pdbRhoFitTm

pdbRhoFitTmとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-ipdb	必須	入力ファイル: [pdb] (原子モデル)	NULL
-imrc	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-Sx	必須	xの回転軸	55
-Sy	必須	yの回転軸	110
-Sz	必須	zの回転軸	110
-omrc	必須	出力ファイル: mrcImage	NULL
-otxt	選択	出力ファイル: [テキスト]	NULL
-opdb	選択	出力ファイル: [pdb]	NULL
-xmin	選択	xの最小	0
-xmax	選択	xの最大	0
-xd	選択	xの間隔	1
-ymin	選択	yの最小	0
-ymax	選択	yの最大	0
-yd	選択	yの間隔	1
-zmin	選択	zの最小	0
-zmax	選択	zの最大	82
-zd	選択	zの間隔	1
-EA	選択	オイラー角	ZOYS
-phimin	選択	phiの最小: [degree]	0
-phimax	選択	phiの最大: [degree]	194
-phid	選択	phiの間隔: [degree]	2
-psimin	選択	psiの最小: [degree]	0
-psimax	選択	psiの最大: [degree]	0
-psid	選択	psiの間隔: [degree]	2
-thetamin	選択	thetaの最小: [degree]	0
-thetamax	選択	thetaの最大: [degree]	0
-thetad	選択	thetaの間隔: [degree]	2
-nw	選択	weight for normalize	100000000.0
-nC	選択	Contour Level for Normalize	0.0
-I	選択	黒を高密度とする
-Zminus	選択	Shift to -z
-Tfactor	選択	Consider T factor
-Tlim	選択	The atom will be neglected	60
-Centre	選択	Filament-axis is x=0, y=0
-C	Variable	コンターレベル	0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Sx	    : x of rotation axis
    -Sy     : y of rotation axis
    -Sz     : z of rotation axis
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード	説明
0	輪郭内の原子数をカウントする
1	原子の密度を加える

実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 5 (34, 41, 36) 0.00471829 0.0933498 0.000162869

オプション　-C

C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 21.51 36.99 20.84

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) 125.844 1103.92 7.06681

オプション　-Sx

Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-4.086051e+01 2.123659e+02 2.597458e+00 3.823867e+01 32.66 29.04 20.84

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (15, 0, 0) 12888 (4, 8, 0) 95.5124 842.466 5.39311

オプション　-Sy

Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.957797e+00 -1.917446e+01 2.597458e+00 3.823857e+01 33.06 28.34 20.84

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (18, 0, 0) 14125 (93, 8, 0) 119.109 992.326 6.35246

オプション　-Sz

Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 21.51 36.99 20.84

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) 125.844 1103.92 7.06681

オプション　-xmin, -xmax, xd

xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.366163e+01 1.936936e+02 -1.402542e+00 3.823834e+01 21.46 37.49 20.84

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (10, 0, 0) 16153 (30, 4, 0) 133.759 1154.61 7.3913