mrcImage3DPad

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2014年1月14日 (火) 00:51時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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mrcImage3DPadとはパディング(3D)を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 xy平面における境界の半径 Nx
-w 選択 スロープの幅(m=1で使用) 1
-v 選択 パディング値 0
-Nx 選択 出力ファイルのNx 入力ファイルのNx
-Ny 選択 出力ファイルのNy 入力ファイルのNy
-Nz 選択 出力ファイルのNz 入力ファイルのNz
-Floating 選択 フローティング
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
0 境界外は平均値で埋める
1 余弦関数を掛ける

-M の詳細

モード 説明
0 フィラメント用(半径を軸から算出する)
1 粒子用(半径を中心から算出する)


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-O-N.png
xy平面

Input1-121P-O-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


オプション必須項目のみの場合

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: 49 
出力画像

Outdata-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225

デフォルト設定の場合、画像に変化はない


オプション -Nx, -Ny, -Nz

Nx=70, Ny=70, Nz=75で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 70 70 75
TailerNum 0
r: 49 
出力画像

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (57, 16, 28)

4032.8 (35, 39, 30)
30.8159
497.908

0.821336


オプション -r

r=30で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: 30 
出力画像

Outdata-r-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
11.873
274.099

0.278263


以降、r=30で実行


オプション -v

v=200で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
出力画像

Outdata-v-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.45 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
154.14
282.841

0.287138


オプション -Floating

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: 30 
Floating avg:0.235592
出力画像

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-Floating-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2134.69 (71, 30, 28)

4032.57 (49, 53, 30)
11.6374
274.099

0.278263


オプション -m

m=1で実行

その他のオプションなし
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: -0.0370336 
av: -0.0370336 
出力画像

Outdata-m1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2128.21 (71, 30, 28)

4032.8 (49, 53, 30)
11.6583
272.581

0.276722


w=2で実行
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
TailerNum 0
r: -2.21641 
av: -2.21641 
出力画像

Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1w-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2022.81 (70, 38, 17)

4032.8 (49, 53, 30)
10.1084
270.833

0.274947


オプション -M

M=1で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
99 99 99
出力画像

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-M1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1991.84 (41, 38, 29)

4032.8 (49, 53, 30)
13.2658
197.192

0.200188