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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P-O-N.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-121P-O-N.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
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標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br>  
2 (35, 35, 5)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
0.384947<br>  
+
12.0338<br>  
0.605556<br>  
+
475.034<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.48225<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行154: 行165:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br>  
2 (35, 35, 5)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
0.384947<br>  
+
12.0338<br>  
0.605556<br>  
+
475.034<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.48225<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行164: 行175:
  
 
<div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div>
 
<div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div>
 +
  
 
===オプション -r===
 
===オプション -r===
====r=20で実行====  
+
====r=30で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行176: 行193:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (31, 15, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br>  
2 (35, 35, 5)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
0.799661<br>  
+
11.873<br>  
0.290065<br>  
+
274.099<br>  
0.000414379<br></p>  
+
0.278263<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>
+
</table>  
 +
 
  
 
===オプション -Nx, -Ny, -Nz===
 
===オプション -Nx, -Ny, -Nz===
====Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行====  
+
====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行196: 行219:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2134.45 (57, 16, 28)<br>  
2 (50, 50, 5)<br>  
+
4032.8 (35, 39, 30)<br>  
0.188624<br>  
+
30.8159<br>  
0.465525<br>  
+
497.908<br>  
0.000465525<br></p>  
+
0.821336<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>
+
</table>  
 +
 
  
 
===オプション -v===
 
===オプション -v===

2014年1月10日 (金) 07:59時点における版

mrcImage3DPadとはパディング(3D)を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 Threshold radius of signal.Default is Nx. 0
-w 選択 Width of slope. For mode 1. 1
-v 選択 Value of out of threshold. 0
-Nx 選択 Number of x.Default is inputfile. 0
-Ny 選択 Number of y.Default is inputfile. 0
-Nz 選択 Number of z.Default is inputfile. 0
-Floating 選択 Floating
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
0 Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.
1 Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.

-M の詳細

モード 説明
0 For filaments. R is calculated from its axis.
1 For particles. R is calculated from its center.


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-O-N.png
xy平面

Input1-121P-O-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225

デフォルト設定の場合、画像に変化はない


オプション -r

r=30で実行

Outdata-r-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
11.873
274.099

0.278263


オプション -Nx, -Ny, -Nz

Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (57, 16, 28)

4032.8 (35, 39, 30)
30.8159
497.908

0.821336


オプション -v

v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-v-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 15, 0)

2 (0, 0, 0)
1.20862
0.911877

0.000911877

オプション -Floating

Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2 (15, 15, 0)

0 (0, 0, 0)
-0.791376
0.911877

0.000911877

オプション -m

m=1, r=20で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 16, 0)

2 (35, 35, 5)
0.763544
0.291466

0.00041638

w=5で実行
Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 20, 0)

2 (35, 35, 5)
0.524018
0.346496

0.000494995

オプション -M

M=1, r=30で実行

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (14, 31, 28)

2 (15, 31, 27)
0.845077
0.245951

0.000351358