「mrcImage3DPad」の版間の差分

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行26: 行26:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Threshold radius of signal.Default is Nx.</td>  
+
<td>xy平面における境界の半径</td>  
<td>0</td>  
+
<td>Nx</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行38: 行38:
 
<td>-v</td>  
 
<td>-v</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Value of out of threshold.</td>  
+
<td>パディング値</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-Nx</td>  
 
<td>-Nx</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Number of x.Default is inputfile.</td>  
+
<td>出力ファイルのNx</td>  
<td>0</td>  
+
<td>入力ファイルのNx</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Ny</td>  
 
<td>-Ny</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Number of y.Default is inputfile.</td>  
+
<td>出力ファイルのNy</td>  
<td>0</td>  
+
<td>入力ファイルのNy</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Nz</td>  
 
<td>-Nz</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Number of z.Default is inputfile.</td>  
+
<td>出力ファイルのNz</td>  
<td>0</td>  
+
<td>入力ファイルのNz</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行177: 行177:
  
  
===オプション -r===
+
===オプション -Nx, -Ny, -Nz===
====r=30で実行====  
+
====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br>
 
xy平面<br></p>  
 
xy平面<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImage3DPad.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br>
 
yz平面<br></p>  
 
yz平面<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
行193: 行193:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-2134.45 (57, 16, 28)<br>  
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
+
4032.8 (35, 39, 30)<br>  
11.873<br>  
+
30.8159<br>  
274.099<br>  
+
497.908<br>  
0.278263<br></p>  
+
0.821336<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行203: 行203:
  
  
===オプション -Nx, -Ny, -Nz===
+
===オプション -r===
====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行====  
+
====r=30で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]<br>
 
xy平面<br></p>  
 
xy平面<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImage3DPad.png]]<br>
 
yz平面<br></p>  
 
yz平面<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
行219: 行220:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-2134.45 (57, 16, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br>  
4032.8 (35, 39, 30)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
30.8159<br>  
+
11.873<br>  
497.908<br>  
+
274.099<br>  
0.821336<br></p>  
+
0.278263<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行229: 行230:
  
  
===オプション -v===
+
=====v=200で実行=====  
====v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行====  
+
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-v-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-v-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-v-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行240: 行245:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (15, 15, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2134.45 (71, 30, 28)<br>  
2 (0, 0, 0)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
1.20862<br>  
+
154.14<br>  
0.911877<br>  
+
282.841<br>  
0.000911877<br></p>  
+
0.287138<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
  
 
===オプション -Floating===
 
===オプション -Floating===

2014年1月14日 (火) 00:10時点における版

mrcImage3DPadとはパディング(3D)を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 xy平面における境界の半径 Nx
-w 選択 Width of slope. For mode 1. 1
-v 選択 パディング値 0
-Nx 選択 出力ファイルのNx 入力ファイルのNx
-Ny 選択 出力ファイルのNy 入力ファイルのNy
-Nz 選択 出力ファイルのNz 入力ファイルのNz
-Floating 選択 Floating
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
0 Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.
1 Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.

-M の詳細

モード 説明
0 For filaments. R is calculated from its axis.
1 For particles. R is calculated from its center.


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-O-N.png
xy平面

Input1-121P-O-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225

デフォルト設定の場合、画像に変化はない


オプション -Nx, -Ny, -Nz

Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (57, 16, 28)

4032.8 (35, 39, 30)
30.8159
497.908

0.821336


オプション -r

r=30で実行

その他のオプション設定なし

Outdata-r-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
11.873
274.099

0.278263


v=200で実行

Outdata-v-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
154.14
282.841

0.287138


オプション -Floating

Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2 (15, 15, 0)

0 (0, 0, 0)
-0.791376
0.911877

0.000911877

オプション -m

m=1, r=20で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 16, 0)

2 (35, 35, 5)
0.763544
0.291466

0.00041638

w=5で実行
Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 20, 0)

2 (35, 35, 5)
0.524018
0.346496

0.000494995

オプション -M

M=1, r=30で実行

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (14, 31, 28)

2 (15, 31, 27)
0.845077
0.245951

0.000351358