mrcImageAutoRotationCorrelation
提供: Eospedia
mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -r | 必須 | 参照ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力: パラメータmrcImage | NULL |
| -O | 選択 | 出力: パラメータ[ASCII] | stdout |
| -nRot1 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot1 | 1 |
| -nRot2 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot2 | 1 |
| -nRot3 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot3 | 1 |
| -dRot1 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot1; Def.: 360/nRot1 | 1.0 |
| -dRot2 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot2; Def.: 360/nRot2 | 1.0 |
| -dRot3 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot3; Def.: 360/nRot3 | 1.0 |
| -startRot1 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot1 | 0.0 |
| -startRot2 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot2 | 0.0 |
| -startRot3 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot3 | 0.0 |
| -StackOrder | 選択 | Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention | 0 |
| -cor | 選択 | Correation Map at Maximum (Linear) [mrcImage-format] | NULL |
| -cor2 | 選択 | Correation Map2 at Maximum (Set Mode Correlation)[mrcImage-format] | NULL |
| -corAll | 選択 | Correation Map with All Rotation [mrcImage-format] | NULL |
| -fit | 選択 | 出力: rotatedImage at Maximum(Linear Correlation) [mrcImage] | NULL |
| -fit2 | 選択 | 出力: rotatedImage at Maximum(Set Correlation mode) [mrcImage]rotatedImage at Maximum(Set Correlation mode) [mrcImage] | NULL |
| -RefineMode | 選択 | RefinementStep: Linear:0 or SetMode:1 | 0 |
| -range | 選択 | 入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle) | (-5.0, 5.0) |
| -refStep1 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot1 | 1 |
| -refStep2 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot2 | 1 |
| -refStep3 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot3 | 1 |
| -nRot1Area | 選択 | number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep) | (-360, 360, 25) |
| -nRot2Area | 選択 | number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep) | (-360, 360, 25) |
| -nRot3Area | 選択 | number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep) | (-360, 360, 25) |
| -Iter | 選択 | Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane | 1 |
| -Method | 選択 | 0: Correlation, 1: SSDA | 0 |
| -s | 選択 | SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation | (0, 0, 0, 0) |
| -Shift | 選択 | Image Shift, when in > ref | |
| -RepeatX | 選択 | RepeatX[A] | 27.3 |
| -RepeatXDelta | 選択 | RepeatXDelta[A] | 5 |
| -RepeatY | 選択 | RepeatY[A] | 27.3 |
| -RepeatYDelta | 選択 | RepeatYDelta[A] | 5 |
| -Xshift | 選択 | X-Shift Only | |
| -NoShift | 選択 | No-Shift | |
| -Log | 選択 | 出力: ログファイル | stdout |
| -pvm | 選択 | Task Number | 1 |
| -pvmList | 選択 | pvmList (コンフィグファイル) | NULL |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
