Phi 0 , 30 , 60 degree 2: 3 sphere on the differnt z and on the differnt radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 30 , 60 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times 3: 3 sphere on the same z and on the different radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 0 , 0 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times ----------------------- -units 3 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3) 0: abnormal
2	Dot(2D)
3	Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
4	Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
5	Another Projection of 2 Sphere for 2D Optional argument : -nx -ny
6	SheppLogan 2D Optional argument : -nx -ny
7	SheppLogan 3D Optional argument : -nx -ny -nz

実行例

オプション必須項目のみの場合

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 2 (34, 35, 50) 0.492871 0.499957 0.000714225

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 2 (25, 50, 74) 0.745009 0.435877 0.000503308

N            : (        50,        100,        150)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.745)

オプション　-r

r=100で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1 (0, 0, 0) 2 (0, 1, 0) 1.49286 0.499949 0.000714213

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         1,          2,       1.49)

オプション　-lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 2 (34, 35, 50) 0.492871 0.499957 0.000714225

N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      7.500,     10.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)

オプション　-m

m=1, nx=69, ny=69で実行

他のオプション設定なし

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 Length

0 (0, 0, 0) 1 (19, 8, 0) 2.52048e-05 0.00502037 7.2759e-06 ( 5.000, 5.000, 5.000)

-i を使用して実行

-iの入力ファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 Length

7.97113e-11 (0, 0, 0) 8.32888 (3, 15, 8) 0.223545 0.859713 0.0130319 ( 2.500, 2.500, 2.500)

出力ファイル

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 Length

0 (0, 0, 0) 8.32888 (64, 34, 0) 0.0220142 0.264693 0.000383612 ( 5.000, 5.000, 5.000)

入力ファイルのLengthは出力ファイルに反映されない点に注意。

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 Length

0 (0, 0, 0) 1 (4, 17, 0) 2.52048e-05 0.00502037 7.2759e-06 ( 2.500, 7.500, 10.000)

radius=100で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (24, 17, 0) 2.52048e-05 0.00502037 7.2759e-06

n=5で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (43, 5, 0) 4.2008e-05 0.00648122 9.39307e-06

dz=71で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (19, 8, 0) 5.04096e-05 0.00709979 1.02896e-05

n=20, dz=7で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (34, 4, 0) 0.00302457 0.0549129 7.95839e-05

dphi=20, n=20, dz=7で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1.13578 (58, 16, 99) 0.00302647 0.0549494 7.96368e-05

phi=5, n=20, dz=7で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1.39997 (64, 34, 99) 0.00303112 0.0550482 7.978e-05

sz=100, ez=300, n=20, dz=7で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (34, 4, 20) 0.00121823 0.0348819 5.05535e-05

m=2で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (17, 17, 0) 6.12245e-06 0.00247435 3.53479e-06

m=3で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 40 (42, 40, 0) 0.0537245 1.09497 0.00156424

m=4で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 24 (33, 29, 0) 0.0311673 0.613804 0.000876863

m=5で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 13 (34, 34, 0) 0.00767959 0.269966 0.000385666

m=6で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 2 (33, 3, 0) 0.00551465 0.0803476 0.000114782

m=7で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 2 (35, 35, 5) 0.384947 0.605556 0.00086508