mrcImage2pdb
提供: Eospedia
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: pdb | NULL |
| -hi | 選択 | Value of high threshold. Default is the MAX. | 0 |
| -lo | 選択 | Value of low threshold. Default is the MIN. | 0 |
| -L | 選択 | Atoms are on lattice points | |
| -Skip | 選択 | Skip atoms. | 1 |
| -R | 選択 | Random | 0 |
| -d | 選択 | Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用) | 0.1 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 5 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | One atom for one boxel. |
| 1 | Eight atoms for one boxel. |
| 2 | On the surface of high threshold. Atoms few. |
| 3 | On the surface of high threshold. Atoms medium. |
| 4 | On the surface of high threshold. Atoms many |
| 5 | (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode. |
