pdbShapeFit

pdbShapeFitとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-ipdb	必須	入力ファイル: [pdb] (原子モデル)	NULL
-imrc	必須	入力ファイル: mrcImage(3D)	NULL
-C	必須	Contour	0.0
-CM	選択	ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate	0
-omrc	選択	出力ファイル: mrcImage	NULL
-otxt	選択	出力ファイル: [テキスト]	stdout
-opdb	選択	出力ファイル: [pdb]	NULL
-xmin	選択	xの最小	0
-xmax	選択	xの最大	0
-xd	選択	xの間隔	1
-ymin	選択	yの最小	0
-ymax	選択	yの最大	0
-yd	選択	yの間隔	1
-zmin	選択	zの最小	0
-zmax	選択	zの最大	82
-zd	選択	zの間隔	1
-EA	選択	オイラー角の回転モード	ZOYS
-phimin	選択	phiの最小: [degree]	0
-phimax	選択	phiの最大: [degree]	194
-phid	選択	phiの間隔: [degree]	2
-psimin	選択	psiの最小: [degree]	0
-psimax	選択	psiの最大: [degree]	0
-psid	選択	psiの間隔: [degree]	2
-thetamin	選択	thetaの最小: [degree]	0
-thetamax	選択	thetaの最大: [degree]	0
-thetad	選択	thetaの間隔: [degree]	2
-PSM	選択	PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface	0
-order	選択	order: refer to pdbSurface	1.7
-refine	選択	refine: refer to pdbSurface	2
-size	選択	size: refer to pdbSurface	3
-weight	選択	weight: refer to pdbSurface	100
-mergin	選択	mergin: refer to pdbSurface	3.0
-thres	選択	threshold: refer to pdbSurface	0.0
-I	選択	黒を高密度とする
-Centre	選択	Filament-axis is x=0, y=0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

    -ipdb   : Filename : An atomic model to be fitted (PDB) 
    -imrc   : Filename : 3-D density map (mrc-formated) 
    -omrc   : Filename : fitting score map (MRC) 
                         z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
                         z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
                         z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
    -otxt   : Filename : fitting results (Text)
    -opdb   : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting 
    -x|y|zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -x|y|zmax   : Final   value of z
    -x|y|zd     : Delta z for fitting (should !=0)
    -phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phi|psi|thetamax : Final value of phi  (should !=0)
    -phi|psi|thetad   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level of map file
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
    -EA     : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x 

モードの詳細

モード	説明
0	輪郭内の原子数をカウントする

実行例

入力ファイルの画像

-ipdbのファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

-imrcのファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 3500.79 (49, 53, 30) 11.0585 118.123 0.118123