mrcImageModelCreate

mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-o	必須	出力ファイル設定	NULL
-i	選択	入力ファイル設定	NULL
-nx	選択	Real length = nx * lx	70
-ny	選択	Real length = ny * ly	70
-nz	選択	Real length = nz * lz	100
-r	選択	半径[pixel]	1
-lx	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-ly	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-lz	選択	ピクセルサイズ[Angstrom]	5.0
-radius	選択	filament radius [A]	150
-n	選択	n-helix	3
-dz	選択	pitch [A]	143
-dphi	選択	rotation angle [degree]	40
-phi	選択	rotation angle in the same level [degree]	120
-sz	選択	start z [A]	0
-ez	選択	end z [A]	500
-sphi	選択	start angle [degree]	0
-sphi2	選択	start angle 2 [degree]	40
-inMode	選択	inMode	0
-units	選択	units number	9
-fm	選択	0	formation
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モード	説明
0	Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D) Optional argument : -nx -ny -nz -r
1	Thick Filaments Example Optional argument -nx -ny -nz Image Size -lx -ly -lz Pixel Size -radius filament radius 150[A] -n three helix -dz pitch 143[A] -dphi rotation angle 40[degree] -phi rotation angle in the same level 120[degree] -sz start z 0[A] -ez end z 800[A] -sphi start phi 0[degree] ----------------------- -inMode Centre = 0 -inMode Origin = 1 ----------------------- -units 9 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3) 0: normal 1: 3 sphere on the same z Phi 0 , 30 , 60 degree 2: 3 sphere on the differnt z and on the differnt radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 30 , 60 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times 3: 3 sphere on the same z and on the different radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 0 , 0 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times ----------------------- -units 3 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3) 0: abnormal
2	Dot(2D)
3	Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
4	Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny
5	Another Projection of 2 Sphere for 2D Optional argument : -nx -ny
6	SheppLogan 2D Optional argument : -nx -ny
7	SheppLogan 3D Optional argument : -nx -ny -nz