pdbPCA

pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosのコマンドである。主成分分析法（PCA）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル：PDB	stdion（設定しなければ標準入力）
-o	選択	出力ファイル：計算結果を出力 (ASCII)	stdout(設定しなければ標準出力）
-oU	選択	出力ファイル：Unit Vector (Array)	NULL(設定しなければ出力しない）
-oM	選択	出力ファイル：Unit Vector (Marix3D)	NULL(設定しなければ出力しない）
-oPDB	選択	出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、 　　　　　　　第１，２，３主成分軸がx, y, z軸	NULL(設定しなければ出力しない）
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

$ pdbPCA -i 1VOM.pdb 
Program Start
(0,0):=1149624.289131
(0,1):=-118627.789270
(0,2):=315483.835955
(1,0):=-118627.789270
(1,1):=2010078.268384
(1,2):=-1021173.592972
(2,0):=315483.835955
(2,1):=-1021173.592972
(2,2):=2127164.855685
nrot for PCA: 11
Result
C: covariance matrix
2 3 3 
 1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
 -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
  315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
u: unit vector
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871         # 第一主成分の固有ベクトル
       0.767707        0.543582        0.339330         # 第二主成分の固有ベクトル
      -0.621801        0.503931        0.599514 　　　　# 第三主成分の固有ベクトル
lambda^2: lambda^2
1 3 
 3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 

　#第一主成分　　　#第二主成分　　　# 第三主成分

入力ファイルの詳細

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 40.92 41.49 48.47

オプション必須項目のみの場合

-o のデータ

Result
C: covariance matrix
2 3 3 
 1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
 -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
  315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
u: unit vector
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 
lambda^2: lambda^2
1 3 
 3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 
Averege: Center Position
1 3 
      66.530304       36.237804      -29.722399 

-oU のデータ

2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 

-oM のデータ

       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 
       0.000000        0.000000        0.000000 

-oPDB のデータ

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.558668e+01 6.125959e+01 -4.141817e+01 5.314899e+01 48.12 36.21 35.41