pdbCrystalCreate

pdbCrystalCreateとはPDBファイルから結晶構造のPDBファイルを作成するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-I	必須	入力ファイル: ASCII(Crystal Information)	NULL
-o	必須	出力ファイル: PDB	NULL
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

-I のフォーマット

aAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
bAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
cAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
CellLength  %15.6g %15.6g %15.6g
Origin      %15.6g %15.6g %15.6g
N           %15d %15d %15d
StartN      %15d %15d %15d
SpaceGroup  %15d
HelixInfo   %10d %10d %10d

パラメータ設定が重要

CellLength、Axisを入力するときは両方必要
各Axisは単位ベクトルでなければならない。
SpaceGroup: 0: P1対称, 1: らせん対称(未対応)

HelixInfo: turn unit n-strand

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション　-I

入力データ1

以下の入力データで実行

aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         1 0 0
CellLength 1 1 1
N               2 2 2
StartN       1 1 1

出力結果

aAxis                     1               0               0
bAxis                     1               0               0
cAxis                     1               0               0
CellLength                1               1               1
Origin                    0               0               0
N                         2               2               2
StartN                    1               1               1
SpaceGroup                0
Program Start
1 1 1
3 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
1 1 2
4 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
1 2 1
4 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14

-中略-

2 1 2
5 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
2 2 1
5 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
2 2 2
6 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14

出力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.055301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01 3.401123e+01 26.27 23.85 28.04

入力データ2

以下の入力データで実行

aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         1 0 0
CellLength 1 1 1
Origin        5 5 5
N               2 2 2
StartN       1 1 1

出力ファイルの画像

白色は入力データ1の出力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.555301e+01 3.019590e+01 1.689075e+01 3.401123e+01 26.27 23.85 28.04

入力データ3

以下の入力データで実行

aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         0 5 0
CellLength 1 1 1
N               2 2 2
StartN       1 1 1

出力ファイルの画像

白色は入力データ1の出力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

9.053012e+00 2.669590e+01 1.189075e+01 3.386472e+01 25.77 24.35 28.04

入力データ4

以下の入力データで実行

aAxis           1   0   0
bAxis           1   0   0
cAxis           1   0   0
CellLength 10 10 10
N                 2   2   2
StartN         1   1   1

出力ファイルの画像

白色は入力データ1の出力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

5.105301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01 4.525700e+01 39.77 23.85 28.04