mrcImageAutoRotationCorrelation

mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage(2D)	NULL
-r	必須	参照ファイル: mrcImage(2D または 2Dセット)	NULL
-o	選択	出力: パラメータ: mrcImage	NULL
-O	選択	出力: パラメータ: ASCII	stdout
-cor	選択	出力: 最大値の相関マップ (Linear): mrcImage	NULL
-cor2	選択	出力: 最大値の相関マップ (Set Mode Correlation): mrcImage	NULL
-corAll	選択	出力: 全ての角度での相関マップ: mrcImage	NULL
-fit	選択	出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Linear): mrcImage	NULL
-fit2	選択	出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Set Mode Correlation): mrcImage	NULL
-nRot1	選択	回転刻み数: Rot1	1
-nRot2	選択	回転刻み数: Rot2	1
-nRot3	選択	回転刻み数: Rot3	1
-dRot1	選択	1刻みの角度: Rot1[Degree]; Def.: 360/nRot1	1.0
-dRot2	選択	1刻みの角度: Rot2[Degree]; Def.: 360/nRot2	1.0
-dRot3	選択	1刻みの角度: Rot3[Degree]; Def.: 360/nRot3	1.0
-startRot1	選択	回転の初期角度: Rot1[Degree]	0.0
-startRot2	選択	回転の初期角度: Rot2[Degree]	0.0
-startRot3	選択	回転の初期角度: Rot3[Degree]	0.0
-n	選択	入力: Rotation around the vertical axis against image plane: dRot = 360/n [degree]	36
-range	選択	入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle)	(-5.0, 5.0)
-refStep1	選択	SearchStep for Ref: Each Image along Rot1	1
-refStep2	選択	SearchStep for Ref: Each Image along Rot2	1
-refStep3	選択	SearchStep for Ref: Each Image along Rot3	1
-nRot1Area	選択	number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep)	(-360, 360, 25)
-nRot2Area	選択	number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep)	(-360, 360, 25)
-nRot3Area	選択	number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep)	(-360, 360, 25)
-Iter	選択	Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane	1
-s	選択	SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation	(0, 0, 0, 0)
-Shift	選択	Image Shift, when in > ref
-RepeatX	選択	RepeatX[A]	27.3
-RepeatXDelta	選択	RepeatXDelta[A]	5
-RepeatY	選択	RepeatY[A]	27.3
-RepeatYDelta	選択	RepeatYDelta[A]	5
-Xshift	選択	X-Shift Only
-NoShift	選択	No-Shift
-Log	選択	出力: ログファイル	stdout
-pvm	選択	Task Number	1
-pvmList	選択	pvmList (コンフィグファイル)	NULL
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-Method	選択	0: Correlation, 1: SSDA	0
-StackOrder	選択	Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention	0
-RefineMode	選択	RefinementStep	0
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-n または -range を設定しなければならない。（参照ファイルの回転で使用する）
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3は参照ファイルの角度情報に合わせて設定しなければならない。

例）mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合
           -nRot1 3     -dRot1 1 -startRot1 89 
           -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2  0 
           -nRot3 4     -dRot3 3 -startRot3  3

モードの詳細

Method=0のとき

モード	説明
0	Normal Correlation FxG*
1	Phase Correlation FxG/ \|FxG\|
2	Phase Correlation FxG/sqrt(\|FxG\|)
3	Normalized Normal Correlation FxG*/\|F\|\|G\|)
16	(0,0) = 0

Refinement Correlation Map

モード	説明
0	sqrt(Sum \|Fi-Gi\|^2 / Sum \|Gi\|^2)
1	Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\| / Sum \|Gi\|
2	sqrt(Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\|^2 / Sum \|Gi\| )

You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.

Method=1のとき

SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm

Method=2のとき

Rotational Cross-Correlation Function
-m NotSupported

-StackOrder の詳細

モード	説明
0	2D画像(for pdb2mrc2d) : default
1	2D画像セット(for mrc3Dto2D)

-RefineMode の詳細

モード	説明
0	for LinearCorrelation; default
1	for SetModeCorrelation

-dRot と-nRotArea の関係

-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。

Search Area

-refStep[1|2|3]
Skip image number: Just skip ref-images
or
-nRot[1|2|3]Area
     Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode.

実行例

入力ファイルの画像

StackOrder=0(デフォルト)で使用する入力ファイル

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (29, 12, 0)

47629.2 (45, 47, 0)
6507.05
8180.03

102.25

StackOrder=1で使用する入力ファイル

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (39, 22, 0)

47629.2 (55, 57, 0)
4567.29
7036.58

70.3658

参照ファイルの画像

StackOrder=0(デフォルト)で使用する参照ファイル

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339

StackOrder=1で使用する参照ファイル

z=0

z=72

z=341

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 100, 100, 343)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
544.812 (37, 59, 341)
46.1383
74.5494

0.0402529

オプション必須項目のみの場合

出力結果

in ref: numTailer 0 is different from ref.HeaderN.z 1
i1 0 i2 0 i3 0 total 0
Angle:        0.000000 Correlation:     6.57589e+09 at        4.000000        0.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       10.000001 Correlation:     6.74113e+09 at        7.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       20.000001 Correlation:     6.82118e+09 at        8.000000        2.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       30.000001 Correlation:      6.8843e+09 at        9.000000        2.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       40.000002 Correlation:     6.89554e+09 at       11.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       50.000004 Correlation:     6.92359e+09 at       13.000000        6.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       60.000002 Correlation:     7.01844e+09 at        9.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       70.000000 Correlation:     7.04962e+09 at        8.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       79.999998 Correlation:     7.07187e+09 at        4.000000        7.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       89.999996 Correlation:     7.10135e+09 at        2.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear

-oのデータをmrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 7.10135e+09 
1 0 1.5708 
2 0 2 
3 0 0 
4 0 0 
5 0 0 
6 0 0.579342

-Oのデータ

0:                                    0.000000        0.000000        0.000000 : 7101352448.000000 theta       89.999996 at        2.000000        8.000000 onMap        0.000000        0.000000 /Eos/img/Input-1VOM-N-Rot3-2D Cor        0.579342

-cor の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.40072e+09 (42, 52, 0)

7.10135e+09 (2, 8, 0)
3.75478e+09
1.49759e+09

1.87199e+07

-fit の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (4, 52, 0)

47629.2 (39, 36, 0)
6507.05
8180.03

102.25

オプション　-StackOrder

StackOrder=1で実行

出力結果

i1 0 i2 0 i3 0 total 0
Angle:        0.000000 Correlation:     5.26071e+07 at        4.000000        0.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       10.000001 Correlation:     5.39447e+07 at        7.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       20.000001 Correlation:     5.44649e+07 at        8.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       30.000001 Correlation:     5.49704e+07 at        9.000000        2.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       40.000002 Correlation:     5.49969e+07 at       11.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       50.000004 Correlation:     5.51818e+07 at       10.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       60.000002 Correlation:     5.59496e+07 at        9.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       70.000000 Correlation:       5.619e+07 at        8.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       79.999998 Correlation:     5.65264e+07 at        4.000000        7.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       89.999996 Correlation:       5.682e+07 at        2.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear

-oのデータをmrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 0 5.682e+07 
1 0 0 1.5708 
2 0 0 2 
3 0 0 0 
4 0 0 0 
5 0 0 0 
6 0 0 0.645745 
0 0 1 0 
1 0 1 0 

-中略-

4 0 342 0 
5 0 342 0 
6 0 342 0

-cor の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

3.86164e+06 (37, 52, 0)

5.682e+07 (2, 8, 0)
2.10838e+07
1.3466e+07

134660

-fit の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (14, 62, 0)

47629.2 (49, 46, 0)
4567.29
7036.58

70.3658

以降はStackOrder=1で実行

オプション　-nRot1, -nRot2, -nRot3, -dRot1, -dRot2, dRot3, -startRot1, -startRot2, -startRot3

以下のデータで実行

-nRot1	7
-nRot2	7
-nRot3	7
-dRot1	30
-dRot2	30
-dRot3	30
-startRot1	0
-startRot2	0
-startRot3	0

出力結果

i1 0 i2 0 i3 0 total 0
Angle:        0.000000 Correlation:     5.26071e+07 at        4.000000        0.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       10.000001 Correlation:     5.39447e+07 at        7.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       20.000001 Correlation:     5.44649e+07 at        8.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       30.000001 Correlation:     5.49704e+07 at        9.000000        2.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       40.000002 Correlation:     5.49969e+07 at       11.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       50.000004 Correlation:     5.51818e+07 at       10.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       60.000002 Correlation:     5.59496e+07 at        9.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       70.000000 Correlation:       5.619e+07 at        8.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       79.999998 Correlation:     5.65264e+07 at        4.000000        7.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       89.999996 Correlation:       5.682e+07 at        2.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 

-中略-

i1 6 i2 6 i3 6 total 342
Angle:        0.000000 Correlation:     5.26071e+07 at        4.000000        0.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       10.000001 Correlation:     5.39447e+07 at        7.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       20.000001 Correlation:     5.44649e+07 at        8.000000        1.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       30.000001 Correlation:     5.49704e+07 at        9.000000        2.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       40.000002 Correlation:     5.49969e+07 at       11.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       50.000004 Correlation:     5.51818e+07 at       10.000000        4.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       60.000002 Correlation:     5.59496e+07 at        9.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       70.000000 Correlation:       5.619e+07 at        8.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       79.999998 Correlation:     5.65264e+07 at        4.000000        7.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       89.999996 Correlation:       5.682e+07 at        2.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear

-oのデータをmrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 0 5.682e+07 
1 0 0 1.5708 
2 0 0 2 
3 0 0 0 
4 0 0 0 
5 0 0 0 
6 0 0 0.645745 
0 0 1 5.37979e+07 
1 0 1 3.83972 
2 0 1 90 
3 0 1 0 
4 0 1 0 
5 0 1 0 
6 0 1 0.651362 

-中略-

0 0 341 6.27394e+07 
1 0 341 4.53786 
2 0 341 99 
3 0 341 0 
4 0 341 0.5 
5 0 341 0.5 
6 0 341 0.662522 
0 0 342 5.682e+07 
1 0 342 1.5708 
2 0 342 2 
3 0 342 0 
4 0 342 0.5 
5 0 342 0.5 
6 0 342 0.645745

-cor の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

5.27267e+06 (34, 39, 0)

6.31155e+07 (0, 0, 0)
2.11017e+07
1.17079e+07

117079

-cor2 の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

4.09847e+06 (24, 43, 0)

6.34661e+07 (93, 98, 0)
2.12214e+07
1.56926e+07

156926

-fit の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10751 (43, 30, 0)

46273 (57, 55, 0)
4567.43
7015.98

70.1598

-fit2 の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-9665.14 (81, 55, 0)

47697.1 (65, 46, 0)
4629.43
7037.94

70.3794

オプション　-n

n=6で実行

出力結果

i1 0 i2 0 i3 0 total 0
Angle:        0.000000 Correlation:     5.26071e+07 at        4.000000        0.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:       60.000002 Correlation:     5.59496e+07 at        9.000000        8.000000 :: CurrentMax :: Linear 
Angle:      240.000007 Correlation:     5.61302e+07 at       91.000000       95.000000 :: CurrentMax :: Linear

-oのデータをmrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 0 5.6182e+07 
1 0 0 4.18879 
2 0 0 91 
3 0 0 0 
4 0 0 0 
5 0 0 0 
6 0 0 0.630477 
0 0 1 0 
1 0 1 0 

-中略-

4 0 342 0 
5 0 342 0 
6 0 342 0

-cor の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

5.25627e+06 (55, 52, 0)

5.6182e+07 (91, 95, 0)
2.14062e+07
1.36225e+07

136225

-fit の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-9415.68 (64, 53, 0)

44745.6 (31, 56, 0)
4594.23
7038.51

70.3851

モード	説明
0	sqrt(Sum \|Fi-Gi\|^2 / Sum \|Gi\|^2)
1	Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\| / Sum \|Gi\|
2	sqrt(Sum \|Gi\|\|phaseFi - phaseGi\|^2 / Sum \|Gi\| )

mrcImageAutoRotationCorrelation

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

Method=0のとき

Method=1のとき

Method=2のとき

-StackOrder の詳細

-RefineMode の詳細

-dRot と-nRotArea の関係

Search Area

実行例

入力ファイルの画像

参照ファイルの画像

オプション必須項目のみの場合

オプション　-StackOrder

StackOrder=1で実行

オプション　-nRot1, -nRot2, -nRot3, -dRot1, -dRot2, dRot3, -startRot1, -startRot2, -startRot3

オプション　-n

n=6で実行

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mrcImageAutoRotationCorrelation

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Method=0のとき

Method=1のとき

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-RefineMode の詳細

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オプション必須項目のみの場合

オプション -StackOrder

StackOrder=1で実行

オプション -nRot1, -nRot2, -nRot3, -dRot1, -dRot2, dRot3, -startRot1, -startRot2, -startRot3

オプション -n

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オプション　-StackOrder

オプション　-nRot1, -nRot2, -nRot3, -dRot1, -dRot2, dRot3, -startRot1, -startRot2, -startRot3

オプション　-n