「mrcImage3DPad」の版間の差分
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行125: | 行125: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td><p align="Center">[[画像:Input-121P-O-N.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-121P-O-N.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行135: | 行140: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br> |
− | + | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | |
− | + | 12.0338<br> | |
− | + | 475.034<br> | |
− | 0. | + | 0.48225<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行154: | 行165: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br> |
− | + | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | |
− | + | 12.0338<br> | |
− | + | 475.034<br> | |
− | 0. | + | 0.48225<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行164: | 行175: | ||
<div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div> | <div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div> | ||
+ | |||
===オプション -r=== | ===オプション -r=== | ||
− | ====r= | + | ====r=30で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行176: | 行193: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br> |
− | + | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | |
− | + | 11.873<br> | |
− | + | 274.099<br> | |
− | 0. | + | 0.278263<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | |||
===オプション -Nx, -Ny, -Nz=== | ===オプション -Nx, -Ny, -Nz=== | ||
− | ====Nx= | + | ====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行196: | 行219: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-2134.45 (57, 16, 28)<br> |
− | + | 4032.8 (35, 39, 30)<br> | |
− | + | 30.8159<br> | |
− | + | 497.908<br> | |
− | 0. | + | 0.821336<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | |||
===オプション -v=== | ===オプション -v=== |
2014年1月10日 (金) 07:59時点における版
mrcImage3DPadとはパディング(3D)を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-r | 選択 | Threshold radius of signal.Default is Nx. | 0 |
-w | 選択 | Width of slope. For mode 1. | 1 |
-v | 選択 | Value of out of threshold. | 0 |
-Nx | 選択 | Number of x.Default is inputfile. | 0 |
-Ny | 選択 | Number of y.Default is inputfile. | 0 |
-Nz | 選択 | Number of z.Default is inputfile. | 0 |
-Floating | 選択 | Floating | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-M | 選択 | モード2を設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Default: Out of threshold is avrage of threshold plain. |
1 | Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain. |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | For filaments. R is calculated from its axis. |
1 | For particles. R is calculated from its center. |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-2255.49 (1, 42, 21) 4032.8 (49, 53, 30) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-2255.49 (1, 42, 21) 4032.8 (49, 53, 30) |
オプション -r
r=30で実行
最小 最大 |
-2134.45 (71, 30, 28) 4032.8 (49, 53, 30) |
オプション -Nx, -Ny, -Nz
Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行
最小 最大 |
-2134.45 (57, 16, 28) 4032.8 (35, 39, 30) |
オプション -v
v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行
最小 最大 |
0 (15, 15, 0) 2 (0, 0, 0) |
オプション -Floating
Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行
最小 最大 |
-2 (15, 15, 0) 0 (0, 0, 0) |
オプション -m
m=1, r=20で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
0 (31, 16, 0) 2 (35, 35, 5) |
w=5で実行
最小 最大 |
0 (31, 20, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション -M
M=1, r=30で実行
最小 最大 |
0 (14, 31, 28) 2 (15, 31, 27) |