mrcImageMultiCTFCompensation

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mrcImageMultiCTFCompensationとは同一視野でCTFの異なる複数枚の画像からCTF補正を行うEosのコマンドである。各画像のCTF補正後を平均した画像を出力する。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-info2 選択 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-o 必須 出力ファイル(平均): mrcImage stdout
-f 選択 出力ファイル(平均): mrcImage(FFT) stdout
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-WR 選択 WhiteNoiseRaising 1.0
-SinWin 選択 サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) (0.1, 1.0)
-MaxIter 選択 Max Iteration 10
-ctfMode 選択 CTFMode 1
-solventMode 選択 溶媒の平滑化する場合に使用 0
-solventSTD 選択 solventMode=1の場合に使用 -1.0
-Log 選択 ログファイル名 stderr
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる（位相を補正しない）

-m の詳細

モード 説明
0 CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1 溶媒の平滑化処理を加える
+16 逆位相を除く(位相のみの相関の場合)

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info2 のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .


実行例

-i のデータ

元データの画像
Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886

上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。 

/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3
Input-B120-CTF2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0)

48.4524 (50, 51, 0)
-5.60279e-08
13.2796

0.165995

Input-B120-CTF2-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.3218 (28, 26, 0)

133.566 (37, 38, 0)
8.98254e-07
26.7724

0.334655
Input-B120-CTF3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-57.5666 (25, 38, 0)

53.971 (44, 29, 0)
-5.02996e-08
9.30611

0.116326

Input-B120-CTF3-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.4192 (47, 51, 0)

137.108 (49, 32, 0)
5.49823e-07
19.7161

0.246452
Input-B120-CTF4.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-68.355 (24, 39, 0)

42.4746 (44, 26, 0)
-3.45941e-08
10.9018

0.136272

Input-B120-CTF4-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-43.0975 (26, 31, 0)

117.683 (49, 32, 0)
4.44953e-07
22.9822

0.287278
Input-B120-CTF5.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-44.9091 (37, 36, 0)

26.5736 (28, 28, 0)
-2.71914e-08
8.97143

0.112143

Input-B120-CTF5-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-33.0969 (49, 51, 0)

73.3827 (35, 37, 0)
-1.68364e-08
15.1195

0.188993

オプション必須項目のみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-40.2801 (48, 52, 0)

104.151 (36, 38, 0)
1.24049e-07
18.8015

0.235019
-f の画像
Outdata2-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

7.30857e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.45621
19.8824

0.24853

オプション　-W

W=1で実行

-o の画像
Outdata-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-17.0714 (27, 31, 0)

23.2441 (40, 52, 0)
5.81327e-09
4.65713

0.0582141
-f の画像
Outdata2-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

3.22907e-07 (0, 0, 0)

62.9461 (46, 78, 0)
1.28884
4.68843

0.0586053

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像
Outdata-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11.5567 (27, 31, 0)

15.7516 (24, 39, 0)
1.23206e-08
3.24282

0.0405352
-f の画像
Outdata2-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

2.72506e-08 (75, 37, 0)

45.7637 (46, 78, 0)
0.700623
3.33709

0.0417136

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像
Outdata-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-39.9332 (48, 52, 0)

102.315 (36, 38, 0)
1.52273e-07
18.7407

0.234259
-f の画像
Outdata2-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (40, 1, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.1815
19.8843

0.248553

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.2681 (68, 48, 0)

207.103 (36, 38, 0)
-1.0943e-09
45.5848

0.56981
-f の画像
Outdata2-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1280.12 (41, 0, 0)
6.47008
51.7633

0.647041

ctfMode=256で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-191.228 (36, 38, 0)

26.7763 (67, 30, 0)
-3.91243e-08
45.3127

0.566409
-f の画像
Outdata2-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1280.12 (41, 0, 0)
5.38217
51.6411

0.645514

ctfMode=257で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-90.5402 (36, 37, 0)

39.3153 (49, 51, 0)
-1.30477e-07
18.1267

0.226584
-f の画像
Outdata2-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.17451e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
3.33762
19.4523

0.243154

オプション　-m

m=1, W=1で実行

その他のオプションなし
-o の画像
Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-9.82557 (48, 51, 0)

92.1757 (49, 32, 0)
6.14297
14.8838

0.186048
-f の画像
Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00108315 (40, 41, 0)

491.438 (0, 0, 0)
4.1562
18.0735

0.225919
-log のデータ
iter          0 : rms    1.013455e+01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    1.355871e+00 : min    1.013455e+01
iter          2 : rms    8.647722e-01 : min    1.355871e+00
iter          3 : rms    6.229646e-01 : min    8.647722e-01
iter          4 : rms    4.844930e-01 : min    6.229646e-01
iter          5 : rms    3.971868e-01 : min    4.844930e-01
iter          6 : rms    3.377429e-01 : min    3.971868e-01
iter          7 : rms    2.951728e-01 : min    3.377429e-01
iter          8 : rms    2.629044e-01 : min    2.951728e-01
iter          9 : rms    2.370113e-01 : min    2.629044e-01

solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20.1029 (48, 51, 0)

87.1488 (49, 32, 0)
2.38926
14.7396

0.184245
-f の画像
Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00627302 (76, 14, 0

222.088 (42, 0, 0)
4.12707
15.7098

0.196372
-log のデータ
iter          0 : rms    3.709238e+01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.539059e+00 : min    3.709238e+01
iter          2 : rms    1.971014e+00 : min    3.539059e+00
iter          3 : rms    1.314187e+00 : min    1.971014e+00
iter          4 : rms    9.704149e-01 : min    1.314187e+00
iter          5 : rms    7.649823e-01 : min    9.704149e-01
iter          6 : rms    6.304888e-01 : min    7.649823e-01
iter          7 : rms    5.362647e-01 : min    6.304888e-01
iter          8 : rms    4.668152e-01 : min    5.362647e-01
iter          9 : rms    4.135905e-01 : min    4.668152e-01

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

85.3666 (27, 31, 0)

146.065 (58, 33, 0)
101.654
5.9911

0.0748887
-f の画像
Outdata2-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00707058 (78, 44, 0)

8132.32 (0, 0, 0)
4.62714
143.824

1.7978
-log のデータ
iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
iter          5 : rms    7.243526e-02 : min    8.473523e-02
iter          6 : rms    6.412249e-02 : min    7.243526e-02
iter          7 : rms    5.819677e-02 : min    6.412249e-02
iter          8 : rms    5.380184e-02 : min    5.819677e-02
iter          9 : rms    5.044070e-02 : min    5.380184e-02

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

107.285 (29, 32, 0)

317.781 (15, 31, 0)
278.402
35.9686

0.562009
-f の画像
Outdata2-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000789315 (61, 50, 0)

17817.7 (0, 0, 0)
14.3983
395.41

6.17827
-log のデータ
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01


m=16で実行

-o の画像
Outdata-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719
-f の画像
Outdata2-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


m=17で実行

-o の画像
Outdata-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

161250 (60, 60, 0)

1.85064e+06 (29, 32, 0)
432887
388639

6072.49
-f の画像
Outdata2-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00899138 (31, 33, 0)

2.77048e+07 (0, 0, 0)
51930
757226

11831.7
-log のデータ
iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01

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