llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo

llExtractWithLayerSeparationFilamentInfoとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage(FFT)	NULL
-o	必須	出力ファイル: ASCII	NULL
-oF	選択	出力ファイル	NULL
-oI	選択	出力ファイル: ASCII	NULL
-truePitch	選択	True Pitch	430
-PixelSize	選択	ピクセルサイズ: [A]	5
-deltadY	選択	A range of deltaY to determine dY.	0.5
-kV	選択	AccVol: [kV]	200
-Cs	選択	Cs: [mm]	2.1
-df	選択	Defocus: [A]: under(+)	27000
-A	選択	AmplitudeContrast / PhaseContrast	0.1
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-oF はファイル名のみ -o にて使用する

モードの詳細

モード	説明
0

出力ファイルのフォーマット

-o のフォーマット

-oFのファイル名  turn  defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast  Mag

-oI のフォーマット

defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast

mrcImageCTFCompensation等で使用可能

実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

全体

中心付近

サイズ モード Length 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT ( 2.000, 2.000, 0.000) 4.08519e-10 (257, 572, 0) 0.109661 (0, 0, 0) 0.00909953 0.00776913 1.01425e-05

オプション必須項目のみの場合

出力結果

LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        13.325582
      CalculatedY        13.000000
      deltadY             0.325582

-o のデータ

oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0

-oI のデータ

27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000

オプション　-truePitch

truePitch=364で実行

出力結果

LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        15.741758
      CalculatedY        16.000000
      deltadY             0.258242

-o のデータ

oF-Outdata 16 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0

オプション　-PixelSize

PixelSize=2で実行

出力結果

LengthY 2292.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 2.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         5.330233
      CalculatedY         5.000000
      deltadY             0.330233

-o のデータ

oF-Outdata 5 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0

オプション　-deltadY

deltadY=0.1で実行

出力結果

LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        13.325582
      CalculatedY        13.000000
      deltadY             0.325582
The deltadY value 0.325582 is larger than permitted deltadY range 0.100000
dY could not be determined

オプション　-kV

kV=100で実行

-o のデータ

oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000 1.0

-oI のデータ

27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000

オプション　-Cs

Cs=1.7で実行

-o のデータ

oF-Outdata 13 27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000 1.0

-oI のデータ

27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000

オプション　-df

df=20000で実行

-o のデータ

oF-Outdata 13 20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0

-oI のデータ

20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000

オプション　-A

A=0.2で実行

-o のデータ

oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000 1.0

-oI のデータ

27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000