mrcImage3DPad
mrcImage3DPadとはパディング(3D)を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-r | 選択 | Threshold radius of signal.Default is Nx. | 0 |
-w | 選択 | Width of slope. For mode 1. | 1 |
-v | 選択 | Value of out of threshold. | 0 |
-Nx | 選択 | Number of x.Default is inputfile. | 0 |
-Ny | 選択 | Number of y.Default is inputfile. | 0 |
-Nz | 選択 | Number of z.Default is inputfile. | 0 |
-Floating | 選択 | Floating | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-M | 選択 | モード2を設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Default: Out of threshold is avrage of threshold plain. |
1 | Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain. |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | For filaments. R is calculated from its axis. |
1 | For particles. R is calculated from its center. |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション -r
r=20で実行
最小 最大 |
0 (31, 15, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション -Nx, -Ny, -Nz
Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (50, 50, 5) |
オプション -v
v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行
最小 最大 |
0 (15, 15, 0) 2 (0, 0, 0) |
オプション -Floating
Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行
最小 最大 |
-2 (15, 15, 0) 0 (0, 0, 0) |
オプション -m
m=1, r=20で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
0 (31, 16, 0) 2 (35, 35, 5) |
w=5で実行
最小 最大 |
0 (31, 20, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション -M
M=1, r=30で実行
最小 最大 |
0 (14, 31, 28) 2 (15, 31, 27) |