lctfDetermination(API)
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DataManip/ctfInfo/src/lctfDeterminationはCTF推定のためのAPIで、ctfDetermineにて使用しています。
目次
定数
構造体
typedef struct lctfDetermineInfo { ctfInfo initial; long ThonRing; /* For Astigmatism */ int flagAstigmatism; int section; int degree; double step; double max; double min; float firstRingDefocus; float IntensityMin; float IntensityMax; float* noise; } lctfDetermineInfo;
API
CTFの推定
メイン
mode(0x000000F0でマスク)によった方法でCTFの推定を行います。
基本的に関数を呼び出すときのmodeは0x0000000Fでマスクをして使用しています。
現在のctfDetermineではこのAPIを使用せずに他のAPIを直接呼ぶようになっています。
extern void lctfDetermine(ctfInfo* result, ctfInfo* var, mrcImage* mrc, lctfDetermineInfo* linfo, long mode);
mode(& 0x000000F0) | 使用関数 |
---|---|
0 | lctfDeterminationbyMinMaxMethods |
16 | lctfDeterminationbyFittingMethods |
32 | lctfDeterminationbyDifferentialMethods |
64 | lctfDeterminationbyCovarianceMethods |
96 | lctfDeterminationbyMixMethods |
128 | lctfDeterminationbyMinSquareMethods |
160, 161, 163(0x0000000Fのマスクでも判定) | lctfDeterminationbyMinSquareMethods EnvelopeDetermine |
167(0x0000000Fのマスクでも判定) | lctfDeterminationbyMinSquareMethodsWithAcomp |
176 | lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection lctfDeterminationbyMinSquareMethods |
ミニマックス法
extern void lctfDeterminationbyMinMaxMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long mode);
フィッティング法
extern void lctfDeterminationbyFittingMethods(ctfInfo* res, ctfInfo* var, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long mode);
角度分布
extern void angularDistributionFunctionOfSignalAndNoise(float x, float p[], float* y, float dyda[], int na);
入力: x, p
出力: y, dyda
p, dydaの要素は例えば下記のようなctfinfoのメンバに対応している。
No. | 対応しているctfInfoメンバ |
---|---|
1 | I0 |
2 | defocus |
3 | Cs |
4 | ratioOfAmpToPhase |
5 | Ain |
6 | Cc |
7 | dE |
8 | BofVibration |
9 | WhiteNoise |
10 | WhiteNoise2 |
11 | BofMTF |
12 | MolecEnv |
13 | kV |
14 | (定数)511*1e3 |
15 | (関数)wavelengthOfElectron(ini->kV*1e3) |
16 | Magnification |
差分法
extern void lctfDeterminationbyDifferentialMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing, long mode);
共分散法
extern void lctfDeterminationbyCovarianceMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing, long mode);
差分法+共分散法
extern void lctfDeterminationbyMixMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long* ThonRing,long mode);
最小二乗法
extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);
条件に振幅コントラスト(0.05 ~ 1.00 (+0.01))を加える
extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethodsWithAcomp(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);
envelopeの推定
推定したenvelopeをresへ出力
extern void EnvelopeDetermine(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres, long mode);
正接曲線を使用
extern double lctfDeterminationByTangent(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres, long mode);
ヘルプ
modeの説明を出力します。
extern void lctfDtermmineUsage(FILE* fpt);