pdbHelix

pdbHelixとはPDBファイルをもとにらせん対称のPDB, mrcImageのファイルを作成するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-o	選択	出力ファイル: PDB	NULL
-3	選択	出力ファイル: mrcImage(3D)	NULL
-2	選択	出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影)	NULL
-d	選択	delta[A]	5
-p	必須	deltaPhi	165
-dp	選択	deltaDeltaPhi	5
-z	必須	deltaz	5
-n	必須	分子数	1
-nx	選択	Pixel x	1
-ny	選択	Pixel y	1
-nz	選択	Pixel z	1
-Sx	選択	Start x: [A]	0.0
-Sy	選択	Start y: [A]	0.0
-Sz	選択	Start z: [A]	0.0
-w	選択	重量	1.0
-dx	選択	dx	2.5
-dy	選択	dy	2.5
-dz	選択	dz	2.5
-startn	選択	start molecule's index	0
-startC	選択	Start chain ID	A
-deltaSeq	選択		1000
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 7 (26, 47, 0) 0.144624 0.572148 0.00195444

mrcImage(2D y-z投影)の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 63 (35, 6, 0) 9.93639 14.2042 0.403048

以降はp=165, z=5, n=10で実行

オプション　-w

w=100で実行

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 700 (26, 47, 0) 14.4624 57.2148 0.195444

オプション　-dp

dp=30で実行

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01 6.023098e+01 50.70 51.34 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 8 (31, 25, 4) 0.144624 0.584935 0.00199812

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=100, ny=100, nz=100で実行

その他のオプション設定なし

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 63 (35, 6, 0) 1.4243 6.15131 0.0615131

Sx=-50, Sy=-50, Sz=-10で実行

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 7 (30, 31, 12) 0.015491 0.189655 0.000189655

dx=1, dy=1, dz=1, Sx=-50, Sy=-50, Sz=-10で実行

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 3 (70, 49, 38) 0.015491 0.125423 0.000125423

オプション　-startn

startn=5で実行

PDBの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01 5.952301e+01 51.35 49.89 50.54

mrcImage(3D)の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 7 (25, 24, 0) 0.140522 0.565188 0.00190309