mrcImage1dShiftAverageByAnnealing

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mrcImage1dShiftAverageByAnnealingとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル NULL
-s 必須 File to define position of signal NULL
-o 必須 出力ファイル NULL
-r 選択 Search range of shift. Nx
-d 選択 Spacing of molecule(Pixel). 1.0
-T 選択 Initial temperature. 1.0
-iter 選択 Number of iteration before reducing temperature. 1000
-eps 選択 Temperature(T) reduced to (1-epsilon)T. 0.001
-tol 選択 Number to identify convergence 1e-2
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


-m の詳細

モード 説明
0 All search
1 annealing method
2 mode 1 and refine by powel
3 mode 1 and refine by annealing


-M の詳細

モード 説明
0 by amplitude
1 by power
2 by amplitude using only phase
3 by power using only phase
4 by amplitude using S/sqrt(S)
5 by power using only S/sqrt(S)


-i のフォーマット

1Dファイル1
1Dファイル2
.
.


-s のフォーマット

sigpos0  sigval0
sigpos1  sigval1
.
.


実行例

入力ファイルのデータ

Input-1VOM-1D.mrc
Input-1VOM-N-1D.mrc
Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc


Input-1VOM-1D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

9528.98 (1, 0, 0)

1.05166e+06 (41, 0, 0)
577032
281935

22288.9


Input-1VOM-N-1D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24564.9 (1, 0, 0)

1.12206e+06 (40, 0, 0)
577190
290698

22981.7


Input-1VOM-N-Rot-1D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-27531.3 (2, 0, 0)

1.11446e+06 (37, 0, 0)
526414
325460

25729.9


-s のデータ

0	1
1	1


オプション必須項目のみの場合

出力結果
result  1 1 2 79  2.87532e+07 


-o の画像
Outdata-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5553.38 (1, 0, 0)

3.11413e+06 (41, 0, 0)
1.68064e+06
876078

69260


オプション -r

r=78で実行

出力結果
result  1 1 2 0  2.87481e+07 


-o の画像
Outdata-r-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-16386 (2, 0, 0)

3.09391e+06 (38, 0, 0)
1.68064e+06
880057

69574.6


オプション -d

d=3で実行

出力結果
result  1 81 2 159  2.87532e+07 


-o の画像
Outdata-d-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18002.3 (1, 1, 0)

3.11413e+06 (41, 0, 0)
1.68056e+06
876228

69271.9