「mrcImage3DPad」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行32: 行32:
 
<td>-w</td>  
 
<td>-w</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Width of slope. For mode 1.</td>  
+
<td>スロープの幅(m=1で使用)</td>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Floating</td>  
+
<td>フローティング</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行99: 行99:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.</td>  
+
<td>境界外は平均値で埋める</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.</td>  
+
<td>余弦関数を掛ける</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行115: 行115:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>For filaments.  R is calculated from its axis.</td>  
+
<td>フィラメント用(半径を軸から算出する)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>For particles.  R is calculated from its center.</td>  
+
<td>粒子用(半径を中心から算出する)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行151: 行151:
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
TailerNum 0
 +
r: 49
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行179: 行188:
 
===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
 
===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
 
====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行====  
 
====Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行====  
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 70 70 75
 +
TailerNum 0
 +
r: 49
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行205: 行223:
 
===オプション　-r===
 
===オプション　-r===
 
====r=30で実行====  
 
====r=30で実行====  
−
=====その他のオプション設定なし=====
+
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
TailerNum 0
 +
r: 30
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行230: 行256:
  
  
−
=====v=200で実行=====
+
<div>以降、r=30で実行</div>
 +
 
 +
 
 +
===オプション　-v===
 +
====v=200で実行====  
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
TailerNum 0
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行256: 行294:
  
 
===オプション　-Floating===
 
===オプション　-Floating===
−
====Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行====
+
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
TailerNum 0
 +
r: 30
 +
Floating avg:0.235592
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-Floating-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行266: 行318:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-2 (15, 15, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2134.69 (71, 30, 28)<br>  
−
0 (0, 0, 0)<br>  
+
4032.57 (49, 53, 30)<br>  
−
-0.791376<br>  
+
11.6374<br>  
−
0.911877<br>  
+
274.099<br>  
−
0.000911877<br></p>  
+
0.278263<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
−
====m=1, r=20で実行====  
+
====m=1で実行====  
 
=====その他のオプションなし=====
 
=====その他のオプションなし=====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
TailerNum 0
 +
r: -0.0370336
 +
av: -0.0370336
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行287: 行355:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (31, 16, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2128.21 (71, 30, 28)<br>  
−
2 (35, 35, 5)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
−
0.763544<br>  
+
11.6583<br>  
−
0.291466<br>  
+
272.581<br>  
−
0.00041638<br></p>  
+
0.276722<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
−
=====w=5で実行=====
+
 
 +
=====w=2で実行=====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
TailerNum 0
 +
r: -2.21641
 +
av: -2.21641
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1w-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行306: 行390:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (31, 20, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-2022.81 (70, 38, 17)<br>  
−
2 (35, 35, 5)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
−
0.524018<br>  
+
10.1084<br>  
−
0.346496<br>  
+
270.833<br>  
−
0.000494995<br></p>  
+
0.274947<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
  
 
===オプション　-M===
 
===オプション　-M===
−
====M=1, r=30で実行====  
+
====M=1で実行====  
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Tailer: 0
 +
Program Start
 +
N: 99 99 99
 +
99 99 99
 +
</pre>
 +
<div>出力画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-M1-mrcImage3DPad.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-M1-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M1-mrcImage3DPad.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行326: 行424:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (14, 31, 28)<br>  
+
<td><p align="left">-1991.84 (41, 38, 29)<br>  
−
2 (15, 31, 27)<br>  
+
4032.8 (49, 53, 30)<br>  
−
0.845077<br>  
+
13.2658<br>  
−
0.245951<br>  
+
197.192<br>  
−
0.000351358<br></p>  
+
0.200188<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2014年1月14日 (火) 00:51時点における版

mrcImage3DPadとはパディング（3D）を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 xy平面における境界の半径 Nx
-w 選択 スロープの幅(m=1で使用) 1
-v 選択 パディング値 0
-Nx 選択 出力ファイルのNx 入力ファイルのNx
-Ny 選択 出力ファイルのNy 入力ファイルのNy
-Nz 選択 出力ファイルのNz 入力ファイルのNz
-Floating 選択 フローティング
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-m の詳細

モード 説明
0 境界外は平均値で埋める
1 余弦関数を掛ける

-M の詳細

モード 説明
0 フィラメント用(半径を軸から算出する)
1 粒子用(半径を中心から算出する)


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-O-N.png
xy平面

Input1-121P-O-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


オプション必須項目のみの場合

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: 49
出力画像

Outdata-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225
デフォルト設定の場合、画像に変化はない


オプション　-Nx, -Ny, -Nz

Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 70 70 75
TailerNum 0
r: 49
出力画像

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (57, 16, 28)

4032.8 (35, 39, 30)
30.8159
497.908

0.821336


オプション　-r

r=30で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: 30
出力画像

Outdata-r-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
11.873
274.099

0.278263


以降、r=30で実行


オプション　-v

v=200で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
出力画像

Outdata-v-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
154.14
282.841

0.287138


オプション　-Floating

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: 30 
Floating avg:0.235592
出力画像

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-Floating-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.69 (71, 30, 28)

4032.57 (49, 53, 30)
11.6374
274.099

0.278263


オプション　-m

m=1で実行

その他のオプションなし
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: -0.0370336 
av: -0.0370336
出力画像

Outdata-m1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2128.21 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
11.6583
272.581

0.276722


w=2で実行
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: -2.21641 
av: -2.21641
出力画像

Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1w-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2022.81 (70, 38, 17)

4032.8 (49, 53, 30)
10.1084
270.833

0.274947


オプション　-M

M=1で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
99 99 99
出力画像

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-M1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1991.84 (41, 38, 29)

4032.8 (49, 53, 30)
13.2658
197.192

0.200188

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