pdb2mrc

pdb2mrcとはpdbファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル設定	NULL
-o	選択	出力ファイル設定	NULL
-nx	選択	出力画像ｘ軸の幅を設定	1
-ny	選択	出力画像ｙ軸の幅を設定	1
-nz	選択	出力画像ｚ軸の幅を設定	1
-Sx	選択	入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｘ軸）	0.0
-Sy	選択	入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｙ軸）	0.0
-Sz	選択	入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｚ軸）	0.0
-dx	選択	１ピクセルのｘ軸の幅を設定	2.5
-dy	選択	１ピクセルのｙ軸の幅を設定	2.5
-dz	選択	１ピクセルのｚ軸の幅を設定	2.5
-w	選択	重量を設定	1.0
-sig	選択	原子の半径	0.0
-m	選択	モード設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

実行例

入力ファイルの画像

pdbInfoでみた入力ファイルの詳細

入力データ

オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定

-nx	100
-ny	100
-nz	1
-Sx	-18
-Sy	-1
-Sz	0.5
-dx	0.5
-dy	0.5
-dz	60

オプション　-m

m=0で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 合計

0 4 0.1364 0.39089 0.0039089 1364

m=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 合計

0 9516.95 1100.45 1467.25 14.6725 1.10045e+07

オプション: -w

w=10で実行

オプション指定前の画像データ


オプション指定後の画像データ

オプション: -sig

sig=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差 合計

0 0.251258 0.0430626 0.0499095 0.000499095 430.626