mrcImage2pdb
mrcImage2pdbとはmrcImageファイルからPDBファイルに変換するEosのコマンドである。出力するPDBファイルは全てアルファ炭素で構成される。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
| -hi | 選択 | Value of high threshold. Default is the MAX. | 0 |
| -lo | 選択 | Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用) | 0 |
| -L | 選択 | 原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用) | |
| -Skip | 選択 | Skip atoms. | 1 |
| -R | 選択 | Random | 0 |
| -d | 選択 | Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用) |
0.1 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 5 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 1ボクセルに1原子 |
| 1 | 1ボクセルに8原子 |
| 2 | On the surface of high threshold. Atoms few. |
| 3 | On the surface of high threshold. Atoms medium. |
| 4 | On the surface of high threshold. Atoms many |
| 5 | (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode. |
実行例
入力ファイルの画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 4.07334 (34, 9, 75) |
オプション -hi
hi=1e-3で実行
 |
重心 最大半径 |
2.708889e+02 2.744812e+02 3.518376e+02 3.279044e+02 |
オプション -Skip
Skip=10, hi=1e-3で実行
 |
重心 最大半径 |
2.617321e+02 2.673613e+02 3.468850e+02 3.360901e+02 |
オプション -R
R=10, hi=1e-3で実行
 |
重心 最大半径 |
2.707916e+02 2.743434e+02 3.520507e+02 3.468584e+02 |
オプション -m
m=0で実行
その他のオプション設定なし
 |
重心 最大半径 |
2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02 3.218664e+02 |
lo=2で実行
 |
重心 最大半径 |
2.782154e+02 2.705846e+02 3.485538e+02 3.201251e+02 |
m=1で実行
 |
重心 最大半径 |
2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02 3.251428e+02 |
m=2, hi=1e-3で実行
その他のオプション設定なし
 |
重心 最大半径 |
2.705893e+02 2.743574e+02 3.518459e+02 3.277470e+02 |
-Lで実行
|
重心 最大半径 |
2.706073e+02 2.744103e+02 3.517186e+02 3.247068e+02 |
d=1e-3で実行
 |
重心 最大半径 |
2.704110e+02 2.745547e+02 3.517133e+02 3.278861e+02 |
m=3, hi=1e-3で実行
 |
重心 最大半径 |
2.706223e+02 2.741782e+02 3.517764e+02 3.322329e+02 |
m=4, hi=1e-3で実行
 |
重心 最大半径 |
2.707323e+02 2.740721e+02 3.517465e+02 3.347665e+02 |
