pdbHelix

pdbHelixとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: [pdb]	NULL
-o	選択	出力ファイル: [pdb]	NULL
-3	選択	出力ファイル: mrcImage(3D)	NULL
-2	選択	出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影)	NULL
-d	選択	delta[A] (mrcImage)	5
-p	必須	deltaPhi	165
-dp	選択	deltaDeltaPhi	5
-z	必須	deltaz	5
-n	必須	分子数	1
-nx	選択	Pixel x	1
-ny	選択	Pixel y	1
-nz	選択	Pixel z	1
-Sx	選択	Start x: [A]	0.0
-Sy	選択	Start y: [A]	0.0
-Sz	選択	Start z: [A]	0.0
-w	選択	重量	1.0
-dx	選択	dx	2.5
-dy	選択	dy	2.5
-dz	選択	dz	2.5
-startn	選択	start molecule's index	0
-startC	選択	Start chain ID	A
-deltaSeq	選択		1000
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-4.617250e-01 -2.186292e-01 -5.402542e+00 3.823869e+01 35.07 22.99 20.84

オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) 3.36873 11.6709 0.0598012

mrcImage(2D y-z投影)の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 0 (0, 0, 0) 0 0 0

オプション　-dp

dp=1, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.243688e-02 -3.582667e-02 1.709746e+01 4.873562e+01 37.32 37.14 43.34

mrcImage(3D)の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) 3.36873 11.6673 0.0597826

オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) 1.14626 6.79764 0.0192266

オプション　-startn

startn=5, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

4.428542e-02 -2.271885e-02 4.209746e+01 4.873628e+01 37.33 37.26 43.34

mrcImage(3D)の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 115 (19, 24, 10) 3.36873 11.6733 0.0598136