「mrcImage3DPad」の版間の差分
(→-M の詳細) |
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− | '''mrcImage3DPad''' | + | '''mrcImage3DPad'''とはフィラメントまたは粒子の[[mrcImage]](3D)に対してパディングを行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
行26: | 行26: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>境界の半径(-M 参照)</td> |
− | <td> | + | <td>Nx</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-w</td> | <td>-w</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>スロープの幅(m=1で使用)</td> |
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行38: | 行38: | ||
<td>-v</td> | <td>-v</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>パディング値</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行44: | 行44: | ||
<td>-Nx</td> | <td>-Nx</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイルのNx</td> |
− | <td> | + | <td>入力ファイルのNx</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Ny</td> | <td>-Ny</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイルのNy</td> |
− | <td> | + | <td>入力ファイルのNy</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Nz</td> | <td>-Nz</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイルのNz</td> |
− | <td> | + | <td>入力ファイルのNz</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Floating</td> | <td>-Floating</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>フローティング</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行74: | 行74: | ||
<td>-m</td> | <td>-m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>パディング値の算出方法を設定</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行80: | 行80: | ||
<td>-M</td> | <td>-M</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>-r の算出方法を設定</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行99: | 行99: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>平均値でパディングする</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>余弦関数を掛ける</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>パディング値は-v が優先される</div> | ||
===-M の詳細=== | ===-M の詳細=== | ||
行115: | 行117: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>フィラメント用(半径を軸から算出する: z軸方向にはずれてしまう)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>粒子用(半径を中心から算出する:球)</td> |
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | <tr> |
− | + | <td>2</td> | |
+ | <td>粒子用(半径を中心から算出する:楕円)</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>3</td> | ||
+ | <td>粒子用(半径を中心から算出する:直方体)</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-ThickFilaments0-N.mrc | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td><p align="Center">[[画像:Input-ThickFilaments0-N.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-ThickFilaments0-N.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行135: | 行149: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br> |
− | + | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | |
− | 0. | + | 0.00295664<br> |
− | 0. | + | 0.0916201<br> |
− | 0. | + | 0.000132783<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <div>M=1で使用する[[Media:Input-121P-O-N.mrc | 入力ファイル]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input-121P-O-N.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-121P-O-N.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-2255.49 (1, 42, 21)<br> | ||
+ | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | ||
+ | 12.0338<br> | ||
+ | 475.034<br> | ||
+ | 0.48225<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 69 69 100 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | r: 34 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行154: | 行208: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br> |
− | + | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | |
− | 0. | + | 0.00295664<br> |
− | 0. | + | 0.0916201<br> |
− | 0. | + | 0.000132783<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行165: | 行219: | ||
<div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div> | <div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div> | ||
− | ===オプション - | + | |
− | ==== | + | ===オプション -Nx, -Ny, -Nz=== |
+ | ====Nx=50, Ny=50, Nz=75で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 50 50 75 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | r: 34 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行176: | 行245: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.295151 (23, 12, 71)<br> |
− | + | 1.52145 (38, 32, 47)<br> | |
− | 0. | + | 0.00688378<br> |
− | 0. | + | 0.1116<br> |
− | 0. | + | 0.000257729<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
− | ===オプション - | + | |
− | ==== | + | ===オプション -r=== |
+ | ====r=20で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 69 69 100 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | r: 20 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行196: | 行280: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br> |
− | + | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | |
− | 0. | + | 0.00236564<br> |
− | 0. | + | 0.0675752<br> |
− | + | 9.79351e-05<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | |||
+ | |||
+ | <div>以降、r=20で実行</div> | ||
+ | |||
===オプション -v=== | ===オプション -v=== | ||
− | ====v= | + | ====v=0.1で実行==== |
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 69 69 100 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-v-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-v-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-v-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行216: | 行317: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br> |
− | + | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | |
− | + | 0.0766349<br> | |
− | 0. | + | 0.0778349<br> |
− | 0. | + | 0.000112804<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション -Floating=== | ===オプション -Floating=== | ||
− | + | <div>出力結果</div> | |
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 69 69 100 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | r: 20 | ||
+ | Floating avg:-0.000912 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-Floating-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行236: | 行352: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-0.294238 (32, 21, 71)<br> |
− | + | 1.52236 (47, 41, 47)<br> | |
− | + | 0.00327779<br> | |
− | 0. | + | 0.0675752<br> |
− | + | 9.79351e-05<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
− | ====m= | + | ====m=1で実行==== |
=====その他のオプションなし===== | =====その他のオプションなし===== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 69 69 100 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | r: -0.000245498 | ||
+ | av: -0.000245498 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-m1-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行257: | 行389: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br> |
− | + | 1.52145 (47, 41, 47)<br> | |
− | 0. | + | 0.00286168<br> |
− | 0. | + | 0.0672918<br> |
− | + | 9.75243e-05<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | =====w= | + | |
+ | =====w=2で実行===== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 69 69 100 | ||
+ | TailerNum 0 | ||
+ | r: -0.000162708 | ||
+ | av: -0.000162708 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1w-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行276: | 行424: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">-0.255166 (37, 36, 69)<br> |
− | + | 1.06472 (47, 41, 47)<br> | |
− | 0. | + | 0.00197785<br> |
− | 0. | + | 0.0497011<br> |
− | + | 7.20306e-05<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション -M=== | ===オプション -M=== | ||
====M=1, r=30で実行==== | ====M=1, r=30で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Tailer: 0 | ||
+ | Program Start | ||
+ | N: 99 99 99 | ||
+ | 99 99 99 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>出力画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata-M1-mrcImage3DPad.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-M1-mrcImage3DPad.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M1-mrcImage3DPad.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行296: | 行458: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-1991.84 (41, 38, 29)<br> |
− | + | 4032.8 (49, 53, 30)<br> | |
− | + | 13.2658<br> | |
− | + | 197.192<br> | |
− | 0. | + | 0.200188<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> |
2015年8月24日 (月) 00:04時点における最新版
mrcImage3DPadとはフィラメントまたは粒子のmrcImage(3D)に対してパディングを行うEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-r | 選択 | 境界の半径(-M 参照) | Nx |
-w | 選択 | スロープの幅(m=1で使用) | 1 |
-v | 選択 | パディング値 | 0 |
-Nx | 選択 | 出力ファイルのNx | 入力ファイルのNx |
-Ny | 選択 | 出力ファイルのNy | 入力ファイルのNy |
-Nz | 選択 | 出力ファイルのNz | 入力ファイルのNz |
-Floating | 選択 | フローティング | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | パディング値の算出方法を設定 | 0 |
-M | 選択 | -r の算出方法を設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 平均値でパディングする |
1 | 余弦関数を掛ける |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | フィラメント用(半径を軸から算出する: z軸方向にはずれてしまう) |
1 | 粒子用(半径を中心から算出する:球) |
2 | 粒子用(半径を中心から算出する:楕円) |
3 | 粒子用(半径を中心から算出する:直方体) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-0.307724 (52, 10, 79) 1.52145 (47, 41, 47) |
最小 最大 |
-2255.49 (1, 42, 21) 4032.8 (49, 53, 30) |
オプション必須項目のみの場合
Tailer: 0 Program Start N: 69 69 100 TailerNum 0 r: 34
最小 最大 |
-0.307724 (52, 10, 79) 1.52145 (47, 41, 47) |
オプション -Nx, -Ny, -Nz
Nx=50, Ny=50, Nz=75で実行
Tailer: 0 Program Start N: 50 50 75 TailerNum 0 r: 34
最小 最大 |
-0.295151 (23, 12, 71) 1.52145 (38, 32, 47) |
オプション -r
r=20で実行
Tailer: 0 Program Start N: 69 69 100 TailerNum 0 r: 20
最小 最大 |
-0.295151 (32, 21, 71) 1.52145 (47, 41, 47) |
オプション -v
v=0.1で実行
Tailer: 0 Program Start N: 69 69 100 TailerNum 0
最小 最大 |
-0.295151 (32, 21, 71) 1.52145 (47, 41, 47) |
オプション -Floating
Tailer: 0 Program Start N: 69 69 100 TailerNum 0 r: 20 Floating avg:-0.000912
最小 最大 |
-0.294238 (32, 21, 71) 1.52236 (47, 41, 47) |
オプション -m
m=1で実行
その他のオプションなし
Tailer: 0 Program Start N: 69 69 100 TailerNum 0 r: -0.000245498 av: -0.000245498
最小 最大 |
-0.295151 (32, 21, 71) 1.52145 (47, 41, 47) |
w=2で実行
Tailer: 0 Program Start N: 69 69 100 TailerNum 0 r: -0.000162708 av: -0.000162708
最小 最大 |
-0.255166 (37, 36, 69) 1.06472 (47, 41, 47) |
オプション -M
M=1, r=30で実行
Tailer: 0 Program Start N: 99 99 99 99 99 99
最小 最大 |
-1991.84 (41, 38, 29) 4032.8 (49, 53, 30) |